انتخاب حضرت آیت الله خامنه ای به عنوان رهبر نظام اسلامی یکی از مهم ترین فرازهای تاریخ انقلاب اسلامی ایران در حساس ترین برهه های عمر آن می باشد که تضمین کننده حرکت این نظام و انقلاب در مسیر خود بود، امروزه با توجه به کارنامه عملکرد مقام معظم رهبری و مدیریت های بی نظیر معظم له در عرصه های داخلی و خارجی، کمتر کسی در شایستگی گزینه ای که روز 14 خرداد 68 طرف اعتماد نمایندگان مردم در مجلس خبرگان رهبری قرار گرفت تردیدی دارد، مگر کسانی که مواضع و عملکرد ایشان را مغایر با منافع نامشروع خویش دیده و یا گرفتار بازی های سیاسی داخلی و یا نقشه های طراحی شده از سوی دشمن شده باشند.این انتخاب به گونه ای بود که تا سال ها کوچکترین ایرادی نسبت به شکل و محتوای آن مطرح نمی شد، اما با تداوم حرکت رو به گسترش انقلاب اسلامی و استحکام روزافزون آن، به تدریج سوال ها و شبهاتی طراحی و در جامعه مطرح شد تا بلکه بتواند پس از سی سال، آثار این انتخاب را به گونه ای تحت الشعاع خویش قرار دهد، این سوال ها و شبهات، به دلیل محرمانه بودن جلسه انتخاب رهبری و عدم انتشار کامل آن طی سال های گذشته، ممکن بود برخی اذهان را فریب دهد، اما خوشبختانه با انتشار بخش های کامل تری از این جلسه و نیز مستندهای مختلف همچون کتاب «روایت رهبری» و نیز مستند تلویزیونی که به همین نام تهیه شده است، بسیاری از واقعیت ها آشکار شد و پاسخ شبهات نیز به خوبی داده شد. در این میان نکته مهمی که مرتبط با این بحث می باشد این است که علیرغم انتشار این مستند ها، همچنان اطلاعات فراوانی وجود دارد که در دسترس ما قرار ندارد و نمی توان به سادگی در مورد آن اظهار نظر کرد، از جمله در مورد افرادی که در روز رای گیری، به حضرت آیت الله خامنه ای رای مثبت ندادند، در این زمینه می توان گفت تقریبا هیچ یک از حاضران در جلسه نیز به صورت خاص، به اسامی این افراد اشاره نکرده اند و صرفا از روی برخی شواهد می توان اسامی برخی از آنها را به دست آورد، به عنوان مثال در روز انتخابات مهم ترین مخالف انتخاب آیت الله خامنه ای به رهبری، شخص ایشان بود که بخشی از آن به دلیل تواضع شخصی خودشان بود و بخشی دیگر به دلایل فنی که این دلایل در همان جلسه مطرح و دغدغه ها برطرف شد، به عنوان مثال در آن مقطع، مساله مرجع بودن رهبری در قانون اساسی مطرح بود که مشخص نبود، آیا منظور این است که رهبر باید به صورت بالفعل مرجع باشد و یا اینکه صرفا داشتن شان مرجعیت کفایت می کند که این مساله با مباحث خبرگان و به ویژه نامه ای که حضرت امام ره به شورای بازنگری نوشته بود، به نتیجه رسید، مشکل فنی دیگر هم به احتمال اطاعت ناپذیری برخی چهره های شاخص از رهبری باز می گشت که عملا کارآمدی رهبری را زیر سوال می برد که در این جلسه، مقام معظم رهبری مشخصا به امثال مرحوم آذری قمی اشاره کرده و می گوید اگر روزی حکمی دهند، آیا ایشان حاضر به تبعیت است که آن مرحوم صراحتا عنوان می کند که اگر خبرگان، ایشان را تایید نمایند، برخود واجب شرعی می داند که از ایشان تبعیت نماید و به این ترتیب، حجت بر ایشان تمام شده و مسئولیت رهبری را بر عهده گرفتند، ایشان در این زمینه می فرمایند: «آنچه که در خصوص تعیین رهبر واقع شد و بار این مسؤولیت بر دوش بنده‌ی کوچک ضعیف حقیر گذاشته شد، برای خود من حتّی یک لحظه و یک آن از آنات گذشته‌ی زندگی، متوقع و منتظر نبود. …البته در آن ساعات بسیار حساسی که سخت‌ترین ساعات عمرمان را گذراندیم و خدا میداند که در آن شب شنبه و صبح شنبه چه بر ما گذشت، برادرها از روی مسؤولیت و احساس وظیفه، با فشردگی تمام، فکر و تلاش میکردند که چگونه قضایا را جمع‌وجور کنند. مکرر از من به عنوان عضو شورای رهبری اسم میآوردند، که البته در ذهن خودم آن را رد میکردم؛ اگرچه به نحو یک احتمال برایم مطرح میشد که شاید واقعاً این مسؤولیت را به من متوجه کنند.در همان موقع به خدا پناه بردم و روز شنبه قبل از تشکیل مجلس خبرگان، باتضرع و توجه و التماس، به خدای متعال عرض کردم: پروردگارا ! تو که مدبر و مقدر امور هستی، چون ممکن است به عنوان عضوی از مجموعه‌ی شورای رهبری، این مسؤولیت متوجه من شود، خواهش میکنم اگر این کار ممکن است اندکی برای دین و آخرت من زیان داشته باشد، طوری ترتیب کار را بده که چنین وضعیتی پیش نیاید. واقعاً از ته دل میخواستم که این مسؤولیت متوجه من نشود.بالاخره در مجلس خبرگان بحثهایی پیش آمد و حرفهایی زده شد که نهایتاً به این انتخاب منتهی شد. در همان مجلس، کوشش و تلاش و استدلال و بحث کردم، تا این کار انجام نگیرد؛ ولی انجام گرفت و این مرحله گذشت.من همین الان خودم را یک طلبه‌ی معمولی و بدون برجستگی و امتیازی خاص میدانم؛ نه فقط برای این شغل باعظمت و مسؤولیت بزرگ، بلکه – همان‌طور که صادقانه گفتم – برای مسؤولیتهای به مراتب کوچکتر از آن، مثل ریاست جمهوری و کارهای دیگری که در طول این ده سال داشتم. اما حالا که این بار را روی دوش من گذاشتند، با قوّت خواهم گرفت؛ آن‌چنان که خدای متعال به پیامبرانش توصیه فرمود: «خذها بقوّة»»(بیانات در مراسم بیعت ائمه جمعه، 12/4/1368)
یکی دیگر از کسانی که با توجه به شواهد موجود، در روز انتخاب رهبری، به ایشان رای نداد، مرحوم آیت الله مومن بود که دلیل رای ندادن ایشان نیز، این بود که آن مرحوم در آن مقطع، شخصا در مورد صلاحیت های علمی آیت الله خامنه ای به جمع بندی نهایی نرسیده بود، با این حال، همانگونه که ایشان بعدها نیز تصریح نمودند، گذر زمان و مشاهده قدرت علمی و مدیریت بی نظیر مقام معظم رهبری ایشان را نیز مجاب کرد که انتخاب آیت الله خامنه ای بهترین گزینه می باشد. آن مرحوم در این زمینه اینگونه اظهار نظر می کند: «من در نوبت اول که آقای خامنه‌ای به‌عنوان رهبری مطرح شدند، به تقوا و عدالت ایشان مطمئن بودم ولی اجتهاد مطلق و فقاهت ایشان برایم احراز نشده بود. لذا شرعاً نتوانستم به ایشان رأی بدهم؛ اما در جلسات فقهی که با حضور ایشان برگزار می‌شد شرکت کردم و آقای خامنه‌ای را مجتهد مسلم و قوی دیدم و لذا در رأی‌گیری دوم با قلب مطمئن به ایشان رأی دادم»
به نظر می رسد سایر کسانی که به آیت الله خامنه ای رای ندادند نیز دلایلی مشابه داشتند و به همین دلیل، در جلسه دومی که پس از اصلاح قانون اساسی، رای گیری شد، تنها 4 نفر رای ندادند که طبق نقل مرحوم هاشمی رفسنجانی، دلیل آن نه مخالفت با رهبری آیت الله خامنه ای بلکه عدم نیاز به رای گیری مجدد بود، آن مرحوم در این زمینه در یادداشت های مربوط به روز 15 مرداد 68 اینگونه نوشته است: «دستور کار، بررسی مسأله رهبری با توجه به اصلاح قانون اساسی بود که تغییرات قانون اساسی توضیح داده شد. بعضی‌ها معتقد بودند که نیازی به رأی‌گیری مجدد نیست و رهبری آیت‌الله خامنه‌ای ادامه دارد؛ اما چون در رأی‌گیری گذشته تصریح کرده بودیم که رهبری موقت است و پس از اصلاح قانون، خبرگان مجدداً رأی می‌دهد، رأی‌گیری کردیم. شصت رأی موافق بود و چهار نفر رأی ندادند. تعداد آرای موافق، شبیه‌ رأی‌گیری گذشته است ولی گفتند [علت] رأی ندادن آنها (مخالفین) به خاطر این است که نیازی به رأی گیری نمی بینند.».