بیش از دوازده تالیف و اثر ارزشمند از شیخ به جا مانده، او در نهضت تنباکو که نخستین قیام فراگیر به رهبرى روحانیت بود نقش فعّالى داشت و به عنوان نماینده میرزاى شیرازى در تهران مورد توجّه مردم و روحانیان بود
در آستانه مشروطیت:
بعد از قتل ناصرالدین شاه و در زمان سلطنت مظفرالدین شاه آیت اللّه طباطبایى و آیة اللّه بهبهانى رهبرى نهضت عدالت طلبى را به عهده گرفتند و با توجه به قدرت و نفوذ شیخ فضل اللّه از او درخواست همکارى نمودند – شیخ نیز براى همراهى و حمایت از نهضت عدالت خانه به مبارزان پیوست
نهضت عدالتخانه که ریشه مکتبى و اسلامى داشت بعد از تحصن برخى از مبارزان در سفارت خانه انگلیس رنگ غربى به خود گرفت و کم کم زمزمه حکومت مشروطه بر سر زبانها افتاد و با نفوذ فراماسونهاى وابسته به غرب ماهیت نهضت تغییر کرد و نام آن نیز به نهضت مشروطیت تغییر یافت و با وجودى که فرمان مشروطیت و دستور تشکیل مجلس شوراى اسلامى به وسیله مظفرالدین شاه صادر شده بود امّا متحصنین در سفارت خواهان تغییر مجلس شوراى اسلامى به مجلس شوراى ملّى شدند و یکى از کارهاى مجلس تدوین قانون اساسى بود شیخ فضل اللّه در مورد قانون اساسى پیشنهادهایى به مجلس داد – ذکر مذهب جعفرى به عنوان مذهب رسمى کشور و اصل نظارت فقهاء بر قوانین مجلس شوراى ملّى از جمله این پیشنهادها بود
مخالفت با مشروطه:
شیخ فضل اللّه رحمه الله با حکومت مشروطه و محدود بودن سلطنت مخالفتى نداشت، بحث او در کیفیت این نوع از حکومت در جامعه اسلامى ایران بود که قانون اساسى و دیگر قوانین حقوقى و جزایى باید مطابق قوانین اسلام باشد و به همین دلیل پیشنهاد کرد تا عنوان حکومت، مشروطه مشروعه باشد
ولى تبلیغات مشروطه طلبان چنان قوى و گمراه کننده بود که جو سیاسى و اجتماعى به طور کامل موافق مشروطه خواهان بود و همین موجب شد تا جمعى خواهان تبعید شیخ شوند و گروهى حمله به منزل او را طرح ریزى کنند، از این رو با جعل تلگرامهایى از طرف علماى نجف شیخ را مخلّ آسایش و مفسد معرفى کردند و توطئه قتل شیخ طرح ریزى شد و شیخ فضل اللّه مورد حمله مسلحانه قرار گرفت و مجروح شد، بعد از مرگ مظفرالدین شاه، محمد على شاه به سلطنت رسید و اوضاع کشور به شدت رو به وخامت گذاشت، سعدالدولة براى شیخ پیام فرستاد که با وزیر مختار روسى و انگلیسى گفتگو کردم و براى شما جاى مناسبى در سفارتخانه تهیه کرده ام تا از خطر محفوظ باشید – یا اجازه بدهید پرچم هلند را که کشور بى طرفى است بر بام خانه نصب کنیم تا در امان باشید، شیخ با تبسمى استهزاء گونه فرمودند: باید پرچم ما را روى سفارتخانه بیگانه نصب کنند چطور ممکن است که صاحب شریعت به من که از مبلغین احکام هستم اجازه فرماید پناهنده به خارج از شریعت شوم، آیا روا است که من پس از هفتاد سال که محاسنم را براى اسلام سفید کرده ام حالا بیایم و زیر پرچم بیگانه بروم؟! این در حالى بود که شخص محمد على شاه براى حفظ جان خود به سفارت روس پناهنده شده بود، سرانجام مشروطه طلبان براى انتقام از شیخ فضل اللّه به منزل وى حمله کردند و شیخ را به شهربانى برده و براى محاکمه او را به عمارت گلستان بردند، «مدیر نظام نوابى» مأمور شیخ در محاکمه مى گوید: من در آن وقت از آقا قدرت و شجاعتى دیدم که در تمام عمر ندیده بودم،
بالاخره، بساط دار و مقدمات اعدام در میدان توپخانه فراهم