به دستور مأمون، مسیر حرکت کاروان امام از راه بصره و اهواز و فارس بود.[ کافى، ج1، ص 486؛ مقاتل الطالبیین، ص 454. ] یعقوبی (وفات: 284ق) می نویسد: «آن بزرگوار را از راه بصره آوردند تا به مرو رسید.»[ ترجمه تاریخ یعقوبى، ج 2، ص473.] خطیب بغدادی نیز به دستور مأمون در انتخاب مسیر اشاره می کند که مدینه، بصره، اهواز، فارس، نیشابور و مرو بود؛ حتی امام را در مسیر فارس به نیشابور به انتخاب راه «بست» مُلزم کرد تا راه جبال را نپیماید.[ خطیب بغدادی، تاریخ بغداد، ج 19، ص 141.] البته از هروی چنین نقل است: «او [امام رضا(علیه السلام)] را به کوفه بردند و از آنجا، از راه بصره به مرو رفت.»[ عیون أخبار الرضا(علیه السلام)، ج2، ص 141. ] البته این نکته را باید اضافه کرد که قرار گرفتن کوفه در مسیر حجاز و بصره بعید به نظر می رسد.
به هرحال، مأمون این مسیر را با این هدف انتخاب کرد که حضرت رضا(علیه السلام) از مراکز تجمع شیعیان، مثل شهر کوفه، عبور نکنند.[ سیدعلى محقق، زندگانى پیشواى هشتم(علیه السلام)، ص 74. ] رجاءبن ابی ضحّاک که از طرف مأمون، مأموریت آوردن امام رضا(علیه السلام) را داشت، نقل کرده است که امام به هر شهری که قدم می گذاشتند، مردم آن شهر به سوی ایشان می آمدند و مسائل دینی خود را از حضرت می پرسیدند و حضرت نیز پاسخ آنان را می دادند. همچنین برای آنان احادیث بسیاری از پدر و پدرانشان، از علی(علیه السلام) و رسول خدا(صلی الله علیه و آله و سلم) نقل می کردند.[ عیون أخبار الرضا(علیه السلام)، ج2، ص 183. ] در این بین، مهم ترین گزارش، حضور امام در نیشابور است و حضرت پس از ترک این شهر، در توس، از قریه های سناباد عبور کردند. سناباد آن زمان، مشهد فعلی است. بعد، به سرخس رفتند و سرانجام، پس از تحمل حدود چهار ماه سفر و گذر از مناطق مختلف، در نیمه ی اول سال 201ق وارد مرو، مرکز حکومت مأمون شدند.[ همان، ص 136. ]