سید مصطفی خمینی این عالم ربانی و مجاهد شهید در گسترش نهضت اسلامی و به خصوص محکومیت لایحه کاپیتولاسیون نقش فعالانه ای داشت و بدین خاطر نامه ها و اعلامیه‌های گوناگونی را به نام های مختلف تنظیم و منتشر می کرد. یکی از این نامه ها را که به اسم اهالی قم مبنی بر انزجار از احیای کاپیتولاسیون تنظیم کرده بود، همراهش بود که پس از بازداشت آن نامه به دست ساواک افتاد. زندان ایشان را در اهداف خویش در روحیه سازش ناپذیرش استوارتر کرد. او برای زندانیان رحمت بود و به هدایت آنان همت می گمارد و در مواقعی که پیش می آمد مسائل سیاسی را برای زندانیان روشن می کرد و حتی بعضی ها را که از جنبه اعتقادی متزلزل بودند به حقانیت اسلام رهنمایی کرد. از آنجا که تا تاریخ 30/9/1342 امام خمینی (رضی الله عنه) از بازداشت فرزندشان هیچ اطلاعی نداشتند و تنها در آن تاریخ توسط سید فضل الله خوانساری که به ملاقات ایشان در ترکیه رفته بود، از دستگیری حاج آقا مصطفی (رضی الله عنه) باخبر می شدند، لذا به گمان اینکه فرزندشان در قم است در تاریخ 19/8/43  (مطابق با 5 رجب ۱۳۶۸هـ.ق) طی نامه ای ایشان را به عنوان وکیل تام الاختیار خود تعیین کردند تا وجوه شرعیه را دریافت کند و شهریه حوزه های علمیه را بپردازند. معظم له پس از اطلاع از بازداشت فرزندشان اظهار رضایت کردند و آن را برای سازندگی هرچه بیشتر ایشان مفید دانستند.
 

آزادی حاج آقا مصطفی (رضی الله عنه) و اقامت چند روزه در قم

طی دو ماهی که از بازداشت مرحوم آیت الله شهید سید مصطفی خمینی (رضی الله عنه) می گذشت، خط چشمگیری در رهبری نهضت پس از تبعید امام خمینی(رضی الله عنه) مشهود بود. مبارزان و یاران امام پس از تبعید رهبر خود، بیشترین اتکا را در رهبری مبارزه با حاج آقا مصطفی (رضی الله عنه) داشتند، لیکن در مدت بازداشت ایشان از این نقطه اتکا نیز محروم بودند.
 
بر همین اساس مراجع عظام قم، علمای اعلام و شخصیت‌های انقلابی برای آزادی حاج آقا مصطفی (رضی الله عنه) می کوشیدند تا با وجود ایشان انسجام بیشتری به اعتراض مردم نسبت به تبعید رهبری انقلاب داشته باشند. گرچه این ضرورت را حاج آقا مصطفی (رضی الله عنه) بیش از همه احساس کرده بود، لیکن فکر پدر در تبعید و اطلاع از سلامت. ایشان یک آن فرصت نمی داد تا به چیزی دیگر بیندیشد. لذا از یک سو در خارج از زندان به مراجع عظام پیغام می دهد و استمداد می جوید تا خبری از سلامت امام کسب کنند و از سوی دیگر خود پیشنهاد می دهد تا به ترکیه برود و از احوال پدر کسب اطلاع کند. از آنجا که رژیم پهلوی از یک طرف در نزد افکار عمومی جامعه مسلمانان ایران به علت بازداشت فرزند امام  آن هم بدون دلیل موجه زیر سؤال رفته و محکوم بود و از طرف دیگر از سوی جامعه روحانیت نسبت به آزادی معظم له تحت فشار قرار داشت وزارت دربار جوانب امر را بررسی کرد تا چنانچه آزادی ایشان تبعات سوئی در بر ندارد تصمیم مقتضی اتخاذ شود. از اینرو نظر ساواک را در این رابطه جویا شد و ساواک اینچنین اظهار نظر کرد:
 
موضوع: آزادی و عزیمت به قم سید مصطفی خمینی؛ در مورد آزادی و عزیمت به قم فرزند آیت الله خمینی، ساواک نظر خاصی ندارد، ولی مسلم است با رفتن نامبرده به قم طرفداران خمینی او را احاطه نموده و امکان دارد ناراحتی های نیز ایجاد نماید که مراقبت های به موقع و لازم به عمل خواهد آمد. ضمنا نامبرده قبلا پیشنهاد نموده بود که در صورت امکان نزد پدرش برود. این پیشنهاد از نظر ساواک بسیار مفید و دارای محاسن زیادی است، چه با این وضع در بزرگ کردن این شخص اقدامی نشده و رفتن او هم به نزد پدرش بسیار طبیعی به نظر خواهد رسید و امکان احاطه او به وسیله طرفداران خمینی و تشکل آنها منتفی و خود به خود موضوع از خاطره ها محو خواهد شد. رئیس سازمان اطلاعات و امنیت کشور – سرلشکر پاکروان .
 
با این نظریه ساواک، رژیم پهلوی به این نتیجه می رسد که حاج سید مصطفی خمینی (رضی الله عنه) را با پای خود و بدون هیچ سر و صدا و جنجالی به ترکیه نزد پدرش تبعید کند و برای همیشه از ادامه رهبری نهضت اسلامی توسط حاج آقا مصطفی (رضی الله عنه) در امان باشد و همچنین وانمود سازد که ایشان به میل و علاقه خود به ترکیه رفته است. بر اساس این محاسبات سرهنگ مولوی رئیس ساواک استان مرکزی در زندان نزد حاج آقا مصطفی (رضی الله عنه) رفت و اظهار داشت که شما می توانید به ترکیه نزد پدرتان بروید و چون از تمایل و آمادگی ایشان اطمینان یافت و نقشه ساواک را در این مرحله موفق دید فورا از ایشان خواست تا رسما از شهربانی تقاضای گذرنامه و صدور برگ خروج کند، تا ایشان نیز اقدام لازم را انجام دهد.
 
پس از طی تشریفات لازم سرهنگ مولوی ضمن آزادی حاج آقا مصطفی (رضی الله عنه) با ایشان قرار گذاشت که اولا بدون سر و صدا وارد قم شود و جنجالی به پا نکند! و ثانیا تاریخی را مشخص کرد تا ایشان در تهران حاضر باشد و از طرف دیگر طی تلگرافی آزادی وی را به ساواک قم اطلاع داد و خواستار مراقبتهای لازم شد: ساواک قم ۲۱۷۰۰/الف، 8/10/43 سید مصطفی خمینی در ساعت 6عصر8/10/43 از زندان مرخص و ممکن است ظرف امشب یا فردا به قم عزیمت نماید. تماس ها و ملاقات های او را زیر نظر گرفته و به موقع گزارش نمایید.
 
منبع: امید اسلام، معاونت پژوهشی موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی، چاپ و نشر عروج، چاپ اول، تهران، 1390