یکی از درخشان ترین امتیازات تفسیر گرامی آیت الله سید مصطفی خمینی (رضی الله عنه)، این است که مفسر عالی مقام در ذیل تفسیر آیات سرفصلی را تحت عنوان «اخلاق» گشوده است که در آن نکات اخلاقی و دقایق معنوی مستفاد از آیات قرآن کریم را بیان کرده است. جهت روشن شدن نوع، مفهوم، هدف، اهمیت و زبان اخلاق از دیدگاه مؤلف، به طور اختصار مطالبی آورده می شود.
 
آنچه در مراکز علمی به نام اخلاق یاد می شود و در ارتباط با آن کتاب تألیف یافته و یا تدریس می شود یک نوع دانش خاص با هدف معین نیست بلکه تحت عنوان اخلاق از پنج دانش خاص با اهداف گوناگون و روش های متفاوت یاد می شود که باید مشخص کرد که منظور مؤلف از اخلاق اسلامی کدامیک است.
 
١- اخلاق معاشرتی: با هدف برقرار ساختن رفتار نیکو و محبت متقابل و زدودن خصومت و عداوت بین انسان و دیگران.
 
2- اخلاق سیر و سلوکی: با هدف بیدار سازی انسان و هدایت قدم به قدم او تا پیشگاه قرب الهی.
 
۳- اخلاق توصیفی: و آن اخلاقی است که در مراکز رسمی تدریس می شود و هدف از آن روشن ساختن و توضیح دادن مفاهیم و مطالب اخلاق است تا دانشجو به درک معانی آنها نایل آید.
 
4- اخلاق دستوری: و منظور از آن دستور و فرمانی است که از مقام آگاه به منظور رشد و کمال به انسان می رسد و اخلاق دستوری را می توان تشبیه کرد به پزشکی که با آگاهی از درد و درمان، برای مریض نسخه شفا می نویسد.
 
5- اخلاق سیاسی: و آن مهارت هایی است که برای رسیدن به قدرت و مقام به کار گرفته می شود و از آن سیاستمداران برای به دست آوردن قدرت و نفوذ بیشتر در مردم بهره می گیرند و هم اکنون باید دید و منظور مفسر بزرگوار از اخلاق چیست.
 
و اما اخلاق معاشرتی، اسلام در روابط انسانها در دنیا بهترین دستورات و ظریف ترین نکات را بیان داشته است به طوری که اگر دستورات دینی به کار بسته شود، جالب ترین و زیباترین زندگی و سعادت برای انسان تامین خواهد شد ولکن مطلب اساسی و قابل توجه این است که دین، آبادی و سعادت دنیایی را نردبانی برای رسیدن به آخرت قرار داده است پس یک دستور دینی در عین اینکه محبت در بین انسانها ایجاد می کند اگر آنان این دستور را به خاطر خدا بجا آورند آخرت آنان نیز تامین می گردد مثلا اگر کسی به پدر و مادر برای رضای خدا احسان کند این دستور هم دنیا را آباد می کند و رابطه محبت بین فرزند و پدر و مادر ایجاد می کند و هم موجب ثواب و رسیدن به رضای خداوند می گردد بنابر این دستورات دینی یک سکه دو رو می باشد که یک روی آن سعادت دنیا و آبادانی و روی دیگر آن رسیدن به قرب و آخرت است. روی این جهت اخلاق اسلام را تنها اخلاق معاشرتی نمی توان نامید که فقط به محبت متقابل بین افراد انسان نظر دارد و به آخرت کاری ندارد. اما اخلاق سیر و سلوکی، البته اخلاق اسلامی سیر و سلوکی است و به منظور رساندن انسان به خداوند می باشد ولکن با روش ها و دستورات و هدف های مخصوص به خود که در هیچیک نمی توان یافت و تنها طریقه حقه سیر و سلوک را از ائمه اطهار می باید طلب و جست و جو کرد. به اختصار بیان می گردد که اخلاق اسلامی از نوع اخلاق توصیفی و سیاسی نیست بلکه با این سنجش می توان گفت اخلاق اسلامی از نوع اخلاق دستوری و سیر سلوکی است، در حین اینکه اهداف اخلاق معاشرتی در آن تامین می گردد و منظور مؤلف هم از اخلاق درست همین اخلاق سیر و سلوکی و آن عبارت است: از مجموعه دستورات به دست آمده از قرآن و روایات ائمه اطهار به منظور سیر و سلوک و رساندن انسان به مقام قرب، رضوان و لقای خداوند است. از این رو مفسر عالی مقام در بیانات اخلاقی خویش همواره به لطایف و دقایق سیر و سلوکی قرآن و موعظه های بیدارساز، ارکان سلوک و موانع آن، دوری از غفلت، آراستن قلب با یاد خداوند، می پردازد و به هیچ وجه گفتارهایی که به هدایت انسان نمی انجامد روی نمی کند.
 
اهداف عمده دانش اخلاق عبارت است از: ۱- تخلیه یعنی واراسته شدن انسان از هر گونه اخلاق زشت و پلید. ۲- تحلیه یعنی آراسته شدن انسان به اخلاق پسندیده و نیک. ۳- تجلیه یعنی منور ساختن باطن به نور حقایق الهی. – فنای انسان به جایی برسد که بتواند فقط خدا را مشاهده کند و آنچه غیر اوست از چشمش محو شود او مشغول دیدار جلال و جمال کبریایی گردد. منظور اخلاق اسلامی این است که انسان را به این مراحل سیر دهد و به سعادت واقعی برساند. می توان برای اخلاق اسلامی به بیانی نزدیک به روایات ۳ هدف اساسی، یاد کرد. ١- قرب ۲- رضوان ۳ – لقاء الله که دستورات سیر و سلوکی نخست ما را به جانب قرب می برد و سپس مشمول رضوان خداوند می گرداند، تا در نهایت انسان به القای خداوند نائل گردد.
 
مفسر عالی قدر با روح بزرگ و دانش استوار و قلب مهربان و دلسوزان و زبانی مؤثر و بیانی سازنده و گدازنده و گفتار بیدارآفرین و غفلت زدا، به طور مدام در بیانات خویش به تعقیب و تحقیق اهداف فوق پرداخته است و با تمام توان و بیان درصدد برآمده است تا با نجات انسان از ظلمت، شرک، ریا، عجب، غفلت و پلیدیها، او را به عالم نورانی توحید، انس، رضوان و لقا وارد سازد. قابل توجه این است که مفسر عالی مقام تمام مراتب یاد شده را با توجه به دقایق معنوی و لطایف باطنی نهفته در آیات و با استفاده از دلالت و اشارت قرآن کریم بیان می دارد و به آنچه بیرون از مدلول آیات است نمی پردازد و این روش را به عنوان شیوه تفسیری خویش اعلام می دارد.
 
منبع: امید اسلام، معاونت پژوهشی موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی، چاپ و نشر عروج، چاپ اول، تهران، 1390