آنچه در برخی سایت های ضد انقلاب مبنی بر اینکه علت اعدام عباسعلی خلعتبری ، نقش وی در توسعه فناوری هسته ای می باشد مطلبی است که در هیچ یک مستندی از آن ذکر نمی شود و متاسفانه در برخی از سایت های داخلی همچون سایت مرکز دائره المعارف بزرگ اسلامی نیز بدون اشاره به مستند خاصی عینا نقل شده است و حال آنکه برای علمی و متقن بودن هر ادعایی لازم است حداقل مستند ادعا نیز در پاورقی ذکر شود که متاسفانه در اینجا هیچ مستندی و لو مستندی که در صورت بررسی دروغ بودنش اثبات شود به این ادعا ضمیمه نشده است و به همین دلیل امکان بررسی صحت و سقم اصل مستند وجود ندارد .
بر اساس اسناد و شواهد موجود جرم عباسعلی خلعتبری هیچ ارتباطی به مساله هسته ای و یا قرارداد الجزایر نداشته و اصل اتهام وی همچون بسیاری از وابستگان به رژیم پهلوی که اعدام شدند مشارکت در تحکیم و بسط دیکتاتوری منحوس رژیم سلطنتی پهلوی بود که این اقدام به دلیل اینکه منجر به نابودی کشور و نیز قتل عام هزاران انسان بی گناه و زندانی شدن هزاران تن دیگر در طول این دوران سیاه ، عقب ماندگی کشور ، وابستگی همه جانبه کشور به بیگانگان و … شد قطعا جرمی نابخشودنی بود که مستحق اشد مجازات بود . به عنوان مثال در بخشی از یکی از گزارش هایی که در مورد دادگاه عباسعلی خلعتبری آمده است در مورد کیفر خواست وی به نقل از رئیس دادگاه به صورت خلاصه چنین گزارش شده است : «آقای خلعتبری شما متهم هستید به فساد در زمین ، قیام علیه حاکمیت ملی ، عضویت در هیئت حاکمه ضد ملت ، وزیر خارجه و عضو ارشد آن حکومت ، شما شریک جرم آن حکومت بودید که به دست امپریالیست ها و اربابان آمریکایی اداره می شد ، استخدام عناصر ساواک و سیا در وزارت خارجه و … »(روزنامه کیهان ، 23فروردین 1358 ، ص2) همانگونه که در اظهار نظر رئیس دادگاه که در واقع اشاره به کیفر خواست متهم دارد مشاهده می شود اصلی ترین اتهام آقای خلعتبری ، همان مشارکت در تحکیم و تداوم رژیم دیکتاتوری پهلوی است که چنین جرمی در واقع مشارکت در جنایت بر علیه ملت ستم کشیده بود و باعث شد تا وی به اعدام محکوم شود و بر این اساس حتی اگر مشارکت خلعتبری در امضای قرارداد هسته ای یا قرارداد الجزایر نیز جزء اتهامات وی بود قطعا این اتهام ، به عنوان اتهام اصلی او نبوده و وی به خاطر این اتهامات اعدام نشده است و نهایتا باید بگوییم که این اتهامات جزء مواردی بود که برای وی در نظر گرفته شده است اما هیچ سندی مبنی بر اینکه اتهامات او تبدیل به عنوان مجرمانه نیز برای وی شده و وی به خاطر این جرایم اعدام شده است وجود ندارد . شایان ذکر است یکی از مطالبات اصلی مردم پس از پیروزی انقلاب اسلامی محاکمه و مجازات کسانی بود که در تداوم این دوران سیاه نقش آفرین بودند و آنچه در دادگاه های اول انقلاب انجام می شد گامی در راستای این مطالبه مردمی به شمار می رفت . در واقع جرم اصلی این افراد خیانت به ملت بود و این جرم به اندازه ای آشکار بود که می توان گفت از نوع «جرایم مشهود» به شمار می آمد که اثبات آن چندان نیاز به طول و تفصیل ندارد و مردم نیز پس از برگزاری این دادگاهها و اجرای عدالت از این موضوع استقبال نمودند و مهر تایید مردمی بر محاکمه و مجازات خائنان به ملت زدند .
اصل اینکه در ابتدای پیروزی انقلاب اسلامی عده ای با اصل داشتن انرژی هسته ای مخالف بودند مساله ای نیست که کسی آن را انکار نماید اما مساله این است که اولا تعداد این افراد بسیار اندک بود به طوری که شبهه اندازانی که در صددند تا مخالفت نظام با انرژی هسته ای را در ابتدای انقلاب القاء کنند جز یک مقاله در روزنامه جمهوری اسلامی هیچ سند دیگری در این زمینه پیدا نکرده اند که نشان می دهد مخالفت با این موضوع ، اساسا خواسته ای عمومی نبوده و صرفا یک دیدگاه بسیار نادر بوده است که به قلم فردی به نام عبدالرحمان علوی که حتی جزء مشاهیر انقلاب هم نبوده است ثبت شده است . ثانیا در ابتدای پیروزی انقلاب اسلامی و به ویژه در سال 1358 هنوز خط مشی ها و سیاست های کلی نظام اسلامی در زمینه موضوعات مختلف از جمله انرژی هسته ای تدوین نشده و در مورد آن تصمیم گیری نشده بود و به همین دلیل کلیه مواضعی که در این مقطع در مورد مخالفت یا موافقت با انرژی هسته ای مطرح می شود فاقد رسمیت می باشند و نباید آن را به نظام نسبت داد مگر اینکه حداقل از سوی یک نهاد رسمی نظام جمهوری اسلامی چنین موضعی صادر شده باشد و مخالفتی نیز از جانب سایر نهادهای ارشد نظام از جمله رهبری نظام با آن صورت نگرفته باشد که در این مقطع نه تنها هیچ واکنشی در این زمینه صورت نگرفته است بلکه با انتصاب رئیس سازمان انرژی اتمی و در واقع زدن مهر تایید بر ادامه کار آژانس ، به نوعی مهر تایید بر اصل فعالیت هسته ای زده شده است و حال آنکه اگر همانگونه که ادعا شده است نظام با داشتن انرژی هسته ای مخالف بوده و آن را یک خیانت به ملت تلقی می کرد در فضای انقلابی آن مقطع به راحتی می توانست انحلال آن را کلید بزند همانگونه که سازمانی همچون ساواک با وجود داشتن تشکیلات گسترده در داخل و خارج از کشور و صدها نیروی انسانی به دلیل ماهیت خائنانه آن به راحتی منحل شد . ثالثا شواهد حاکی از این است که بر خلاف برخی دیدگاه های نادر در مخالفت با اصل داشتن انرژی هسته ای، اراده قوی ای برای بهره برداری از این انرژی وجود داشت و به همین دلیل در همان سالهای آغازین پیروزی انقلاب اسلامی، نظام در صدد احقاق حقوق خود و احیای قراردادهایی که با طرف های غربی بسته شده بود بر آمد و حتی گفته می شود شهید چمران نیز با توجه به مدرک تخصصی اش که مرتبط با فیزیک هسته ای بود طرح هایی در راستای استفاده از انرژی هسته ای صلح آمیز داشت که با شهادت وی متاسفانه عملیاتی نشد .
به هر حال اولا اعدام عباسعلی خلعتبری نه به قرارداد هسته ای ارتباطی داشت و نه به قرارداد الجزائر و ادعاهایی که در این زمینه می شود فاقد مستند معتبری می باشد. ثانیا نظام اسلامی به عنوان نظامی معقول و منطقی مواردی که توسط نظام سابق امضاء شده بود ولی اصل آن مخالف با منافع ملت و ارزش های دینی نبود را نه تنها ملغی نکرد بلکه آنها را به رسمیت شناخت و در ادامه صرفا اشتباهات آن را تصحیح نمود که اصل تلاش رژیم برای بهره برداری از انرژی هسته ای (فارغ از کیفیت این تلاش) و نیز اصل قرارداد الجزائر از جمله این موارد بودند. نظیر این مطلب را باید در باره رادیو و تلویزیون گفت که در دوران رژیم شاهنشاهی به وجود آمده بود و حتی شاید برخی معتقد بودند با پیروزی انقلاب اسلامی باید آن هم تعطیل شود ولی نظام اسلامی به جای تعطیلی این سازمان، ضمن پذیرش اصل آن اقدام به اصلاح آن در حد مقدور نمود. ثانیا کلیه ادعاهایی که در مورد مخالفت با داشتن انرژی هسته ای در ابتدای انقلاب مطرح شده است فاقد رسمیت بوده و عمدتا دیدگاه های شخصی بوده است و نه دیدگاه نظام که به لحاظ کمّی نیز تعداد اندکی را شامل می شود و نظام اسلامی نیز در همان زمان با اقدامات خود از جمله برخی اقدامات حقوقی نسبت به اعاده حقوق خود در نیروگاه بوشهر اثبات کرد که مخالف این دیدگاه های نادر می باشد.