در حالی که ساواک طبق برنامه قبلی خود در صدد فراهم آوردن مقدمات فرار حاج آقا مصطفی (رضی الله عنه) به ترکیه بود، ایشان در دید و بازدیدهایش با علمای تراز اول قم، آنان را از قصد سفر خود به ترکیه مطلع کرد، لیکن با مخالفت جدی علما مواجه شد و آنان این امر را توطئه ای از سوی ساواک قلمداد کردند و رفتن ایشان را به هیچ وجه صلاح ندانستند.
 
حاج آقا شهید سید مصطفی خمینی(رضی الله عنه) با مشورت های بیشتری که انجام داد عزم خود را جزم کرد و به مخالفت با وعده ای که داده بود برآمد و در جمع بندی به این نتیجه رسید که ممکن است در قم ماندن او به نفع شخص امام نباشد و او نتواند به پدر خود خدمت نماید لیکن می تواند به نهضت ظلم براندازی که پدر آغاز کرده خدمت کند و رضایت بیشتر ایشان را فراهم آود.
 
از این رو ایشان به هنگام موعد مقرر به تهران نرفت و آنگاه که مأموران ساواک علت تأخیر را جویا شدند به اطلاع آنان رساند که از رفتن به ترکیه منصرف شده است. روز بعد سرهنگ مولوی شخصا تلفنی با ایشان تماس گرفت و علت تأخیرش را پرسید. ایشان جواب داد من در اینجا (قم) آن پیشنهاد را مورد بررسی قرار دادم و با علما مشورت کردم و به این نتیجه رسیدم که رفتن من از قم صلاح نیست. سرهنگ مولوی با عصبانیت شروع به توهین و جسارت به ایشان و سایر علما کرد و حاج سید مصطفی (رضی الله عنه) نیز قاطعانه و به مراتب شدیدتر جواب او را داد تا حدی که مولوی مجبور شد تلفن را قطع کند.
 
از آن پس پیگیری های ساواک شدیدتر شد و مرتب از ساواک قم خواست ایشان را راضی کند و به تهران بفرستد و پس از آنکه مأیوس شد طی تلگرافی دستور بازداشت ایشان را صادر کرد و پس از آن ساواکیها به منزل آن عالم عالیقدر حمله ور شدند و با طرز فجیعی ایشان را دستگیر و روانه تهران کردند. این یورش آنچنان وحشیانه بود که موجب شد همسر حاج آقا مصطفی (رضی الله عنه) سرکار خانم معصومه حائری که باردار بود، دچار ناراحتی شود و بچه خود را سقط کند و به کسالت ممتدی دچار شود.
سرانجام در تاریخ ۱۳ دی ماه 1343 حاج آقا مصطفی (رضی الله عنه) به ترکیه نزد پدر بزرگوارش تبعید و سرهنگ مولوی که خود را در این ماجرا پیروز یافت مراتب را اینچنین گزارش داد:
 
سید مصطفی خمینی؛ نامبرده فوق در تاریخ 13/10/1343 جهت عزیمت به ترکیه به وسیله ساواک قم به تهران وارد و شب را در باشگاه نخست وزیری استراحت نموده و در ساعت 5.30 دقیقه روز 14/10/43 با هواپیما به طرف استانبول پرواز نمود. رئیس ساواک استان مرکزی – مولوی .
 
حاج آقا مصطفی (رضی الله عنه) آن شبی را که در باشگاه نخست وزیری می گذراند به منظور رفع نگرانی مادر و همسر خود که شاهد دستگیری ایشان بودند، نامه ای را جهت هردو نوشت تا مقداری از نگرانی آنها بکاهد. او در این نامه ضمن توصیف محل استقرار خویش، سفارشاتی در خصوص فرزندانش به حاج سید احمد آقا کرد. ایشان طی مدتی که در ترکیه و نزد امام (رضی الله عنه) به سر می برد همواره انیس و همدمی خدوم برای ایشان بود و لحظه ای از مواظبت ایشان غفلت نمی ورزید.
 
روزها و شبها در ترکیه به سختی می گذشت، یکی از برنامه هایی که رژیم پهلوی در آنجا برای اذیت امام خمینی(رضی الله عنه) داشت استقرار مأموران بی ادب بود که موجب بی حرمتی به معظم له می شدند و حاج آقا مصطفی (رضی الله عنه) گاهی این نوع برخوردها را نمی توانست تحمل کند و به اعتراض و انتقاد و حمله به مأموران می پرداخت که اینگونه اقدامات باعث نگرانی ساواک شد و ایشان را تهدید کرد که به جای دیگری تبعید خواهد شد.
 
یکی دیگر از مسائلی که در ترکیه پیوسته ایشان را آزرده خاطر می کرد نوع لباسی بود که رژیم لائیک ترکیه بر ایشان و پدر عالی مقامشان تحمیل کرده بودند. چرا که دژخیمان رژیم لائیک ترکیه نیز همانند ساواک ایران از عبا و قبا و عمامه وحشت داشتند و به هیچ وجه نمی گذاشت این دو بزرگوار از این لباس های مقدس استفاده کنند.
 
پس از گذشت حدود دو ماه و نیم از اقامت حاج آقا مصطفی (رضی الله عنه) در ترکیه، ایشان کوشید به ایران بازگردد و نهضت اسلامی را که با تبعید امام  و دستگیری روحانیون و مبارزان، دچار رکود شده بودند احیا نماید. حاج آقا مصطفی (رضی الله عنه) که به رغم میل باطنی خود به شرایط تحمیلی ساواک تن در داد و تعهدات از پیش تنظیم شده آنان را امضا کرد ولی به علت ترس شدید رژیم از حضور ایشان در ایران، موفق نشد به ایران بازگردد، لذا همراه پدر و رهبر خود بیش از یک سال در ترکیه به سر برد و عاقبت هر دو به عراق تبعید شدند.
 
منبع: امید اسلام، معاونت پژوهشی موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی، چاپ و نشر عروج، چاپ اول، تهران، 1390