در چهلمین روز درگذشت مصطفی خمینی حرکتی از طرف مردم انجام شه بود،عکس العمل ساواک به این حرکت به دو سند جلب نظر می کند. در یکی از این اسناد آمده است: «در فاصله برگزاری مجالس مذکور مجالس ختم حاج آقا مصطفی» و مجالسی که به مناسبت چهلمین روز درگذشت سید مصطفی خمینی برگزار گردید، فعالیتهای وسیع تری نیز از طرف عناصر متعصب مذهبی طرفدار روحانیون افراطی و وابسته به گروه های برانداز انجام گرفت و عده ای در شهرهای تهران، شیراز و مشهد در دستجات ۳۰ تا ۵۰ نفری به تظاهرات خیابانی، حمل شعارهای پارچه ای مضره و شکستن شیشه های چند شعبه بانک، سینما، مشروب فروشی و همچنین شرکت هواپیمایی ملی ایران در شهر شیراز مبادرت نمودند.» ساواک همچنین در جای دیگری آورده است: «بعد از مراسم چهلمین روز درگذشت مصطفی خمینی، افراطیون مذهبی در دنبال فعالیت‌های اخلالگرانه خود در ماه محرم، بار دیگر فرصتی پیدا کردند که تلاش های مضره را در مقیاس وسیع تر تعقیب نمایند و در چند مورد گروه های ۱۵ الی ۲۰ نفری در شهرهای مشهد و اهواز تظاهرات خیابانی و شکستن چند جام از شیشه های دو شعبه بانک صادرات مبادرت نموده اند.»
 
بدیهی است پس از هر واقعه، اذهان مردم به دنبال عوامل بروز آن حادثه خواهد بود و طبیعتا مردم ایران نیز پس از شهادت فرزند امام به سراغ عناصر اصلی، طراحان و مجریان این جنایت بودند. از آنجا که رژیم پهلوی از سالها قبل امام را تبعید کرده بود و جنایات متعددی مرتکب شده بود مردم دست رژیم را مستقیما در این جریان مشاهده می کردند.
 
رادیو BBC طی تحلیلی می گوید: «آنچنان که در جو پر از بدگمانی آن روز ایران معمول بود بسیاری، سازمان امنیت را در مرگ سید مصطفی خمینی دخیل میدیدند.» روزنامه المجاهد چاپ الجزایر نیز نوشت: «مصطفی خمینی فرزند روح الله خمینی مقام مذهبی مسلمانان شیعه در ایران به دست ساواک به قتل رسیده است.» خبرگزاری فرانسه هم گزارش داد: «این خبر موجب تاثر شدید ایرانیان شده و مردم این فرضیه را که ممکن است رژیم ایران مسئول مرگ مصطفی خمینی باشد بعید نمی دانند.»
 
همین خبرگزاری در گزارش دیگری به نقل از خبرگزاری فلسطینی وفا  گزارش کرد: «سید مصطفی خمینی پسر امام روح الله خمینی مقام مذهبی مسلمانان شیعه ایران چهل روز پیش در نتیجه بدرفتاری های ساواک پلیس مخفی ایران جان خود را از دست داده است.» روزنامه ارشاد چاپ پاکستان نیز در مقاله ای که در ۲۹ اکتبر ۱۹۷۷ منتشر شد به مرموز بودن شهادت آقا مصطفی اشاره کرد.روزنامه السفیر چاپ لبنان نیز طی گزارشی به انتشار بیانیه رهبران مذهبی ایران که در آن ساواک را مسؤول شهادت حاج آقا مصطفی دانسته اند مبادرت ورزید.
 
حضرت امام به عنوان پیشوای نهضت که هدایت و رهبری انقلاب را به عهده داشت، همواره سعی داشت با شناخت کامل از وضعیت جامعه ایران در هدایت نهضت تلاش کند. بدیهی است در پی شهادت حاج آقا مصطفی و حضور جدی مردم در صحنه، حضرت امام علی رغم اینکه از شهادت فرزند گرامی خود که او را امید آینده اسلام می دانست ناراحت و اندوهگین بود، ذرهای در حرکت انقلابی خویش عقب ننشست و در چنین شرایطی که دشمن در آرزوی مشاهده ضعف، نا امیدی و ضربه پذیری امام بود، حتی حاضر به تغییر برنامه های معمول خود در درس و بحث نیز نگردید و از موقعیت به وجود آمده برای ایجاد تحرک و همبستگی بیشتر سود جست.
 
از همین مقطع به بعد است که امام به رغم دوری چندین ساله از ایران به واسطه شناخت دقیق و ارتباط عمیق عاطفی با مردم پی در پی اعلامیه‌های پر محتوا و روحیه بخش خود را خطاب به مبارزین و اقشار مردم در داخل و خارج از کشور صادر کرد. مؤلفین کتاب سلسله پهلوی و نیروهای مذهبی به روایت تاریخ کمبریج می نویسند: «در طول این دوران اعلامیه‌های آیت الله خمینی که ایستادگی در مقابل این رژیم سفاک را توصیه می کرد، بیش از پیش به ایران می رسید.» مفسر بی بی سی نیز طی تحلیلی در همین زمینه مدعیست: «استقبال مردم بر تندی لحن آیت الله خمینی افزود و در اینجا بود که آیت الله خواستار سرنگونی دودمان پهلوی شد.»
 
از نکات جالب توجه درباره موضع امام این است که ایشان در اولین اظهارنظر پس از شهادت فرزند گرامیشان از موضع یک رهبر بزرگ و برخوردار از پذیرش اجتماعی خطاب به روحانیت موجود در دستگاههای دولتی خواست که مانند على بن یقطین (روحانی مجاهد و برجسته شیعه در دستگاه خلاف عباسی) حضور خود را تداوم بخشند.این موضع دقیقا از جایگاه یک رهبری فراگیر اتخاذ می شود که از مشروعیت بالایی در لایه های مختلف اجتماعی برخوردار است.
 
امام خمینی (رضی الله عنه) مدتی بعد در مصاحبه با روزنامه لوموند ضمن اشاره به عملکرد حکومت پهلوی که موجب محرومیت ملت ایران از آزادی، استقلال و ترقی شده تأکید کرد: «آخرین قیامها مقدمه انفجار عظیمی است که نتایجش غیر قابل محاسبه است.» و در ادامه همین گفتگو در پاسخ به سوالی پیرامون اعتراضات ناشی از شهادت حاج آقا مصطفی می گوید: «مسلما مردم خدمتگزاران خود را دوست می دارند و مرا و نیز پسرم را خدمتگزار خود می دانند. دنبال این جریان هر کشتاری که رژیم ترتیب داد، تظاهرات تازه ای را به مناسبت چهلم کشته شدگان موجب گردید. اما مطلب اصلی و اساسی پسر من نیست. مسئله اساسی، عصیان و قیام همه مردم بر ضد ستمگرانی است که بدانها ستم می کنند.» پرواضح است که حضرت امام همواره با عنایت و توجه به محور مردم بود که کشتی انقلاب را در امواج و طوفان های سیاسی و فرهنگی هدایت کرد و به ساحل پیروزی رهنمون شد.
 
یکی از شیوه‌های اعتراضی مردم در مراسم و بزرگداشت های مرتبط با شهادت سید مصطفی خمینی الهام از تاریخ و شبیه سازی های تاریخی با هدف اثبات محکومیت شاه و عدم مشروعیت حکومت تحت سلطه او بود. تشبیه شاه به نمرود و یزید و تشبیه امام خمینی به ابراهیم و امام حسین (علیه السلام) که در مجالس مختلف و گفت و گوهای مردم صورت می گرفت با همین هدف دنبال می شد. همچنین در موردی دیگر جشن تولد امام رضا(علیه السلام) که همه ساله از سوی اعضای جبهه ملی در تهران برگزار می شد با تصمیم بانیان مجلس تغییر کرد و به مجلس قرائت قرآن، سوگواری و سخنرانی سیاسی تبدیل شد. از نظر این عده با درگذشت حاج آقا مصطفی مجلس جشن تولد امام رضا(علیه السلام) باید به عزا تبدیل می شد.
 
به هر حال با عنایت به آنچه که گفته شد و مجموعه حوادثی که پس از شهادت آیت الله سیدمصطفی خمینی به وقوع پیوست می توان گفت که این حوادث همگی علائم و نشانه های بارز فقدان مشروعیت رژیم پهلوی بود. عزیمت گروه های مختلف مردم از سایر شهرهای کشور به تهران به منظور شرکت در مراسم بزرگداشت سیدمصطفی خمینی، برگزاری جلسات فاتحه در کشورهای دیگر تسلیت چهره های سیاسی و مبارز سایر کشورها (عرفات)، افزایش تحرکات دانشجویی در دانشگاه‌ها، پیش بینی سقوط دولت از سوی افراد عادی جامعه، اعتراف بنگاه‌های سخن پراکنی خارجی به کنترل نبض سیاسی کشور توسط امام، تجمع کلیه قشرها در اعلام نارضایتی و مخالفت با شاه و تمایل به وحدت در رهبری امام و نهایتا قیام ۱۹ دی سال 1356 همگی حاکی از اشتباه محاسباتی رژیم و عیان شدن عدم مشروعیت آن بود. موضوعی که با علنی شدن آن، مشروعیت رقیب به اثبات رسید و طومار حکومت پهلوی را در هم پیچید.
 
منبع: امید اسلام، معاونت پژوهشی موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی، چاپ و نشر عروج، چاپ اول، تهران، 1390