در این باره گفتنى است آن حضرت از کشته شدن عثمان در چنان موقعیتى به هیچ وجه راضى نبوده و به نحوه برخورد مردم با عثمان اشکال مى کرده است این مسأله را به نفع دشمنان اسلام که در رأس آنها معاویه و بنى امیه بود مى دانست به همین دلیل بااین عمل، قتل عثمان از نظر سیاسى راضى نبود و به شکلى از عثمان در مقابل مهاجمان حمایت مى کرد که شامل وادار کردن عثمان به توبه از کارهاى گذشته خویش و آرام کردن مردم مى باشد، (تاریخ سیاسى اسلام ج 2/370). باتوجه به کارهایى که عثمان در دوران خلافتش انجام مى داد از جمله آزار وتبعید بهترین صحابه پیامبر(ص) وروى کار آوردن آل مروان و بنى امیه و کسانى که فاسق و مطرود پیامبر(ص) بودند و نحوه برخورد خلیفه با بیت المال و با توجه به موضع مردمى که عثمان را مفسد و واجب القتل مى دانستند دفن نکردن و نماز نخواندن امام على(ع) برجنازه عثمان روشن است یعنى او موقعیت دینى و اجتماعى خویش را از دست داده بود وامام نمى توانست بر جنازه چنین فردى نماز بخواند و این که جنازه عثمان سه روز یا دو روز در زمین باقى ماند علتش این بود که مردم نمى گذاشتد او را دفن کنند و حتى اجازه ندادند او را در قبرستان مسلمانان دفن کنند. (تاریخ طبرسى، ج 6 ص 2314 – 2315). واین که عده اى موفق شدند عثمان رادفن کنند باز کمک على(ع) بود که شورشیان را آرام کرد و آنان توانستند عثمان را دفن کنند در این مورد طبرى از ابى بشیر عابدى نقل مى کند: «عثمان را سه روز انداخته بودند ودفن نمى کردند پس از آن حکیم بن جزام قرشى از بنى اسد بن عبدالغرى و جبیربن مطعم بن عدى بن نوفل بن عبد مناف با على(ع) درباره دفن وى سخن کردند و از او خواستند که به کسان عثمان اجازه این کار را بدهد حضرت على چنین کرد و اجازه داد و چون خبر شایع شد با سنگ بر راه نشستند تنى چند از کسانش جنازه را بیاوردند و مى خواستند به یکى از باغهاى مدینه برند که آن را حش کوکب مى نامیدند و یهودیان مردگان خویش را در آن جا دفن مى کردند و وقتى وى را میان مردم آوردند تخت وى را سنگسار کردند و مى خواستند او را بیندازند و چون على(ع) خبر یافت کس فرستاد و قسمشان داد که دست از او بدارند و چنان کردند پس او را ببردند و در حش کوکب دفن کردند و چون معاویه بن ابى سفیان برمردم تسلط یافت بگفت تا باغ را خراب کردند و آن را به بقیع پیوست و بگفت تا کسان مردگان خویش را به دور قبر عثمان دفن کردند تا به قبور مسلمانان پیوست. در مورد نماز و دفن عثمان سیوطى در تاریخ خلفا نقل مى کند که عثمان وصیت کرده بود که زبیر برایش نماز بخواند. (تاریخ خلفا، جلال الدین سیوطى ص 115). از طرفى چه بسا بتوان عدم حضور امام در خاکسپارى جنازه عثمان را نشانه اعتراض آن حضرت به شیوه رفتارى عثمان و فاصله گرفتن وى از دستورهاى الهى و سنت نبوى دانست و چنان که آن حضرت وى را خورنده بیت المال معرفى مى کند. (نهج البلاغه خطبه سوم، معروف به خطبه شقیقه).