مدفن ابي جعفر محمد فرزند حضرت امام علي الهادي (عليه السلام) که در حدود 228ق به دنيا آمد و در يکي از مسافرتهاي خويش بين سامراء و بغداد حدود 252ق وفات يافت. وي از برادر خود حضرت امام حسن عسکري (عليه السلام) بزرگتر بوده، مقام امامت با ايشان بود که پس از حصول بداء يک و يا دو سال به اختلاف روايات قبل از پدر خود فوت نمود. اين آستانه که معروف به آستانه‌ي سيدمحمد مي‌باشد، در هشت فرسخي شرق شهر سامراء و نزديک شهر بلد، از نواحي دوجيل، در پنج کيلومتري غرب شط دجله، بين راه بغداد سامراء واقع است و امروزه يکي از عظيم‌ترين زيارتگاههاي شيعيان است و اعراب عراق عقيده‌ي خاصي به اين آستانه دارند. عمارت اول: اين آستانه‌ي مبارکه چون در مسير اصلي راه سامراء نبوده و با راه اصلي فاصله داشته، بر اثر ناامن بودن آن منطقه تا عصر صفويه متروک مانده بود، لذا به طور دقيق از تاريخ بناي آن اطلاعي در دست نيست، جز اينکه در تعميرات اساسي که در سالهاي 1379-1384ق در اين آستانه انجام گشت و از قرائن و پيها که مشاهده شد، بعضي از اهل اطلاع اظهار مي‌دارند که عمارت اول اين آستانه متعلق به قرن چهارم است که توسط عضدالدوله ديلمي انجام گرفته است. عمارت دوم: در قرن دهم هجري، توسط شاه اسماعيل صفوي، پس از فتح بغداد انجام گشت که در آن هنگام قسمتي هم جهت سکونت زائرين اين آستانه بنا شد. از اين قرن به بعد آستانه‌ي سيدمحمد رفته رفته روي به عمران و آبادي نهاد و تمامي زائرين که قصد زيارت سامراء را داشتند از اين آستانه زيارت کرده و در آنجا توقف مي‌نمودند. عمارت سوم: در سال 1198ق، توسط ملامحمد رفيع فرزند محمد شفيع خراساني تبريزي، به هزينه‌ي احمدخان دنبلي انجام گشت. سيدحسن امين در دائرة المعارف الاسلامية الشيعية (31/10) به نقل از کتاب تحفة العالم ميرزا عبداللطيف تستري آنرا عمارت اول ثبت کرده است. عمارت چهارم: حدود 1208ق توسط شيخ زين العابدين کاظمي آل سلماسي انجام گرفت و گنبدي از گچ و آجر بر روي قبر شريف بنا شد و همچنين کاروانسراي بزرگي در جهت شرقي آستانه براي سکونت زائرين ايجاد گرديد که قسمتي از هزينه‌ي آنرا احمدخان دنبلي تقبل کرد. اين عمارت را شيخ ذبيح الله محلاتي در کتاب خود تاريخ سامراء به عنوان عمارت اول ثبت کرده و سيدحسن امين به نقل از مآثرالکبراء شيخ ذبيح الله محلاتي، در دائرةالمعارف الاسلامية الشيعية عمارت سوم آستانه سيدمحمد ثبت نموده است. عمارت پنجم: در 1244ق توسط ملامحمد صالح برغاني قزويني حائري و با نظارت سردار حسن خان و حسين خان قزويني انجام گشت که تمامي عمارت سابق را خراب نمودند و آستانه‌ي مجللي با گنبد بزرگ کاشيکاري بنا کردند، که شروع آن در سال 1244ق و پايان عمارت در سنه‌ي 1250ق بود. تاريخ مذکور بر روي سنگ مرمر به خط ثلث در دو طرف ايوان آستانه نصب است. سيدحسن امين بر آنست که در سال 1250ق سردار حسين خان آنرا تعمير نموده و اين عمارت در سال 1310ق توسط ميرزا حسين نوري تعمير گشت و قسمتهايي از کاشيکاري گنبد که ريخته بود مرمت شد و تاريخ آن در پيشاني گنبد ثبت شده و هشت حجره در جنوب صحن شريف جهت سکونت زائرين احداث گرديده بود. پس از هجرت ميرزاي شيرازي به سامراء، در يکي از مسافرتهاي ميرزا که همراه شاگردانش پياده از سامراء به آستانه‌ي سيدمحمد مشرف گشتند تعميراتي انجام داده و چند حجره به حجرات صحن افزودند. سپس مزار محمد تهراني عسکري صحن شريف را توسعه داد و حجراتي بدان اضافه نمود. در عصر مرجعيت حاج آقاحسين قمي (م 1366ق) جمعي از مردم ايران اموال زيادي جهت تعميرات آستانه‌ي سيدمحمد ارسال داشتند و مخصوصاً بين سالهاي 1380 تا 1384ق اين آستانه به شکل باشکوهي تکامل يافت. عمارت جديد داراي صحن مربع شکل به ضلع 150 متر است و در وسط صحن شريف حرم مطهر واقع است که گنبد کاشيکاري آن نظر هر بيننده را به خود جلب مي‌دارد. محيط گنبد حدود 50 متر و ارتفاع آن 45 متر است و در کنار آن مناره‌اي به ارتفاع 40 متر در سال 1379ق برافراشته‌اند. در مقابل حرم يک ايوان مسقف با ستونهاي باشکوه خودنمائي مي‌کند. حرم مطهر با کاشيکاري و آيينه‌کاري هنرمندان ايراني مزين شده و آيتي از هنر اسلامي را منعکس مي‌کند. قبر مطهر در وسط حرم واقع است و بر روي آن صندوق نفيس و ضريح نقره نصب است.
کتابنامه:
اعيان الشيعه، 37/2، 5/10 تاريخ سامراء، 235/1. 268/2-303؛ مراقد المعارف، 262/2-270؛ مشاهد العترة الطاهرة، 57؛ دايرة المعارف الشيعه، 31/10.