معرّف مذهب شیعه مسأله خلافت بلافصل علی(ع) و فرزندان اوست و ملاک انشعابات اصلی در فِرَق شیعه نیز باید همین امر دانسته شود؛ و دیگر اختلافات را نمی توان ملاک انشعاب اصلی فِرق شیعه دانست؛ بلکه دیگر اختلافات، اگر تعیین کننده باشند، موجب پیدایش فِرق فرعی می شوند.
بر این اساس می توان گفت که فرقه های اصلی شیعه عبارتند از: زیدیه، کیسانیه، امامیّه(شیعه دوازده امامی)، اسماعیلیه، فطحیه و ناووسیه. ولی از این فرقه های شش گانه تنها سه فرقه باقی مانده اند که عبارتند از: زیدیه، اسماعیلیه و امامیه و سه فرقه ی دیگر منقرض شده اند. فرقه های دیگری نیز در مسأله امامت در تاریخ پدید آمده اند که چند صباحی بیش نپاییده و خیلی زود منقرض شده اند؛ لذا علمای ملل و نحل هنگام پرداختن به فرق شیعه به آنها اعتناء نمی کنند.
نخستین فرقه ای که از مذهب شیعه منشعب شد کیسانیه است؛ که پیروان مختار ثقفی هستند و از آنجا که مختار در آغاز کیسان نام داشت ، کیسانیه نامیده شدند. اینها معتقدند که محمد بن حنفیه(فرزند امام علی(ع)) نیز امام است. گروهی از آنها او را امام بعد از علی(ع) می دانند و برخی دیگر او را امام بعد از امام حسین(ع) می شناسند. برخی از آنها نیز محمد بن حنفیه را مهدی موعود می پندارند و معتقدند که وی در کوه رضوی ـ در نزدیک مدینه ـ پنهان شده و روزی ظهور خواهد کرد. کیسانیه خود دارای سه فرقه ی فرعی به نامهای مختاریه(کیسانیه خالص)، حارثیه و عبّاسیه می باشد. زمان پیدایش این فرقه زمان امامت حضرت زین العابدین (ع) می باشد.
زیدیّه: اینها زید بن علی(فرزند امام سجاد(ع) ) را امام چهارم می دانند و امام سجاد را تنها به عنوان پیشوای علم و معرفت می شناسند؛ چون به نظر اینها یکی از شرایط امام ، قیام مسلّحانه است و چون امام سجاد (ع) قیام مسلحانه نکرده است، لذا از نظر اینان امام محسوب نمی شود. پیدایش این فرقه مصادف با امامت حضرت باقر (ع) و بعد از قیام زید بن علی بوده است.
فِرق فرعی زیدیه عبارتند از: جارودیّه، سلمانیّه یا جریریّه، صالحیّه و ابتریّه.
بزرگترین موج انشعاب فرقه های شیعه بعد از شهادت امام صادق(ع) شروع شد که عبارتند از:
1ـ ناووسیه: آنها معتقد بودند که امام صادق(ع) امام آخر و مهدی موعود است این فرقه منقرض شده است.
2ـ فطحیه: اینها عبدالله افطح ، فرزند امام صادق(ع) را جانشین امام صادق(ع) می دانستند. این فرقه نیز بیش از هفتاد روز دوام نیاورد. چون عبدالله افطح هفتاد روز بعد از امام صادق(ع) وفات کرد.
3ـ سمیطیه: اینها محمّد فرزند امام صادق(ع) را امام بعد از او می دانستند اینها نیز چند صباحی بیش دوام نیاوردند.
4 ـ موسویّه یا مفضّله: اینها شاگردان خاصّ امام صادق(ع) بودند که امامت موسی بن جعفر(ع) را قبول کردند و شیعه ی دوازده امامی امتداد این فرقه است.
5ـ اسماعیلیه: اینها کسانی هستند که اسماعیل ، فرزند بزرگ امام صادق(ع) را امام می دانستند. لازم به ذکر است که اسماعیل در زمان حیات امام صادق (ع) از دنیا رفته بود.
اسماعیلیّه نیز فرقه های فرعی زیادی دارد که عبارتند از:
1ـ اسماعیلیه خالص: اینها گفتند اسماعیل نمرده بلکه غایب شده است و روزی ظهور خواهد کرد.
2ـ مبارکیّه: اینها به مرگ اسماعیل اعتراف دارند ولی معتقدند که امامت بعد از امام صادق(ع) از اسماعیل به فرزندش محمّد منتقل شده و در نسل او ادامه یافته است.
3ـ قرمطیّه: اینها از مبارکیه منشعب شده و معتقدند که در مورد امامت اسماعیل بداء حاصل شده و امامت او به فرزندش رسیده است و محمد بن اسماعیل نمرده بلکه او هفتمین و آخرین امام است.
اسماعیلیه را باطنیه، سبعیه، تعلیمیه، مُلحده و مزدکیّه نیز گفته اند. فاطمیان، نزاریّه، مستعلیه و آقاخانیّه نیز از فرقه های اسماعیلیه به شمار می روند. اسماعیلیه تاریخ مبسوطی دارد که جهت آگاهی از آن باید به کتب مفصل رجوع شود:
فرق و مذاهب کلامی ، استاد علی ربانی گلپایگانی.
تاریخ شیعه و فرقه های اسلام، دکتر محمّد جواد مشکور
تاریخ شیعه، علامه محمد حسین مظفّر
تاریخ اندیشه های کلامی در اسلام، عبدالرحمن بدوی
بنیادهای کیش اسماعیلیان، برنارد لوئیس