اتهام جاسوس بودن مرحوم آیت الله کاشانی که چند مدتی است از سوی برخی جریان های خاص، به ایشان وارد شده و از طریق فضای مجازی بازتاب وسیعی داده می شود، یکی از سخیف ترین اتهاماتی است که ممکن است به یک شخصیت ضد استعمار و استبداد وارد شود، چرا که مرحوم آیت الله کاشانی از دوران جوانی در عراق، به عنوان یکی از شخصیت های مبارز ضد استعماری شناخته شده بود که در راه مبارزه با استعمار انگلستان تا مرز اعدام پیش رفت و در ایران نیز به ویژه در جریان نهضت مقاومت ملی و ملی شدن نفت تا جایی که در توانش بود در مبارزه با استعمار انگلستان مبارزه کرد، از این روی جاسوس بودن ایشان برای دولت انگلستان، امری نیست که هیچ شاهد تاریخی، حتی در حد سند جعلی برای آن وجود داشته باشد. البته در مورد ارتباط ایشان با موضوع جاسوسی، دو شایعه مطرح شده است که بر اساس یکی از این ادعاها، ایشان جاسوس آلمان بوده و بر اساس ادعای دیگر، ایشان جاسوس آمریکا می باشد.اما در مورد ادعای نخست که البته کمتر مطرح شده است، آقای خسرو معتضد، پژوهشگر تاریخ معاصر که از قضا به دلیل گرایشات نزدیک به مصدق، به تصریح خود، هیچ ارادتی به آیت الله کاشانی ندارد، معتقد است این اتهام به دلیل ارتباطی بود که ایشان با مفتی اعظم فلسطین داشت که این شخصیت هم، خود جاسوس آلمان ها نبود، بلکه شخصیتی بود که به منظور مبارزه با انگلیسی ها در فلسطین، از آلمان ها کمک خواسته و به این کشور رفته بود که نتیجه چنین ارتباطاتی هر چه باشد، قطعا به معنای جاسوس بودن آیت الله کاشانی نمی باشد: «تصور کنید من روحانی هستم یک نفر روحانی هم فکر کنید در کربلا با من دوست است مثلا همین آیت‌الله صدر و خانواده وی که تابستان‌ها می‌رفتند در تجریش زندگی می‌کردند، روحانیون ایران و عراق هم اغلب با هم نسبت دارند، حال مفتی اعظم فلسطین هم آدم حسابی بود که به عراق پناهنده شد و بعد هم آمده بود ایران ولی از ایران هم فرار کرد و چون آلمان خیلی به وی احترام می‌‌‌گذاشت، می‌گفت من برای اینکه استعمار انگلیس را ریشه کن کنم حاضرم دست در دست آلمان بگذارم، او برای همین رفت آلمان و انگلیسی‌ها هم از سال 1320 که ایران را اشغال کردند به دنبال آیت‌الله کاشانی بودند و می‌گفتند آیت‌الله کاشانی هم جاسوس آلمان بوده، خیر جاسوس آلمان نبود.»(مصاحبه با نسیم آنلاین، http://nasimonline.ir/Content/Detail/2100591 )
اتهام دیگری که به مرحوم آیت الله کاشانی نسبت داده شده است جاسوس بودن ایشان برای آمریکایی ها می باشد که اتهام اخیر، مدتی است توسط بدخواهان ایشان مورد تبلیغ قرار گرفته و حتی برخی نیروهای داخلی را چنان به واکنش وا داشت که کمپین هایی در جهت جمع آوری نام آن مرحوم از خیابان های شهرها به راه انداختند. بهانه این ادعاها نیز اسنادی است که توسط وزارت خارجه آمریکا منتشر شده و در آنها پرده از روی ارتباط مرحوم آیت الله کاشانی با کودتای 28 مرداد برداشته شده و حتی در یک مورد، فیلمی جعلی و ساختگی از حضور آن مرحوم در کنار رزم آرا در منزل مصدق، پس از کودتا پخش شد، این در حالی است که غیر از جعلی و مونتاژی بودن فیلم که به سرعت اثبات شد، این اسناد نیز گویای چیزی نبودند و با مواضع همیشگی مرحوم آیت الله کاشانی که مخالف هر گونه وابستگی به غرب، اعم از آمریکا و انگلیس بود، در تعارض بود، از طرفی نوع انتشار اسناد و اتفاقاتی که در این راستا افتاده بود همچون حذف برخی اسامی و باقی ماندن برخی دیگر نیز به گونه ای بود که این شائبه را تقویت می کرد که این اسناد با هدف تشویش اذهان عمومی و تخریب ذهنیت ها نسبت به برخی شخصیت ها و چهره ها همچون مرحوم آیت الله کاشانی منتشر شده است. در همین راستا موسی حقانی، پژوهشگر تاریخ معاصر در توضیحی نسبت به انتشار این اسناد معتقد است:
«تاکنون چندین مرتبه از سوی آمریکایی‌ها اسنادی منتشر شده است. یک بار که منتشر شد، معلوم شد که این همه اسناد نیست و بیان کردند که اسناد مربوط به کودتا سال ۳۲ در آرشیوی بوده که به علت آتش‌سوزی آن اسناد از بین رفته است. بعد هم اسناد دونالد ویلبر منتشر شد که بسیار کوتاه و گزینشی گردآوری شده بود. اکنون هم که این اسناد را منتشر کرده‌اند به نظر می‌رسد از قبل هم یک زمینه‌سازی صورت گرفته بود برای اینکه اذهان را نسبت به سال ۳۲ تشویش کنند. یکی از این زمینه‌ها فیلمی بود که در فضای مجازی منتشر شد که در آن نشان داده می‌شد که آیت‌الله کاشانی بعد از کودتا همراه عوامل کودتا از منزل ویران دکتر مصدق بازدید کرده است. در حالی که آن فیلم یک فیلم مونتاژ شده و جعلی بود و سه فیلم را به هم چسبانده بودند. گفتند که سازمان سیا آن را منتشر کرده است.
او با اشاره به فقراتی از این اسناد تازه منتشر شده گفت: شما در اسناد خیلی چیزها می‌بینید. مثلاً یک مأمور اطلاعاتی حدس زده و پیشنهاد داده که با فلان آدم (مثلاً آیت‌الله کاشانی یا دکتر مصدق) در ایران ارتباط گرفته شود. صرف این مطلب را نمی‌توان سند خیانت دانست. باید ببینیم اولاً ارتباط برقرار شده یا نه؟ ثانیاً باید ببینیم اگر برقرار شده چه پاسخی دریافت شده از طرف داخلی؟ این‌ها مستلزم کار جدی سندشناسی و پژوهشی است. در همین اسنادی که منتشر شده، سندهایی وجود دارد که نشان می‌دهد این پیشنهادها به نتیجه‌ای نرسیده است. مثلاً به مصاحبه‌ای از آیت‌الله کاشانی اشاره می‌شود که با صراحت آمریکا را از دخالت در امور ایران منع می‌کند و هشدار می‌دهد که آمریکا نباید از انگلیس حمایت کند. در همین مجموعه اسناد اشاره می‌کند که آیت‌الله کاشانی به سیاست آمریکا در حمایت از انگلیس حملات جدی‌ای را آغاز کرده است. در اسناد ویلبر که پیش از این منتشر شد آمده است که پایگاه سازمان سیا در قبرس به عوامل آمریکا در تهران مأموریت می‌دهد که به منزل آیت‌الله کاشانی حمله کنند و حمله هم می‌کنند. خب اگر آیت‌الله کاشانی در کودتا دست داشته، حمله به منزل ایشان چه معنی‌ای می‌دهد؟! یا در همین مجموعه اسناد جدید آمده که پایگاه سیا در قبرس خطی را برای حمله مطبوعات به آیت‌الله کاشانی پی بگیرند. خود این اسناد و شواهد دیگر تاریخی نشان می‌دهد که ادعای دخالت ایشان در کودتا پوچ است.
حقانی درباره اهداف انتشار این اسناد و تفسیر و تاویل‌هایش گفت: این اسناد حدود ۱۰۰۰ صفحه است و روز پنجشنبه منتشر شده و باید به دقت مطالعه شود ولی آن چیزی که با یک نگاه کلی به دست می‌آید این است که اینها تمام تلاششان این است که آن روش‌های دقیق نفوذ برای تخریب را بیان نکنند. در بسیاری از موارد در همین مجموعه ۱۰۰۰ صفحه‌ای می‌بینیم که اسامی افراد را سانسور کرده است. حتی بخش‌هایی را حذف کرده‌اند. به نظر می‌رسد که بیشتر شبیه تلاش برای به جان هم انداختن گروه‌های حامی اشخاص در داخل ایران است. از این جهت خودش بخشی از پروژه نفوذ است. بیش از این که یک واقعیت باشد، یک پروژه است. اسنادی که دو سه روز بیشتر از انتشارش نمی‌گذرد و قطعاً هدفش اختلاف بین نیروهای داخلی و جنگ نرم و تغییر از درون است.»(روزنامه صبح نو، نقل از سایت مشرق، http://www.mashreghnews.ir/news/739376 )
در هر صورت اتهام جاسوس بودن مرحوم آیت الله کاشانی، اتهامی بی اساس است که با هدف تخریب شخصیت ایشان صورت گرفته است و ابعاد مبارزاتی آن مرحوم بر علیه استعمار و استبداد به اندازه ای روشن و آشکار است که چنین اتهاماتی دامن ایشان را آلوده نخواهد کرد. ایشان همانگونه که با استعمارگری انگلستان مخالف بود و با آن مبارزه می کرد با نفوذ و سلطه آمریکا نیز مخالف بود و به همین دلیل در نامه ای که در 25 مرداد 1332 با هدف هشدار به مصدق در مورد احتمال کودتا نوشت، تصریح کرد: « همانطور که در آخرین ملاقاتم در دزاشیب به شما گفتم و به هندرسون هم گوشزد کردم که امریکا ما را در گرفتن نفت از انگلیسی ها کمک کرد و حالا به صورت ملی و دنیاپسندی می خواهد به دست جنابعالی این ثروت ما را به چنگ آورد.»(تاریخ سیاسی معاصر ایران، سیدجلال الدین مدنی، انتشارات دفتر تبلیغات اسلامی، ج1، ص 509)، بنابر این چگونه می توان باور کرد، فردی جاسوس آمریکا باشد، آنگاه پیش از کودتای آمریکایی ها خیرخواهانه مصدق را از این کودتا آگاه نموده و حتی نسبت به سلطه این کشور بر منابع نفتی ایران و جایگزینی آن با انگلیسی ها، هشدار دهد؟!