بين مورخين و روات و محققين در مورد محل دفن سر مقدس سيدالشهداء (عليه السلام) اختلاف است. سيد محسن امين در کتاب خويش اعيان الشيعه (626/1-627) هفت مورد را ذکر کرده که مدفن سر مطهر ابي عبدالله الحسين (عليه السلام) است: قول اول: علماي اماميه بر اين‌اند که حضرت سجاد (عليه السلام) سر مبارک را به کربلا بازگردانيد و به بدن شريف سيد الشهداء (عليه السلام) ملحق فرمود. علامه مجلسي در بحار و ديگران اين معنا را تأکيد مي‌کنند. برخي نيز مي‌گويند که يزيد سر مطهر را با اسراي کربلا به مدينه فرستاد، سپس سر مطهر را به کربلا عودت داد و به بدن مقدس ملحق نمود. سيدابن طاووس در کتاب خود اللهوف في قتلي الطفوف (ص86) تصريح دارد که سر مبارک را به کربلا بازگرداندند و به جسد مطهر ملحق داشتند. قول دوم: براساس اخبار و روايتهايي که از معصومين (عليهم السلام) در کتاب الکافي و التهذيب و ديگر کتب شيعه ذکر شده جمعي از علماي شيعه برآنند که سر مبارک حضرت سيد الشهداء (عليه السلام) در نجف اشرف جنب مرقد حضرت اميرالمؤمنين علي بن ابي طالب (عليه السلام) مدفون است و مي‌گويند، حضرت صادق (عليه السلام) به فرزند خويش اسماعيل فرمودند، هنگامي که سر مطهر را به شام حمل کردند يکي از شيعيان و موالي اهل بيت (عليهم السلام) سر مبارک را ربود و در کنار اميرالمؤمنين علي بن ابي‌طالب (عليه السلام) دفن کرد. در کتب معتبر زيارتنامه‌ها نيز استحباب زيارت امام حسين (عليه السلام) در بالاي سر حضرت اميرالمؤمنين (عليه السلام) در نجف اشرف آمده است. قول سوم: در کتاب الکافي به سند از حضرت صادق (عليه السلام) آمده که سر مطهر در حومه‌ي کوفه دفن شده است. قول چهارم: جمعي از مورخين گفته‌اند که يزيد ابن معاويه سر مبارک سيدالشهداء (عليه السلام) را به مدينه براي عمرو ابن سعيدبن عاص ارسال داشت و وي سر مطهر را در بقيع دفن نمود و در آن هنگام مروان بن حکم در مدينه بود و سر مطهر را گرفت و گفت: به خدا قسم ايام عثمان را به خاطر مي‌آورم. قول پنجم: سيدمحسن امين در اعيان الشيعه به نقل از سبط ابن الجوزي مي‌نويسد که يزيد سر مطهر سيد الشهداء (عليه السلام) را در مقابل سر عثمان به رقه براي آل ابي معيط ارسال داشت و آنها سر مطهر را در خانه‌هاي خويش دفن نمودند و بعد خانه‌هاي آنان داخل مسجد جامع رقه افتاد که قبر مطهر سر سيدالشهداء (عليه السلام) داراي ضريحي گشت و در کنار آن درخت سدره‌اي سبز شد. قول ششم: جمعي کثير از مورخين برآنند که سر مطهر حضرت سيدالشهداء (عليه السلام) در انبار اسلحه‌ي يزيدبن معاويه باقي ماند و پس از به هلاکت رسيدن يزيد و در عصر سليمان بن عبدالملک سر شريف را آوردند و کفن نمودند سپس بر آن نماز خواندند و در باب الفراديس، محل فعلي آستانه‌ي رأس الحسين (عليه السلام) در شهر دمشق دفن نمودند، اين آستانه‌ي مطهر فعلاً در ضلع جنوب شرقي مسجد اموي دمشق و به نام آستانه‌ي رأس الحسين و يا مقام رأس الحسين (عليه السلام) شهرت دارد. در ورودي به آستانه‌ي مبارکه از ضلع شرقي مسجد اموي است که داخل يک رواق به مساحت حدود 100 مترمربع قرار دارد و از آنجا وارد رواق دوم آستانه که به شکل مستطيل است مي‌گردند. در اين رواق مقام حضرت سجاد (عليه السلام) واقع است و بعد داخل حرم مطهر آستانه‌ي رأس الحسين (عليه السلام) مي‌گردند که در کنار ديوار شمال غرب حرم ضريح مبارک واقع است و محل دفن سر مطهر حضرت سيد الشهداء (عليه السلام) مي‌باشد. حرم آستانه‌داري گنبد کوچکي است که از داخل گنبد گچ‌بري و با رنگ سبز پوشيده شده است. ديوارهاي حرم مطهر حدود 3 متر است و از سنگ مرمر سفيد تشکيل مي‌گردد که داراي حواشي از سنگ سياه است و در وسط سنگها نام دوازده امام (عليهم السلام) به شکل زيبائي حجاري برجسته شده و در داخل گنبد احاديثي در وصف خاندان عصمت و طهارت کتيبه شده است. قول هفتم: يکي از باشکوه‌ترين مساجد شهر قاهره آستانه‌ي رأس الحسين (عليه السلام) است که نزد مصريها به نام مشهد الرأس الحسين (عليه السلام) شهرت دارد. بسياري از مورخين از جمله مقريزي در الخطط و ياقوت حموي در معجم البلدان (554/4) به اين نکته اشاره کرده و مي‌گويند يزيد دستور داده بود سر مبارک را در بلاد اسلامي به علامت پيروزي و ايجاد رعب و وحشت گردش دهند و شهر عسقلان که بين مصر و شام واقع است پايان اين ماجرا و طواف بود. امير عقلان سر مطهر ابي عبدالله الحسين (عليه السلام) را دفن کرد، سپس زماني که فاطميان در مصر به قدرت رسيدند، پس از تفحص دقيق آنرا از عسقلان طي تشريفات خاصي به قاهره حمل نمودند و در روز يکشنبه هشتم جمادي الاخر 548ق به شهر قاهره آوردند و در روز سه‌شنبه دهم جمادي الاخر طي تشريفات خاص و همراه موکب شکوهمند و عظيمي از نظاميان و علما و اعيان و اشراف که در پيشاپيش آنان امير مصر الصالح طلائع بن رزيک بود پابرهنه به سمت کاخ زمرود آوردند و سپس در قبه‌ي الديلم دفن کردند. اين آستانه همواره يکي از زيارتگاههاي مهم شيعيان جهان بوده و در تمام اوقات حرم آستانه مملو از زائرين بويژه شيعيان مصر و قاره‌ي افريقاست. مخصوصاً در ده روز محرم و روز عاشوراي حسيني موکب عزاداري و روضه‌خواني برقرار است. جمال الدين ابوالمحاسن يوسف اتابکي در کتاب خود النجوم الزاهرة في ملوک مصر و القاهرة (153/5-154) مي‌نويسد: «در روز عاشورا خليفه از انظار به دور بود و لباس عزا بر تن مي‌کرد و با قاضي و حاشيه‌ي خويش به سمت آستانه‌ي حسيني در قاهره مي‌رفت. قبل از بناي اين آستانه، عزاداري را در جامع الازهر اقامه مي‌کردند ولي بعد همگي در آستانه‌ي حسيني مي‌نشستند و در کنار آنها امرا و اعيان و توليت عظمي و وزرا و تمام خدمه‌ي آستانه گرد هم مي‌آمدند سپس روضه خواني شروع مي‌گشت و رثاء درباره‌ي امام حسن و امام حسين (عليه السلام) مي‌خواندند و همگي مشغول شيون و گريه و ناله مي‌شدند». ابن بطوطه که در سال 725ق از اين آستانه ديدار کرده، در وصف آن چنين اظهار مي‌دارد: «از مزارات متبرکه‌ي مصر مشهد عظيم الشأن مقدسي است که در جايگاه سر امام حسين بن علي (عليه السلام) ساخته شده و رباطي وسيع و بسيار عالي دارد که بر درهاي آن حلقه‌ها و صفحه‌هاي نقره کار گذاشته‌اند و احترام و تعظيمي را که سزاوار چنان مقامي است درباره‌ي آن مرعي مي‌دارند». اين آستانه که امروزه در نزديکي خان الخليل واقع است، از عظيم‌ترين آثار عصر فاطميان است و از بزرگترين مساجد قاهره به حساب مي‌آيد در وسط حرم بزرگ و مجلل آستانه‌ي ضريح نقره‌اي بزرگي نصب شده که از سوي طايفه‌ي اسماعيليه‌ي نزاريه به اين آستانه اهداء گشته است.
کتابنامه:
ادب الطف، 103/3-107؛ سفرنامه‌ي ابن بطوطه، ترجمه‌ي فارسي، 28/1؛ مشاهد العترة الطاهرة؛ 246، تاريخ جغرافيايي کربلا معلي، 198-206؛ نظم الفاطميين و رسومهم، 128/2-129.