تعدادی از آثار قلمی محقق ثانی عبارت‌اند از:جامع المقاصد (شرح قواعد الاحکام): این کتاب از نظر لفظ و معنی و نگارش و محتوی از نفیس‌ترین و بهترین متون فقهی شیعه به شمار می‌آید. در اهمیت این اثر، صاحب جواهر گفته است: «‌هر مجتهدی که جامع المقاصد، وسائل الشیعه و جواهر را داشته باشد، برای فهم و استدلال و استنباط و نگارش فقه نیازی به کتاب بعدی ندارد.‌» منهج السداد (شرح ارشاد الاذهان علامه حلی)
حاشیه بر مختلف الشیعه علامه حلی
رساله جعفریه
رساله‌ای در صیغه‌های عقود و ایقاعات
نفحات اللاهوت در لعن جبت و طاغوت
رساله‌ای در آب کر
رساله‌ای در تعقیبات نماز
رساله غیبت
رساله نجمیه
رساله‌ای در تعریف طهارت
رساله‌ای در احکام شیر دادن
حاشیه بر الفیه و نفلیه شهید اول
حاشیه بر تحریر علامه حلی
حاشیه بر الدروس الشرعیه شهید اول
حاشیه بر الذکری
رساله‌ای در قبله
رساله‌ای در تسبیح
رساله‌ای در تقیه
رساله‌ای در نماز و روزه مسافر
رساله‌ای در شنیدن دعوای مدّعی در دادگاه و راه استنباط احکام شرعی
حاشیه بر بخش میراث مختصر النافع
رساله‌ای در اثبات رجعت
کتابی در ارث
حاشیه بر قواعد الاحکام
حدیث شناسی
المطاعن المحرمیه
رساله‌ای در قبله خراسان
رساله‌ای در نیت
و کتب و رسائل دیگر که به حدود ۷۱ کتاب و رساله می‌رسد.[۱۵]