بعد از آزادی از زندان و تبعید حاج آقا مصطفی به ترکیه، ایشان در سال 1344 بهمراه حضرت امام (رحمه الله علیه) به نجف آمدند. دولت ترکیه به علت زیاد شدن اعتراضات جهانی به دولت ایران اعتراض کرد و بدون آنکه به امام گفته شود ، ایشان را از ترکیه به فرودگاه بغداد آوردند. آنگونه که سید مصطفی خمینی برای آیه الله سید محمد موسوی بجنوردی تعریف می کرد،فرموده‌اند: وقتی که به فرودگاه رسیدند حتی پول گرفتن تاکسی و آمدن به کاظمین را هم نداشتند. ایشان تعریف می کرد که: تاکسی سوار شدیم و آمدیم صحن کاظمین، من ساعتم را به راننده دادم و گفتم: میروم کرایه ات را برای شما می آورم. پول تاکسی هم آن زمان یک دینار بود. گفت: آمدم یکی از آقایان را دیدم و آنجا یک دینار از او گرفتم، به تاکسی دادم و ساعتم را پس گرفتم. از آنجا  به یک مسافرخانه نزدیک حرم حضرت موسی بن جعفر رفتم و با نجف تماس گرفتم. مرحوم آقا شیخ نصرالله خلخالی که نماینده امام در نجف بود به کاظمین آمد و جایی را برای امام پیدا کردند. امام به اتفاق حاج آقا مصطفی دو سه شب در کاظمین بودند که بنده و برادر بزرگترم به کاظمین برای دیدن ایشان آمدیم. امام به زیارت سامرا رفت. ما هم به آنجا رفتیم. وقتی به طرف کربلا آمد استقبال خیلی مفصلی از ایشان به عمل آمد در کربلا، در صحن حضرت سیدالشهدا نماز جماعت می خواند تمام صحن به ایشان اقتدا می کردند آنجا مرحوم آیت الله سید محمد شیرازی (ایشان آقای شهر کربلا بودند) هم به ایشان اقتدا می کرد، تا بنا شد به نجف تشریف بیاورند. و ما هم خدمت ایشان آمدیم.
 
 با توجه به اینکه تبعید حاج آقا مصطفی (رضی الله عنه) به عراق به طور طبیعی به تبع تبعید امام بزرگوار به آنجا صورت گرفته است، از این رو قبل از تبیین این بخش، پرسش‌هایی درباره انتقال تبعیدگاه مطرح است، بیان می شود:
 
رژیم پهلوی چه مشکلاتی در ادامه تبعید در ترکیه داشت که در صدد تغییر آن برآمد؟ آیا رژیم ترکیه دیگر حاضر به همکاری نبود و یا خود امام خمینی(رضی الله عنه) . اصرار بر این امر داشت؟ چرا رژیم پهلوی، عراق را برای این منظور انتخاب کرد؟ آیا این کار بر اثر تبانی با رژیم عراق انجام شد؟ آیا افکار و رفتار امام (رحمه الله) نسبت به رژیم پهلوی در تبعیدگاه ترکیه تغییر کرده بود؟ مهم تر اینکه رژیم پهلوی دیگر به هیچ وجه حاضر نشد امام  به ایران بازگردند؟
 
پاسخ به این پرسش‌ها هرچه باشد، آنچه مسلم است اینکه امام  نه هیچگاه اصراری نسبت به ترک ترکیه داشتند و نه پیشنهادی درباره اقامت در عراق و نه حتی تا ساعاتی قبل از هجرت به آنجا از این موضوع اطلاع داشتند و هنگامی که به تاریخ ۱۳ مهر ماه 1344 ش مطابق با ۹ جمادی الثانی ۱۳۸۵ ق و ۱۵ اکتبر 1965 م این پدر و پسر ترکیه را به قصد عراق ترک می کردند و نمیدانستند سالیان طولانی را باید در عراق سپری نمایند. حاج آقا مصطفی (رضی الله عنه) طی اقامت دوازده ساله خود در نجف اشرف از یک سو در سنگر تحصیل، تدریس، تحقیق و تألیف علوم حوزوی پیشقدم بود و به حق گوی سبقت را در این زمینه نسبت به خیلی همقطاران خود ربود و از دیگر سو محوری در مبارزات امام خمینی(رضی الله عنه) شمرده شد. به طور کلی فعالیت ها و مبارزات این عالم مجاهد را در آن روزگار می توان در چند محور شمارش کرد: الف- اقدام جهت نشر افکار انقلابی امام  از طریق توزیع رساله عملیه، اعلامیه‌ها، نامه ها و نشر بیانات ایشان به ایران و دیگر کشورها. ب- راهنمایی یاران امام (رحمه الله علیه)، طرف مشورت قرار گرفتن با آنان و رابطی امین بین آنها و امام (رحمه الله علیه). ج- ارتباط با ایرانیان مبارز خارج از کشور و اصولا با نهضت های آزادی بخش اسلامی. د- تأمین هزینه های روحانیون و فضلایی که در راه اهداف عالیه امام (رحمه الله علیه) مبارزه می کردند. هـ – پذیرایی از مبارزانی که به دیار امام (رحمه الله علیه) و یا با اهداف دیگر انقلاب به نجف اشرف می رفتند. و مسافرت به کشورهایی نظیر سوریه، لبنان، عربستان و کویت جهت انجام مأموریت هایی که از سوی امام  به ایشان واگذار می شد و یا به منظور هرگونه تماس با انقلابیون. ز- گذراندن دوره های آموزش نظامی و تشویق فضلای حوزه به گذرانیدن اینگونه دوره ها. مرحوم حاج سید احمد آقا(رضی الله عنه) درباره فعالیتهای سیاسی برادر چنین گفته است: «… در نجف ایشان اعلامیه‌های امام را با وسایلی به ایران و کشورهای خارج می رساند و منزل برادرم مأوای کسانی بود که از کشورهای خارج به عراق آمده و در مورد مسائل انقلاب و اسلام با هم تبادل نظر می کردند. همیشه از اروپا و آمریکا و کشورهای آسیایی و کشورهای خلیج و عربی رفت و آمد می کردند و این مسأله باعث دلگرمی شدید کسانی بود که در خارج علیه شاه مبارزه می نمودند.»
 
با توجه به فعالیت‌های مبارزاتی که حاج آقا مصطفی (رضی الله عنه) در نجف اشرف داشتند و با آن سابقه ای که رژیم پهلوی از زندان و تبعید و برخوردهای ایشان در اختیار داشت، نه تنها طبیعی بود که اعمال و رفتارش حتی در نجف اشرف توسط مأموران ساواک کنترل شود و مراتب مورد به مورد به اطلاع تهران برسد، بلکه ساواک نسبت به اشخاصی که به گونه ای با ایشان در تماس و ارتباط بودند، حساس می شد و موضوع را با تمام جزئیاتی که به دست می آورد گزارش می‌داد.
 
منبع: امید اسلام، معاونت پژوهشی موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی، چاپ و نشر عروج، چاپ اول، تهران، 1390