قضاوت در باره شخصیت و فضایل ایمانی و اخلاقی محمد بن حنفیه -با توجه به تحریفاتی که در طول تاریخ در باره شخصیت و جایگاه این مرد بزرگ صورت گرفته- جدا سخت است. اما با کنکاش و جست و جو از لابلای شواهد و قراین پراکنده در منابع تاریخی می توان گوشه هایی از ابعاد تاریخ زندگی او را باز کاوی نمود. از جمله چیزهایی که در باره این فرزند امام علی (ع) به صورت خلاصه می توان گفت؛ این است که وی انسان بسیار وارسته؛ مورد عنایت و علاقه امام علی و حسنین (ع) بود؛ به امامت آن بزرگواران اعتقاد داشت؛ وی نه تنها هیچ گونه ادعای امامت نداشت، بلکه همچون سربازی فداکار در خدمت امام علی و امام حسن و حسین (ع) بود.
درباره علت حضور نداشتن وی در کربلا، یکی از دلایل، این است که چون قیام امام حسین با شهادت همراه بوده و تحقق آن هدف بزرگ امام با همین تعداد یارانی که او را همراهی کردند تحقق می یافت، لذا امام صلاح ندیدند در نبردی که نتیجه اش شهادت تمام یاران است، همه مردان و فرزندان بیت امامت در آن حضور داشته باشند. دلیل دیگر بیماری وی بوده است، و دلیل سوم این که وی از طرف امام حسین مأمور بوده که در غیاب آن حضرت در مدینه بماند و خبرهای آنجا را برای حضرتش بفرستد.