شهید سید مصطفی خمینی رحمه الله علیه نه فقط خیلی احترام به آقا می گذاشت، خیلی هم مراقبت می کرد، در غذا و در بقیه مسایل خیلی رعایت می کرد حتی این که آقا تنها نماند. و در کارهای آقا نظارت می کرد. وقتی کسالتی پیدا می شد، فورا دکتر می آورد و سؤال می کرد که غذا چیست. مقید بود که یا هر روز یک روز در میان بیاید و با آقا بنشیند و صحبت کند.
 
از سیاست خیلی حرف می زدند. اخبار و مسایل جامعه را به آقا منتقل می کرد، چرا که هم بیشتر در اجتماع بود و هم با ایرانی ها در ارتباط بود. به طور کلی این پدر و پسر با هم رفیق بودند و به هم خیلی علاقه داشتند. مرگ داداش هم آقا را خیلی ناراحت کرد. من زن بودم و داد می زدم و گریه می کردم، ولی او مرد بود و مردی که اطرافش بودند و نمی توانست گریه کند. در مردم می گفت من مصطفی را برای آینده اسلام میخواستم ولی در شب من می دیدم که گریه می کرد مگر می شود پدر گریه نکند ریالا روز ، خود را نگه میداشت ولی من شبها بیدار بودم و می دیدم که واقعا گریه می کرد. برای مصطفی به طور خاصی گریه می کرد.
 
همین علاقه بود که برایش چهل نفر را برای نماز وحشت گرفت. و شب هفت شام داد به طوری که هر که میخواهد بیاید بخورد. (خاطرات خانم معصومه حائری یزدی ، همسر شهید آیت الله سید مصطفی خمینی، کتاب یادها و یادمانها، موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی، جلد دوم، ص۳۹)
 
او را در تمام مستحباتم شریک کرده ام :یک روز داشت نماز مستحبی می خواند (قبل از ظهر). گفتم: آقا بدهید مقداری برای مصطفی نماز بخوانند چرا که شاید در بچگی نمازش را با اشکال خوانده باشد(البته نمازش را از ۱۲ سالگی به طور مرتب می خواند. آقا گفتند: « من او را با تمام مستحبات خودم شریک کرده ام» و آقا خیلی مستحبات داشت. (همان، ص ۳۷)
 
او هم مثل سایر شهدا : یک روز گفتم « امسال برای آقا سید مصطفی خمینی سالگرد نگرفتید. آقا گفت: «آن هم مثل سایر شهداء» یعنی نظرش این بود که برای مصطفی به این عنوان که پسر اوست برنامه ای نباشد و امتیازی نداشته باشد. (همان، ص۳۷)
 
در تمام سختیها با امام بود: آنچه که من در برادرم دیدم و آن را در کمتر کسی یافتم، صراحت لهجه ایشان بود. به این معنا که حاج آقا مصطفی (رضی الله عنه) در مسایل اسلامی به هیچ وجه با کسی تعارف نداشت و خیلی صریح صحبت می کرد. مثلا در طول مبارزات ۱۹-۱۵ ساله امام (رحمة الله علیه) از سال ۱۳۶۲ هجری شمسی، کسی را اگر می دید که زمانی رفیقش بوده و از راه راست منحرف شده و با دستگاه همکاری می کند یا سکوت کرده است، صریحا به او می گفتند من دیگر نمی توانم با تو باشم، تو آن طرف جوی و ما این طرف، و این صراحت به حدی بود که گاهی بعضی از این دوستان وقتی او را صدا می زدند، هرگز جوابی نمی شنیدند. به همین مناسبت به قول امروزی‌ها خیلی ملاکی بود زیرا هرگز نمی خواست که در مسایل مختلف مماشات کند. از صفات بارز ایشان عشق و علاقه زیاد به پدرم بود. من گاهی می گفتم که این محبت از صورت علاقه فرزند و پدری خارج شده است. رابطه ایشان با پدرم فوق العاده بود و در زندگیش هم نشان داد که نسبت به امام چقدر از خود گذشتگی دارد، در تمام سختی ها با امام (رحمة الله علیه) بود و هرگز در مقابل مشکلات امام (رحمة الله علیه) بی تفاوت نمی ماند، خلاصه همه جا با ایشان بود. (خاطرات مرحوم سید احمد آقا خمینی، کتاب یادها و یادمانها، موسسه تنظیم و نشر آثار امام، جلد اول، ص 49)
 
خونسرد و قاطع بود:هرگز خونسردی خود را از دست نمی داد. یادم نمی رود همان موقعی که پدرم را گرفته بودند، ایشان به منزل آمده و خیلی عادی نشسته بود، با این که می دانستم به واسطه علاقه ای که به پدرم دارد تا چه حد ناراحت است ولی بسیار آرام و خونسرد بود و با حرف هایش به بقیه روحیه می داد و از این نظر ممتاز بود.
 
ایشان دو نوع فعالیت داشت: اولا فعالیت مخفیانه که به صورت پول دادن، اعلامیه منتشر ساختن، سخنرانیها و… بود و ثانیا کارهای علنی ایشان در حفظ بیت حضرت امام خمینی (رحمة الله علیه) در زمان زندان و تبعید امام (رحمة الله علیه)، البته خود ایشان هم به ترکیه تبعید شدند، که در هر بعد خوب عمل می کردند. دوستان و برادران ایشان در این زمینه از او کاملا راضی هستند. از دیگر خصایل بارز ایشان قاطعیت در برخورد با مسائل بود. (همان، ص 50)
 

یک خاطره از احمد آقا: من شاگرد ایشان بودم

ایشان یک مجتهد عالم اصولی، فقیه، فیلسوف خوبی بود. ادبیات عرب و تاریخ را به خوبی می دانست. وقتی برای آخرین بار به نجف رفتم، معمم بودم و در آنجا نزد ایشان مدتی درس خواندم بنابراین علاوه بر احساس برادری نسبت به ایشان احساس شاگردی هم دارم و با از دست دادن ایشان ضربه بزرگی خوردم. روزی در حرم حضرت ابوالفضل، عربی یک شیشه عطر از پشت سر امام داخل قبای ایشان می ریزد. امام آمدند منزل ناراحت که بوی عطر بد مال کیست. همه گفتند ما نزدیم همه فهمیدند که به عبا و قبای ایشان عطر زدند. در آوردند بعد دیدند کار خراب تر است. پیراهنشان را در آوردند، دیدند نشد. رفتند حمام. فردا لباسهای داداش را پوشیدند و برادرم لباسهای آقا را. آقا حاضر نشد داداش توی ماشینشان بنشینند. داداش با ماشین دیگر آمدند نجف و آمدند منزل آقا گفتند از من در اتوبوس پول نگرفتند گفتند چرا؟ برادرم گفت برای اینکه بوی خوب میدادم. این عطر شبیه به تیروز بود که به دروغ می گویند امام آن را دوست دارد. (همان، ص ۵۱)
 
منبع: امید اسلام، معاونت پژوهشی موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی، چاپ و نشر عروج، چاپ اول، تهران، 1390