خمس ریشه قرانی دارد:﴿و اعلموا انما غنمتم من شیء فان لله خمسه للرسول و لذی القربی و الیتامی و المساکین و ابن السبیل…﴾«بدانید که هر گاه چیزی به غنیمت گرفتید، خمس آن از آن خدا و پیامبر و خویشاوندان و یتیمان و مسکینان و در راه‌ماندگان است… ».بعضی از فرقه‌های اسلامی که خمس را در زمره ی فروع دین به شمار نمی‌آورند، بر این عقیده‌اند که این آیه ی شریفه منحصراً مربوط به غنایمی است که در جنگ با کافران نصیب مسلمانان می‌شود؛ به عبارت دیگر، چنانچه از طریق جنگ با کافران اموالی به دست مسلمانان برسد، به آن خمس تعلق می‌گیرد. آنان معتقدند که سهم خداوند تشریفاتی است و پرداخت آن میسر نیست. سهم پیامبر اکرم (ص) نیز با رحلت ایشان از بین می‌رود. منظور از «لذی القربی» در این آیه حضرت زهرا(س) و همسران پیامبر اکرم(ص) است که با فوت ایشان سهم آنان نیز از بین می‌رود. بنابراین، آیه‌ای که درباره ی خمس در قرآن آمده است، در زمان پیامبر اکرم (ص) و خانواده ی ایشان مصداق پیدا می‌کرده استسابقه ی تاریخی خمسپرداخت خمس در طول تاریخ شیعه دارای سابقه‌ای طولانی است. در کتب روایی و تاریخی اشارات روشنی در مورد پرداخت خمس و سهم امام به ائمه طاهرین(ع) وجود دارد و به این دلیل، هم امامان بزرگوار و هم شیعیان آنان تحت فشار حاکمان زمان خود قرار می‌گرفتند. گاهی سختگیریها به حدّی بود که بعضی از امامان معصوم(ع) برای حفظ جان شیعیان، به حکم تقیّه پیروان خود را به طور موقّت از پرداخت خمس معاف می‌کردند. از زمان امامت حضرت موسی‌بن‌جعفر(ع) به بعد مسئله ی پرداخت خمس بیشتر مورد تأکید قرار گرفت، زیرا خمس درآمد مهمی برای آنان محسوب می‌شد و آنان را قادر می‌ساخت برای پیشبرد اهداف مقدس خود از آن استفاده کنند.در تاریخ آمده است که از حضرت موسی‌ بن‌ جعفر(ع) درباره ی پیرزنی سؤال کردند که مقداری نخ ریسیده و از درآمد آن پنج درهم به دست آورده است. آن حضرت در پاسخ فرمودند:« باید یک درهمش را خمس بدهد.» در زمان امام حسن عسگری(ع) خمس به وسیله ی وکلای آنان در نقاط مختلف جمع آوری می‌شد و حکایتهای مشهوری در این زمینه مطرح شده است که ذکر بعضی از آنها بی‌مناسبت نیست.سعدبن‌عبدالله که یکی از علمای بزرگ آن زمان بود، می‌گوید که روزی همراه محمد بن‌عیسی اشعری قمی، که وکیل امام عسگری(ع) در قم بود، به خدمت آن حضرت شرفیاب شدیم. محمدبن عیسی صد و شصت کیسه از خمس شیعیان و نیز نامه‌هایی از سوی آنان به همراه داشت و به امام عسگری(ع) تقدیم کرد. در کنار امام عسگری(ع) فرزندشان حضور داشتند و امام به فرزند خود فرمودند:« بگو این پولها و نامه‌ها از سوی چه کسانی برای ما فرستاده شده و مقدار پولهای خمس چقدر است.» فرزند امام عسگری(ع) که امام دوازدهم(عج) بودند، پولها را جدا کردند و نام فرستندگان خمس و نامه‌ها را ذکر فرمودند. آنان‌که خمس درآمدهای حلال بود، کنار گذاشتند و خمسی که از کسب حرام، مثلاً رباخواری، کم‌ فروشی و غش در معامله به دست آمده بود نیز جدا کردند و فرمودند: این پولها به درد ما نمی‌خورد، زیرا از راه حلال به دست نیامده است.شایان ذکر است که در آن روزگار، رسم برآن بود که وقتی کسی خمس خود را خدمت امام عسگری(ع) می‌آورد، امام(ع) مقدار خمس و صاحبان آن را نام می‌برد تا در امامت ایشان تردیدی باقی نماند و شیعیان با اطمینان خاطر خمس خود را به امام تحویل بدهند. دلیل این امر آن بود که در برهه‌ای از زمان، افرادی پیدا شدند که خود را برای دریافت خمس شایسته می‌دانستند و به دروغ مدّعی امامت و رهبری جامعه می‌شدند و مشخص کردن مقدار خمس و صاحبان آن بهترین راه برای تشخیص امام(ع) در آن روزگار بود.یکی دیگر از وکلای امام حسن عسگری(ع) ابودردا بود. وی می‌گوید که امام یازدهم(ع) مرا مأمور کردند تا به مداین بروم و سهم امام و خمس شیعیان را دریافت کنم و برای ایشان بیاورم. امام عسگری(ع) فرمودند:« ابودردا! وقتی از مداین برگردی، من از دنیا رفته‌ام.» عرض کردم:« ای فرزند رسول خدا! فدایت شوم، چه کسی بعد از شما عهده‌دار امامت خواهد بود و خمسی را که از مداین می‌‌آوردم به چه کسی تحویل دهم؟» امام عسگری (ع) فرمودند:« امام بعد از من کسی است که مشخص کند پولهای خمس از آن چه کسانی است و مقدار آن چقدر است و کسی که بر جنازه ی من نماز بخواند.» ابودردا می‌گوید که بعد از بازگشت از سفر مداین، برای زیارت امام عسگری(ع) به سامرا رفتم و متوجه شدم که امام(ع) رحلت کرده است و برادر ایشان، جعفربن‌علی، که بعدها به «جعفر کذّاب» معروف شد، در مجلس نشسته است و جمعیت زیادی به مناسبت رحلت امام(ع) به او تسلیت و به دلیل تصدّی مقام امامت به وی تبریک می‌گویند. براساس شناختی که از جعفر داشتم، تعجب کردم و با خود گفتم، امام باید معصوم باشد و جعفربن‌علی که مقید به احکام دینی نیست و مورد تأیید حکومت وقت هم هست، نمی‌تواند معصوم باشد. از این موضوع ناراحت شدم و احساس نگرانی کردم، در این‌هنگام ‌دیدم چند ایرانی که از خراسان آمده بودند، نزد جعفر کذاب رفتند و به او گفتند:« از ایران آمده‌ایم و سهم امام از سوی شیعیان آنجا آورده‌ایم. شما که جانشین امام عسگری(ع) هستید، مطابق سنّت معمول، مقدار خمس و نام فرستندگان آن را مشخص کنید.» جعفربن‌علی گفت:« شما از من علم غیب می‌خواهید؟ من نمی‌دانم.» نمایندگان ایرانی با شنیدن این سخن از دادن خمس به جعفر خودداری کردند. در این هنگام بانویی از خانه ی امام حسن عسگری(ع) آمد و گفت:«آقا مقدار پولها و صاحبان آن را ذکر فرمودند. سهم امام را بدهید تا خدمت ایشان ببرم.» ابودردا می‌گوید که در مورد پرداخت خمس نگرانی من برطرف شد. هنگامی که خواستند بر پیکر مطهر امام حسن عسگری(ع) نماز بخوانند، جعفربن‌علی جلو آمد تا نماز بخواند که ناگهان نوجوانی آمد و عبای جعفر را گرفت و گفت:«عمو کنار برو! من به نماز خواندن بر جنازه پدرم شایسته‌ترم.» ظاهراً در این حین امام(ع) تصرف ولایی کردند، به طوری که جعفر و همه ی افراد حاضر تمکین نمودند. بدین ترتیب، شیعیان متوجه شدند که امامت بعد از امام عسگری(ع) به فرزند ایشان منتقل شده است.بعد از شهادت امام حسن عسگری(ع) عاملان خلیفه ی وقت که از وجود فرزند ایشان آگاه شده بودند، برای دستگیری یا به شهادت رساندن وی به منزل امام عسگری(ع) هجوم بردند. در آن هنگام، امام زمان(عج) در سردابی پنهان شدند و از همان زمان غیبت صغرای ایشان شروع شد. غیبت صغرای امام زمان(ع) هفتاد و چهار سال طول کشید و در این مدت شیعیان از طریق نایبانی که آن حضرت تعیین کرده بودند،‌ خمس و سهم امام را به آن حضرت می‌رساندند.نایبان خاص امام دوازدهم(ع) چهار تن بودند. اولین آنها عثمان‌ بن ‌سعید و بعد از فوت او پسرش محمد‌بن‌عثمان، بعد از او حسین ‌بن‌ روح ‌نوبختی و آخرین نایب امام(عج) علی ‌بن‌ محمد ‌سمری بود. بجز این نایبان خاص، امام زمان(عج) وکلایی نیز در نقاط مختلف تعیین کرده بودند و آنان سهم امام را دریافت می‌کردند و به نایبان خاص آن حضرت تحویل می‌دادند. بدین ترتیب، امام زمان(عج) امور مربوط به مسلمانان را به واسطه ی این نایبان اداره می‌کردند.هنگامی که غیبت صغری پایان یافت، امام زمان(عج) به آخرین نایب خود، علی بن ‌محمد ‌سمری، فرمودند:«از این به زمان بعد نیابت خاص تمام و نیابت عام آغاز می‌شود.» امام زمان(عج) در زمان غیبت کبری نایبی از سوی خود تعیین نکردند و فرمودند:«و اما الحوادث الواقعه فارجعوا الی رواة احادیثنا فانهم حجتی علیکم و انا حجت الله.»و اما حوادث و مشکلاتی که برای شما رخ می‌دهد، در مورد آنها به راویان احادیث ما مراجعه کنید،‌زیرا آنان حجّت من بر شما هستند و من حجّت خداوندم…از زمانی که غیبت کبرای امام زمان(عج) شروع شد، بنا بر فرموده ی آن حضرت، خمس به علما و مجتهدان جامع الشرایط تعلّق گرفت. علمای بزرگی چون شیخ صدوق، شیخ مفید، شیخ طوسی، سید مرتضی و سید رضی از طریق خمس امور مربوط به مسلمانان را اداره می‌کردند. بعد از آنان نیز علمای دیگری مانند علامه حلّی، صاحب جواهر و شیخ مرتضی انصاری و مجتهدان و علمای دیگر خمس اموال شیعیان را دریافت می‌کردند. در روزگار حاضر نیز مجتهدان جامع الشرایط به نیابت از امام زمان(عج) خمس درآمدهای مازاد بر هزینه‌های شیعیان را دریافت و در موارد تعیین شده از سوی شرع مقدس هزینه می‌کنند.