روحانیون هم در پیروزی و برقراری جمهوری اسلامی و هم در رشد و شکوفایی این نظام نقش فعال داشته و دارند. در ساختار حکومتی جمهوری اسلامی جایگاه روحانیون را می توان به سه دسته تقسیم نمود:
1. منصب هایی که انحصاراً در دست اندیشمندان دینی است؛ مانند رهبری و خبرگان رهبری که وظیفه تعیین رهبر را دارند و رئیس قوه قضائیه و نیمی از اعضای شورای نگهبان (فقهای شورای نگهبان) که وظیفه تطبیق قوانین مصوب را با شرع مبین اسلام عهده دار می باشند.
2. منصب هایی که منحصر در عالمان دینی و روحانیون نمی شود و علاوه بر روحانیون واجد شرایط، افراد غیر روحانی نیز می توانند صاحب منصب باشند؛ مانند ریاست جمهوری و ریاست مجلس.
3. موارد و وظایفی که روحانیون و اندیشمندان دینی صرف نظر از انواع نظام های سیاسی حاکم بر جوامع، بر عهده دارند، وظایفی از قبیل بیان اسلام اصیل و ترویج فرهنگ اسلامی، تحقیق در اسلام و اسلام شناسی و تألیف کتب و متون درسی و آموزشی، تهذیب اخلاق خویش و جامعه، روشنگری در جامعه و مبارزه با ظلم و طاغوت، اجرای احکام اسلام در صورت امکان.