شهید سید مصطفی خمینی رحمه الله  در عین اینکه فقیه‌ی صاحب نظر و خبره بود از نظر فلسفی هم دارای قدرت تفکری جوال و سیال و پویا بود و توانسته بود میلن دقت و موشکافی مسائل عمیق فلسفی و مسائل اعتباری و متکی به فهم ساده عرفی فقهی توافق و هماهنگی بوجود آورد و این معنی از عهده هر کسی برنمی آید و همه افراد توان تحمل این نوع صعود ونزول را نداشته و قدرت برقراری این نحوه ارتباط و پیوستگی را ندارند ولی ایشان توانسته بود میان تعمق و تدبیر که از شئون عقلانیت انسان است وتفاهم عرفی که از شئون عقلانیت جمعی انسان است هماهنگی و همراهی بوجود آورد و این توان برای کسانی فراهم می گردد که در میدانهای مختلف فردی و اجتماعی و تفکر و سیر و سلوک قدمهای محکم و راسخی را برداشته و در مسیر آنها ریاضتهای زیادی را بر خود هموار سازد و در دامان انسانهائی قرار می گیرند که آنان استادی و معلمی این مراحل را گذرانده و فارغ التحصیلان زیادی را پرورش داده باشند. شخصیت مورد نظر ما یکی از آن افرادی است که علاوه بر استعدادهای خدادادی و ذوق سرشار و شرح صدر زیاد و آزاداندیشی که داشت در دامان امامی و پیشوائی قرار داشت که وی همانطور که امام و پیشوای انقلاب و حرکت عمیق مردمی بود و هست، ملتی را بحرکت در آورد و پشت سر آن منشا حرکتهای زیادی در سراسر جهان گشت، امام معرفت و عرفان در زمان معاصر هم بود و امام فقه و فقیهان و اصول و اصولیان و تفسیر .
 
شهید مصطفی خمینی توانست آنچه که خدای جهان در نهاد وی ودیعه گذاشته بود و زمینه و شرایط مناسبی برای ظهور و بروز می طلبید با درایت و اشراف آن امام بزرگوار به مرحله ای از فعلیت برساند که در ردیف رجال بزرگ علم و فکر و اندیشه قرار گیرد. بدون تردید یکی از عوامل مؤثر و تعیین کننده در این میدان رشد و تکامل ایشان در دامان آن امام بزرگوار بود که خدای عالم، امام و شاگرد و فرزند او را در جوار قرب و رضوانش قرار دهد. و ما در این مقاله در صدد تحلیل و بررسی آرا و نظرات ایشان هستیم و این تحلیل برای این نیست که بخواهد صحت و یا سقم آنها را بصورت برهانی مورد بررسی قرار دهد چون ممکن است بعضی از آن نظریات و آرا مورد نقد نگارنده هم قرار می گیرد بلکه درصدد آن است که بیان کند شخصیت مترجم از نظر فلسفی هم، فردی دارای فکر و نظر بوده و در مسائل هام وارد شده و از خود توان بالا و مطلوبی را نیز نشان داده است و در مواردی مطالب تازه و بدیعی را از خود بیادگار گذاشته است. به ترتیب به مواردی از آنها که در ابواب مختلف و فصول گوناگون تبیین گردیده و روی آن تأکید شده است اشاره کرده و به تحلیل آن می پردازیم:
 
در باب علم و ادراک و وجود ذهنی مسئله علم و ادراک و وجود ذهنی از مهمات مسائل فلسفی است از یک نظر مربوط است به نوعی تقسیم برای وجود. چرا که وجود یا ذهنی است و یا خارجی است، همانطور که وجود یا واجب است و یا ممکن و یا حادث است و یا قدیم، و امثال اینها. و از جهت دیگر این بحث مربوط به ماهیت و حقیقت علم و ادراک است. چون ما هم آگاهی داریم و هم آگاهی نداریم. بخودمان آگاهی داریم و به اشیا زیادی در عالم آگاهی نداریم، اگر چه نوع آگاهی که از خود داریم با آگاهی که از دیگران داریم متفاوت است یعنی آگاهی ما از اشیا به این نحو است که صوری را از آن اشیا در ذهن داریم که در ذهن نقش می بندد زیرا که ما آنچه را مستقیما و بلا واسطه می یابیم و با ما اتصال وجودی دارند همین صور ادراکی هستند و این صور واقع نما و حاکی از بیرون هستند یعنی ظهور اینها برای نفس ما عین ظهور حقایق و واقعیات خارجی است و پیدایش آنها در ذهن ما عین کشف اشیا بیرون است.

اکنون سئوالی که مطرح است این است که چه رابطه ای میان این صور و میان آن اشیای خارجی هست که با پدید آمدن اینها در ذهن، آن اشیای خارجی ظاهر و مکشوف گردیده و روشن می شوند؟ قطعا نوعی مطابقت در کار است. و سئوالی که مطرح است این است که این مطابقت چگونه است؟ و اساسا علوم که همان صور حاضر در ذهن ما هستند و موجب انکشاف اشیای خارجی می شوند انسان چطور و چگونه آنها را بدست می آورد؟ آیا نفس آدمی که در آغاز در مرحله قوه است و هیچگونه نشانی از صور و نقوش در آن بصورت بالفعل وجود نداشته است از کجا و چگونه به این صور راه پیدا می کند و حامل این صور و نقوش می شود و در نتیجه از آگاهی و عرفت حقایق عالم بهره مند می گردد؟ آیا نفس آنها را در عالم خودش تحت شرایط خاصی با شیوه مخصوصی که لازم است خلق می نماید، و به تعبیر حکما رابطه نفس نسبت به همه آنها نسبت مصدریت است و یا اینکه این چنین نیست، چون نفس در ابتدا بصورت بالقوه است و رابطه آن صور با نفس رابطه کامل بر ناقص است و چون امر بالقوه نمی تواند امر بالفعل را خلق نموده و با هم رابطه صدوری داشته باشند و نفس نمی تواند نسبت به آنها حالت خلاقیت و مصدریت داشته باشد و بهمین جهت حکما الهی آمده اند میان صور ادراکی کلی و عقلانی و صور ادراکی جزئی فرق گذاشته اند و رابطه نفس را نسبت بصور ادراکی کلی و عقلانی رابطه مظهریت، و رابطه نفس را نسبت بصور ادراکی جزئی رابطه مصدریت دانسته اند.
 
منبع: امید اسلام، معاونت پژوهشی موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی، چاپ و نشر عروج، چاپ اول، تهران، 1390