به طور کلی در مجموعه سخنان و سفارشات منسوب به حضرات معصومین(علیهم السلام) درباره مسجد مقدس جمکران به دو قسم از فضائل اشاره شده است:
1. اهمیت تکوینی: در سخنانی که حضرت علی(علیه السلام) به پسر یمانی فرموده اند این گونه آمده است:… ای پسر یمانی اینجا (جمکران) زمینی مقدس و پاک از همه آلودگیهاست…. بر این زمین اثر نور حق ساطع شود و از این زمین مردم رایحه و بوی مشک استشمام کنند… منازل و مواضع و زمینهای اینجا عالی و گرانبها گردد.
علاوه بر این در ضمن فرموده های حضرت حجة بن الحسن (علیه السلام) به حسن بن مثله آمده بود به حسن مسلم بگو: « اینجا زمینی شریف است خدای تعالی این زمین را از زمینهای دیگر برگزیده است و به آن فضیلت و برتری داده است». از این قبیل تعابیر استفاده می شود که زمین جمکران نظیر زمینهای مکه و مدینه دارای ارزش تکوینی خاصی است.
2. همانطور که در حکایت بنای مسجد جمکران بیان شد در بخشی از فرموده های حضرت امام زمان(علیه السلام) آمده بود که ثواب اعمال عبادی نظیر اقامه نماز در این مکان شریف بسیار زیاد است تعبیر آن حضرت این بود که: »هر کس آن دو رکعت نماز را (با شرایط خاصش) در این مکان شریف به جای آورد مثل آن است که در کعبه این نماز را خوانده است». این امر نشان می دهد که از نظر معنوی این مسجد از جایگاه ویژه ای برخوردار است.
بر این اساس یکی از مکان های مقدس و منتسب به امام زمان (عج) مسجد مقدس جمکران است که به جهت شرافت خاص آن ، ساخته شده است. آیت الله العظمی مرعشی نجفی نیز در تأیید مسجد جمکران می فرماید: این مسجد شریف مورد احترام کافه ی شیعه بوده است، از غیبت صغری تا به امروز که حدود یک هزار و دویست و دو سال می گذرد و همینطور که شیخ بزرگوار مرحوم صدوق علیه الرحمة کتابی به نام مونس الحزین دارند که حقیر آن نسخه را ندیده ام ولی مرحوم آقای حاج میرزا حسین نوری استاد حقیر از آن کتاب نقل می فرماید، و بالجمله این مسجد مقدس مورد احترام علمای اعلام و محدثین کرام شیعه بوده و کرامات متعددی از مسجد جمکران دیده شده است. اما در بیان علت ساخت به موارد زیر می توان اشاره نمود:
اولا؛ در فرهنگ اسلامی مسجد جایگاه ویژه ای دارد، اعتبار و اهمیتی که اسلام به مسجد به عنوان پایگاه معنوی و توحیدی داده به هیچ نهادی نداده است. اقدام مهم رسول خدا صلی الله علیه و آله پس از هجرت به مدینه، ساخت مسجد بود. با توجه به اهمیت و حساسیت و موقعیت جهانی شهر مقدس قم و توصیه هایی که در لسان روایات نسبت به آن وارد شده است. اقدام امام عصر (عج) در ایجاد و تأسیس این پایگاه معنوی و باعظمت، در راستای رشد و تعالی مؤمنان و ظرفیت بخشی به منتظران در دوران غیبت کبری بوده است، و این عنایت نیز می تواند در ادامه ی توصیه ی ائمه علیهم السلام و تأکیدی بر مرکزیت شهر مقدس قم بعنوان اول پایگاه جهان تشیع در عصر غیبت باشد.
ثانیاً؛ تأسیس مسجد جمکران بر این اساس صورت گرفته است، که جلوه گاه عنایات و کرامات امام عصر (عج) و میعادگاه منتظران و شیفتگان قائم آل محمد (عج) در عصر پرفتنه و سراسر آشوب غیبت باشد. تا مردم با مراجعه ی به این مکان نورانی و مشاهده ی عنایات و کرامات آن حضرت (عج) بر ایمانشان افزوده گردد، و از گزند توطئه های شیاطین جنی و انسی و شبهه افکنی دشمنان و شبهه افکنان اعتقادات دینی در امان باشند.
ثالثا؛ از جمله دلائلی ساخت این مسجد می توان به این نکته اشاره کرد که مردم از برکات معنوی مسجد بهره جسته، خود را در برابر دیده گان حضرت (عج) حاضر ببینند، عقده های خویش بر آن حضرت (عج) عرضه نمایند و برای ظهور یگانه منجی عالم بشریت دعا کنند. اصولا در یک جامعه ی سراسر شیعی و در راستای سامان بخشیدن به تفکر ناب مهدویت، تقویت روح انتظار و نیز در جهت انسجام بخشی به دیدگاه های مختلف ادیان و مذاهب نسبت به جریان ظهور و شناخت ابعاد گسترده ی شخصیت الهی و انسانی منجی، ضرورت وجود پایگاهی عظیم نظیر مسجد مقدس جمکران انکار ناپذیر است.