در دوره صفویه نحوه ارتباط روحانیت با دستگاه سلطنت فراز و نشیب هایی داشت و در حقیقت نوعی واهمگرایی بین آنها حاکم بود . در این فراز و فرودها شاهان صفویه از روحانیت بهره گرفتند و هیچ گاه آنان را حذف نکردند . حضور روحانیون در دستگاه حکومت از زمان شاه اسماعیل آغاز شد , زیرا پس از آنکه وی مذهب تشیع را مذهب رسمی اعلام کرد , احساس نیاز جدی به برقراری همگونی فکری از طریق ارشاد و اشاعه عقاید شیعی به وجود آمد . از میان فقها یک نفر به مقام «صدر» برگزیده می شد تا رسماً بر امور مذهبی نظارت کند و پشتوانه علمی و فکری او در اقداماتش باشد . این فقیه به امور شرعی مطابق با فقه اسلام رسیدگی می کرد . همچنین عهده دار منصب قضا بود . بررسی فقه سیاسی شیعه در عصر صفویه نشان می دهد که فقهای این دوره میان دو دغدغه قرا ر گرفته بودند ؛ از سویی دغدغه حفظ و گسترش آموزه های شیعه و تأکید بر آموزه های امامت و ولایت را داشتند که نتیجه آن نامشروع خواندن نظام سیاسی آن زمان بود . از سوی دیگر دل نگران حمایت از شیعیان و حفظ پیروان بودند . پیروانی که در جایی جز ایران صفوی کسی از آنها حمایت نمی کرد . اصول فکری ثابت اما منعطف از قبیل لزوم عمل به قدر مقدور , تقدیم اهم بر مهم و عدالت , چاره ساز این مشکل بود . بنابر این فقهای شیعه در رویکردی واقع گرایانه و در شرایطی که تأسیس حکومت توسط خودشان مقدور نبود و نیز زمینه خارج شدن از شرایط تقیه و ورود به عرصه اصلاح و گسترش آموزه های شیعی برایشان فراهم شده بود , در حرکتی مستقل از نظام سیاسی سلطنتی و البته با استفاده از آن و با توجه به این که سرنوشت تشیع و مذهب نباید با سرنوشت سلطنت گره بخورد , به تأسیس مراکز تعلیم و تربیت دینی , اصلاح دینی عامه مردم , تلاش برای اصلاح رفتار حاکمان و نیز استفاده از قدرت سلطنت در امر گسترش مذهب بر آمدند . تببین دین برای مردم روز به روز بر شأن مرجعیت دینی و رهبری علما افزود و چنین بود که با فروپاشی صفویان , تشیع فرو نپاشید و حرکت علمی و آموزشی شیعی , علی رغم رکود آن , دچار زوال و توقف نشد . (نجف لک زایی , چالش سیاست دینی و نظم سلطانی , با تأکید بر اندیشه و عمل سیاسی علمای شیعه در عصر صفویه , دفتر تبلیغات اسلامی حوزه علمیه , قم , 1386, ص 383-384) در اینجا به شخصیت و جایگاه چند تن از علمایی که در دستگاه صفوی نقش آفرینی کردند , اشاره می کنیم .
1-محقق کرکی ( نور الدین علی بن الحسین عبد العالی کرکی870-940ق)
مهم ترین کار محقق کرکی در ایران , تقویت پایه های نظری تشیع نوپای صفوی و ایجاد حوزه های علمی به خصوص در شهرهای اصفهان , قزوین و کاشان و تربیت شاگردانی بود که علوم دینی را در میان مردم گسترش دادند . در گیری مستقیم او با مسایل سیاسی عصر خود موجب شد تا فقه سیاسی که چندان مورد توجه علمای قبل نبود , حیات تازه ای بگیرد . رویکرد کرکی به تحولات سیاسی عصر در رساله های نماز جمعه , نفحات اللاهوت و جامع المقاصد آشکار است .
2-شیخ بهایی ( بهاء الدین محمد عاملی 953-1030ق)
شیخ بهایی در زمان سلطنت شاه عباس صفوی منصب شیخ الاسلامی را برعهده گرفت . با تأمل ودقت در زندگی سیاسی شیخ بهایی می توان در یافت که اصل امر به معروف ونهی از منکر از جمله دلایل مهم وی در معاشرت با حاکم جائر بوده است ایشان به قصد احیای این فریضه در دستگاه سلطنت حضور یافت و از امکانات حکومت در گسترش و تبلیغ احکام دین و معارف شیعی بهره جست و سلطان صفوی را به احکام شریعت هدایت نمود و در حد امکان از مکر وفساد وظلم و تعدی او جلوگیری کرد .
3- علامه مجلسی (1037-111-ق)
ایشان یک بار در دوره شاه سلیمان منصب شیخ الاسلامی اصفهان را پذیرفت و پس از وی در عهد شاه سلطان حسین صفوی عهده دار این منصب شد . نفوذ مرحوم مجلسی در آغاز سلطنت شاه سلطان حسین به قدری بود که در مراسم تاج گذاری وی , شاه اجازه نداد کسی از صفویان به رسم معمول شمشیر سلطنت را زیب پیکر وی سازد و در عوض , انجام آن را از مرحوم مجلسی خواست و ایشان با دست خود شمشیر سلطنت را به کمر شاه بست و خطبه مراسم تاج گذاری را نیز انشا و ایراد کرد . شاه صفوی در مقام سپاس از ایشان اظهار داشت که در برابر این خدمت چه خواسته ای دارد علامه مجلسی سه خواسته را عنوان کرد ؛ منع شراب , منع جنگ طوایف و منع دستجات کبوتر بازی شاه نیز خواسته های مجلسی را پذیرفت و بلافاصله فرمان لازم را صادر کرد .
(ابوالفضل سلطان محمدی , اندیشه سیاسی علامه مجلسی , دفتر تبلیغات اسلامی حوزه علمیه , 1386, ص 32)
حضرت امام فعالیت های برخی از علمای این عصر را نه تنها مورد سرزنش قرار نداده که ستودند و از این علما تجلیل نموده و فرمودند :« در باب امور سیاسی … یک طایفه از علما گذشت کرده اند از یک مقاماتی و متصل شدند به یک سلطان , با این که می دیدند که مردم مخالفند , لیکن برای ترویج دیانت و ترویج تشیع اسلامی و ترویج مذهب حق , اینها متصل شدند به یک سلاطینی و این سلاطین را وادار کردند خواهی نخواهی برای ترویج مذهب , مذهب تشیع , اینها آخوند درباری نبودند . این اشتباهی است که بعضی نویسندگان ما می کنند . اینها اغراض سیاسی داشتند , اغراض دینی داشتند , نباید تا کسی به گوشش خورد که مثلاً مجلسی, محقق ثانی , شیخ بهایی رضوان الله علیهم با اینها روابط داشتند , می رفتند سراغ اینها , همراهی شان می کردند … خیال کنند که اینها مانده بودند برای جاه و عزت و احتیاج داشتند به این که شاه سلطان حسین یا شاه عباس به آنها عنایتی بکنند , این حرف ها نبوده در کار , آنها گذشت کردند , یک مجاهده نفسانی کردند برای این که مذهب را به وسیله آنها به دست آنها ترویج کنند » (صحیفه نور , ج 1 , ص 258-289)
1-محقق کرکی ( نور الدین علی بن الحسین عبد العالی کرکی870-940ق)
مهم ترین کار محقق کرکی در ایران , تقویت پایه های نظری تشیع نوپای صفوی و ایجاد حوزه های علمی به خصوص در شهرهای اصفهان , قزوین و کاشان و تربیت شاگردانی بود که علوم دینی را در میان مردم گسترش دادند . در گیری مستقیم او با مسایل سیاسی عصر خود موجب شد تا فقه سیاسی که چندان مورد توجه علمای قبل نبود , حیات تازه ای بگیرد . رویکرد کرکی به تحولات سیاسی عصر در رساله های نماز جمعه , نفحات اللاهوت و جامع المقاصد آشکار است .
2-شیخ بهایی ( بهاء الدین محمد عاملی 953-1030ق)
شیخ بهایی در زمان سلطنت شاه عباس صفوی منصب شیخ الاسلامی را برعهده گرفت . با تأمل ودقت در زندگی سیاسی شیخ بهایی می توان در یافت که اصل امر به معروف ونهی از منکر از جمله دلایل مهم وی در معاشرت با حاکم جائر بوده است ایشان به قصد احیای این فریضه در دستگاه سلطنت حضور یافت و از امکانات حکومت در گسترش و تبلیغ احکام دین و معارف شیعی بهره جست و سلطان صفوی را به احکام شریعت هدایت نمود و در حد امکان از مکر وفساد وظلم و تعدی او جلوگیری کرد .
3- علامه مجلسی (1037-111-ق)
ایشان یک بار در دوره شاه سلیمان منصب شیخ الاسلامی اصفهان را پذیرفت و پس از وی در عهد شاه سلطان حسین صفوی عهده دار این منصب شد . نفوذ مرحوم مجلسی در آغاز سلطنت شاه سلطان حسین به قدری بود که در مراسم تاج گذاری وی , شاه اجازه نداد کسی از صفویان به رسم معمول شمشیر سلطنت را زیب پیکر وی سازد و در عوض , انجام آن را از مرحوم مجلسی خواست و ایشان با دست خود شمشیر سلطنت را به کمر شاه بست و خطبه مراسم تاج گذاری را نیز انشا و ایراد کرد . شاه صفوی در مقام سپاس از ایشان اظهار داشت که در برابر این خدمت چه خواسته ای دارد علامه مجلسی سه خواسته را عنوان کرد ؛ منع شراب , منع جنگ طوایف و منع دستجات کبوتر بازی شاه نیز خواسته های مجلسی را پذیرفت و بلافاصله فرمان لازم را صادر کرد .
(ابوالفضل سلطان محمدی , اندیشه سیاسی علامه مجلسی , دفتر تبلیغات اسلامی حوزه علمیه , 1386, ص 32)
حضرت امام فعالیت های برخی از علمای این عصر را نه تنها مورد سرزنش قرار نداده که ستودند و از این علما تجلیل نموده و فرمودند :« در باب امور سیاسی … یک طایفه از علما گذشت کرده اند از یک مقاماتی و متصل شدند به یک سلطان , با این که می دیدند که مردم مخالفند , لیکن برای ترویج دیانت و ترویج تشیع اسلامی و ترویج مذهب حق , اینها متصل شدند به یک سلاطینی و این سلاطین را وادار کردند خواهی نخواهی برای ترویج مذهب , مذهب تشیع , اینها آخوند درباری نبودند . این اشتباهی است که بعضی نویسندگان ما می کنند . اینها اغراض سیاسی داشتند , اغراض دینی داشتند , نباید تا کسی به گوشش خورد که مثلاً مجلسی, محقق ثانی , شیخ بهایی رضوان الله علیهم با اینها روابط داشتند , می رفتند سراغ اینها , همراهی شان می کردند … خیال کنند که اینها مانده بودند برای جاه و عزت و احتیاج داشتند به این که شاه سلطان حسین یا شاه عباس به آنها عنایتی بکنند , این حرف ها نبوده در کار , آنها گذشت کردند , یک مجاهده نفسانی کردند برای این که مذهب را به وسیله آنها به دست آنها ترویج کنند » (صحیفه نور , ج 1 , ص 258-289)