امام علی (ع) در مدت حکومت کوتاه خویش، برای بر پایی عدالت و رهنمون کردن مردم به سمت اسلام راستین، مورد هجوم سخت منافقان و دشمنان اسلام قرار گرفت؛ و حضرت در مقابل همه آنان ایستادگی کرد و عده زیادی از آنان، در زمان زندگی حضرتشان و نیز بعد از شهادت، به فکر انتقام از ایشان بودند؛ از این رو بنا بر وصیت آن امام مظلوم، ایشان را مخفیانه به خاک سپردند که همین مسئله سبب اختلاف در محل مزارشان شد و تا سالیان دراز این امر بر مردم پوشیده بود تا این که در زمان هارون – خلیفه عباسی – قبر ایشان آشکار شد.
البته ممکن است مصالح دیگری چون حفظ شیعیان نیز در نظر آن بزرگوار بوده زیرا در صورت آشکار شدن قبر حضرتشان، شیعیان و ارادتمندان، شناسایی شده و مورد اذیت و آزار قرار می گرفتند.
از آنجا که برخی از دشمنان اهل بیت (ع) با هدف ایجاد شبهه و جو روانی علیه شیعیان، در صدد انکار دفن حضرت علی (ع) در مکان فعلی بر آمدند عده ای از دانشمندان اسلامی، با نوشتن کتاب هایی، مستندات دفن امام علی(ع) در نجف را ارائه داده اند.