مرتبه اجتهاد مرحوم آیت الله حاج سید مصطفی خمینی (رضی الله عنه) فرزند اکبر حضرت امام خمینی (رضی الله عنه) بر اثر توطئه ناجوانمردانه ساواک، عامل رژیم منحط و منحوس رژیم پهلوی، به فیض شهادت نایل گشت؛ آن هم در سنینی که درخت پرثمر دانشش پس از دهها سال تلاش و زحمات طاقت فرسا به مرحله بهره برداری کامل و استفاده عمومی رسیده بود و جدا می توانست بزرگانی را تربیت نموده و به جامعه روحانیت تشیع تقدیم دارد، چنان که در همان سن کوتاه خود فضلایی را تربیت و کتب سودمند متعددی تألیف نمود که امید است در آینده نزدیک چاپ و در اختیار پژوهشکده معارف دینی قرار گیرد.
 
چیزی را که به عنوان زندگی نامه و بیان خاطرات پس از مرگ باشد هنوز تصور آن برای این جانب مشکل است و از این جهت قلم از بیان آن عاجزست، زیرا که من از دوران کودکی یعنی همان دبستان با ایشان آشنا شدم و این آشنایی و ارتباط تا پایان حیات آن بزرگوار ادامه یافت و به ویژه با توجه به صفا و صمیمیتی که در زمان دوستی از خود نشان داد. به هر حال وی دارای مزایا و ویژگی هایی بود و زندگی وی را ابعاد مختلفی تشکیل می داد و در هر بعد به مراحل کمالی آن بعد رسیده بود که ذیلا به برخی از آنها اشاره می شود:
 
ا- بعد علمی: ایشان بر اثر ذکاوت خاص و استعداد ویژه و تلاشهای پی گیر و پشت کار مخصوص و موفقیت خاص از نظر اساتید برجسته، مخصوصا والد ماجدش حضرت امام به مرتبه اجتهاد و تخصص در فقه، اصول، فلسفه و تفسیر رسید و شاگردانی تربیت نمود و کتبی تألیف کرد، که از آن جمله است تفسیر مفصلی که چند جزء از کتاب الله را شامل می شود و در این رابطه سالیان طولانی با ایشان مباحث مختلفی را از کتب فقهیه بحث نموده و به رشته تحریر درآوردم. او دارای هوش سرشار و سرعت انتقال اعجاب انگیز و در مجموع، در شرایط خویش کم نظیر بود.
 
۲- بعد سیاسی: مرحوم سید مصطفی خمینی (رضی الله عنه) از همان آغاز مبارزه روحانیت به رهبری امام (رحمة الله علیه) علیه رژیم طاغوت و دست نشانده پهلوی نقش ارزنده ای در مبارزه داشت، و در برابر حوادث و رویدادهای گوناگون که در مقابله با مبارزین پیش می آمد، کاملا مقاومت و ایستادگی نموده و با بینش کامل با آنان برخورد می کرد و در این رابطه گرفتار زندان رژیم و پس از آن تبعید به ترکیه و سپس تبعید به عراق شد. مبارزات سیاسی وی در عراق به طور گسترده تداوم پیدا کرد و با طرح نقشه های خاص و تدارک امکانات، پیروزی انقلاب مقدس را به سرعت نزدیک می کرد و در همین رابطه جان خویش را تقدیم اسلام و انقلاب نموده و دوستان خود را به سوگ نشاند و برای رهبر بزرگ انقلاب افتخار آفرید.
 
٣- بعد عبادی: ایشان چه از نظر اعمال عبادی و انجام مستحبات شرعی و توجه به اموری که در تکامل نفس و رشد معنوی تأثیر کامل دارد و چه از نظر زندگی و معیشت ساده که از حدود یک طلبه عادی تجاوز نمی کرد ویژگی خاص داشت. به طوری که در وصیت نامه خویش می آورد، من تنها از مال دنیا تعدادی کتابهای علمی مورد نیاز دارم و جز آن چیزی ندارم و اضافه می کند مرحوم آیت الله بروجردی (رضی الله عنه) نمایند و این در شرایطی بود که میزان پرداخت شهریه امام  به حوزه های علمیه از چند میلیون تجاوز می کرد. آفرین بر چنین تربیت شده و آفرین بر تربیت کننده وی.
 
حاج آقا مصطفی (رضی الله عنه) یکی از نزدیکترین افراد به امام (رحمة الله علیه) بود، چه در جریان مبارزات و چه در تبعید. ایشان فقط یک آقازاده نبود، بلکه خود یک آقا بود؛ یعنی چنین نبود که بخواهد فقط فرزند یک مرجع باشد و از موقعیت پدر استفاده کند، بلکه یک طلبه فاضل، یک دانشمند؛ در اواخر، یک مجتهد برجسته، یک مدرس و یک شخصیت علمی بود. در بینش صحیح اسلامی، آقایی به ایمان، علم و تقواست، و مرحوم حاج آقا مصطفی خمینی (رضی الله عنه) هم آقا بود، هم آقازاده، ملاک های آقایی و سیادت را حتی اگر فرزند حضرت امام (رحمة الله علیه) هم نبود، داشت، ایشان یک مظلومیت هم داشت، چرا که شخصیت علمی و فکری او تحت الشعاع شخصیت بزرگ امام (رحمة الله علیه) قرار گرفت، و چون فانی در پدر بود و واقعا دستیار و پیرو واقعی امام (رحمة الله علیه) بود، خود را فراموش کرد تا راه امام (رحمة الله علیه) درخشان باشد. مثل یک سرباز در عرصه بود و مجالی برای عرضه خویش در مقام اثبات نداشت. شخصیت ثبوتی حاج آقا مصطفی (رضی الله عنه) به هیچ عنوان قابل مقایسه با شخصیت اثباتی ایشان نیست، یعنی به مراتب آن چه که بود، از آن چه که می نمود بیشتر و بزرگتر بود. در عین حال، مرید امام (رحمة الله علیه) بود و شاید امام (رحمة الله علیه) خصوصی ترین کارها را با ایشان در میان می گذاشتند. امام (رحمة الله علیه) کاملا به شجاعت و شهامت ایشان نیز مراتب فضل و علم او آگاه بودند. کسی که در دامن امام (رحمة الله علیه) پرورش پیدا کرده و در کوران حوادثی که بر امام (رحمة الله علیه) گذشته بود، لحظه به لحظه حضور داشت، شخصیت علمی، سیاسی و مبارزاتی برجسته ای بود که عنوان نزدیکترین فرد را به امام (رحمة الله علیه) داشت. ایشان می توانست پس از انقلاب هم نقش عمده‌ای داشته باشد و به حق، همان گونه که امام (رحمة الله علیه) فرمودند، «امید آینده اسلام» بود، هم از حیث سیاسی برای استواری جمهوری اسلامی وهم از حیث علمی برای حوزه های علمیه، حاج آقا مصطفی (رضی الله عنه) یک فیلسوف، فقیه، اصولی و مفسر نامدار بود که وجودش می توانست برای اسلام و جامعه اسلامی بسیار ارزنده و مفید باشد.
 
منبع: امید اسلام، معاونت پژوهشی موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی، چاپ و نشر عروج، چاپ اول، تهران، 1390