یک. تفاوت در اهداف
رژیم هاى نامبتنى بر دین، اساسى ترین هدفشان تأمین نیازمندى هاى دنیایى است و هدفى فراتر از آن در نظر ندارند. اما نظام دینى، خیر و سعادت اخروى و جاودانى را نیز مد نظر دارد.
دو. تفاوت در کار ویژه هاى دولت
وظایف و کار ویژه نظام هاى غیردینى، حداکثر تأمین بهداشت، آموزش، امنیت، رفاه و توسعه مادى است. در مقابل حکومت دینى، وظایف بیشترى بر عهده دارد؛ یعنى، علاوه بر لزوم ارائه خدمات بالا، باید به برنامه ریزى صحیح و تلاش در جهت تربیت دینى و معنوى جامعه، رشد و بالندگى فضایل و کمالات عالى انسانى و گسترش تقوا همت گمارد و جامعه را به سوى تأمین سعادت پایا و فناناپذیر رهبرى کند. به عبارت دیگر حکومت غیر دینى، صرفا نقش اداره جامعه را بر عهده دارد؛ ولى حکومت دینى و ولایى افزون بر آن، نقش تربیت معنوى و دینى را عهده دار است.
سه. تفاوت در روش ها
روش هاى اجرایى نظام هاى سکولار و دینى، در پاره اى از موارد متفاوت است. تفاوت در اهداف و کار ویژه ها، در گزینش شیوه ها مؤثر است؛ به عبارت دیگر در نظام هاى بى اعتنا به دین، انگاره «هدف وسیله را توجیه مى کند»، امرى پذیرفته شده و عقلانیت ابزارى(Instrumental Reason) آخرین مرجع تصمیم گیرى است. اما در حکومت دینى، استفاده از روش هاى معارض با کرامت الهى و ارزش هاى والاى اخلاقى و ویرانگر سعادت جاودانى بشر مجاز نیست. بنابراین عقل ابزارى در کادر قوانین الهى و احکام عقل فرا ابزارى و توحیدى فعالیت دارد.
چهار. تفاوت در خاستگاه قانون
در نظام هاى نامبتنى بر دین، خاستگاه قانون چیزى جز تمایلات، خواسته ها، هوس ها و گرایش هاى آدمیان -اعم از خواسته هاى فرد، گروه و حزب حاکم و یا خواسته ها و تمایلات عمومى نیست.
اما در حکومت دینى منشأ اصلى قانون «خداوند» است و تنها قانونى رسمیت دارد که از سوى او جعل شده و یا لااقل با اصول و قواعد کلى مورد قبول شارع، سازگار باشد. بنابراین کارکرد مجارى قانون گذارى در چنین نظامى، کشف و استنباط قوانین الهى و تطبیق آن بر نیازمندى هاى زمان است.
پنجم. تفاوت در مبانى مشروعیت
هر یک از نظام هاى سیاسى مبتنى بر یکى از منابع مشروعیت پیش گفته (وراثت، قهر و غلبه، قرارداد اجتماعى و…) است؛ اما مبناى مشروعیت ولایت فقیه نصب الهى است.
ششم. تفاوت در زمامداران و کارگزاران
در نظام هاى لائیک و سکولار معمولاً شرایطى براى رهبرى اجتماعى، تعیین نشده و اگر شرایطى در کار باشد، عمدتاً بیش از توانایى نسبى مدیریت کلان اجتماعى نیست. اما در نظام اسلامى شرایط بیشترى لازم است که مهم ترین آن، صلاحیت علمى و اخلاقى است. حد اعلاى این شرایط عصمت و مرتبه نازل تر آن ولایت فقیه است.