در مورد استخاره محمد علی شاه برای به توپ بستن مجلس و میرزا ابوطالب زنجانی بایداشاره کنیم صرف نظر از اینکه از هیچکدام از این اسناد ، علم و آگاهی ایشان از موضوع مورد استخاره محمد علی شاه استفاده نمی شود ، و به هیچ وجه اتهام همراهی و صدور مجوز این کار را به ایشان نسبت داد ، کسانی که با شخصیت و جایگاه علمی و اخلاقی این عالم بزرگ آشنایی داشته باشند ، هیچگاه چنین اتهامی را به ایشان وارد نمی دانند . در خصوص این ماجرا نیز گفتنی است حدود شصت سال پیش در شرایطی که عرصه قلم در اختیار نویسندگان چپ و روشنفکران بی‌علاقه به روحانیت بود، استخاره‌هایی پیدا شد که حاجی میرزا ابوطالب مجتهدزنجانی به درخواست محمدعلی‌شاه انجام داده بود. انتشار آن استخاره‌ها دستاویزی شد برای بعضی از قلم‌به‌دستان که هرچه خواستند نوشتند؛ گویی که اگر این استخاره‌ها نبود، مجلس به توپ بسته نمی‌شد و حوادث خونبار باغ‌شاه پیش نمی‌آمد. در آن سال‌ها برخی جواب‌های لازم را در نشریات آن زمان، ازجمله مجله «یادگار»‌مرحوم عباس اقبال دادند و سال‌ها بعد از آن در اوایل دهه50 که «مرکز پژوهش‌های تاریخی» ایجادشد، به یاری تعدادی از رجال و دست‌اندرکاران نهضت مشروطیت که هنوز در قید حیات بودند و با استفاده از اسناد خانوادگی خود و دیگر خاندان‌های قدیمی، به ویژه اسناد «سپهسالار اعظم تنکابنی» که از فاتحان تهران بود، این نکته معلوم و مسلم شد که در کشاکش مشروطیت، هم مشروطه‌خواهان استخاره می‌کردند و هم آن کسانی که ضدمشروطه بودند. استخاره‌هایی که مرحوم میرزا ابوطالب مجتهدزنجانی به‌درخواست محمدعلی‌شاه کرده دوگونه بوده؛ استخاره‌هایی که جواب آنها پشت پاکت نوشته شده و استخاره‌هایی که زیر دستخط شاه جواب داد شده است. در استخاره‌ای که به به‌توپ‌بستن مجلس مربوط می‌شود، مرحوم زنجانی بدون تردید از نیت شاه بی‌خبر بوده ولی در استخاره‌ای که برای تعیین هیأت وزراست مرحوم زنجانی از متن دستخط شاه مطلع بوده و دلیل آن این است که در مورد بعضی از اعضای هیأت وزیران اظهارنظر کرده و نسبت به انتصاب برخی از آنان ازجمله مستوفی‌الممالک معترض بوده و مخالفت خود را اعلام داشته است.
اما اینکه چرا زنجانی در امور مملکتی دخالت می‌کرده مسبوق به سابقه‌ای است که اشاره به آن ضرورت دارد. مرحوم زنجانی از سال1300قمری مقیم تهران بوده، ناصرالدین شاه به ایشان توجه خاصی داشته و می‌گفته است که میرزا ابوطالب خیلی عقل دارد. به میرزا علی‌اصغرخان صدراعظم هم توصیه کرده است که در همه امور مملکتی با ایشان مشورت کند. مظفرالدین شاه هم نسبت به ایشان توجه خاصی داشته و استخاره توسط مجتهدزنجانی از زمان مظفرالدین‌شاه معمول شده است. ضمنا از نامه‌های آن مرحوم، معلوم می‌شود که وی مایل به هیچ‌گونه ارتباطی با مظفرالدین شاه نبوده و همیشه از او با عنوان مظفرشاه یاد کرده است. به هر تقدیر اینک پس از گذشت یکصد و اندی سال، باید به این نکته توجه داشته باشیم که مشروطه‌خواهان و مخالفان مشروطیت اکثرا مسلمان بودند، ایران را دوست می‌داشتند؛ ولی این دو گروه دو طرز تفکر مختلف داشتند.
میرزاابوطالب زنجانی از زمان ناصرالدین‌شاه مانند آقا سیدعبدالله بهبهانی و آقا سیدمحمد طباطبایی و شیخ فضل‌الله نوری از علمای سرشناس پایتخت به‌شمار می‌آمدند و به همین علت است که وقتی آقاسیدعبدالله تصمیم می‌گیرد مردم تهران را علیه عین‌الدوله بشوراند و از علمای معروف تهران استمداد می‌طلبد و یکی از علما او را از این کار برحذر می‌دارد، آقا سیدعبدالله می‌گوید: اگر آقاسید محمدطباطبایی با من باشد و حاجی میرزا ابوطالب زنجانی مخالفت نکند، من به هیچ کس دیگری نیازمند نیستم.
حاجی میرزا ابوطالب سال‌ها پیش از آنکه در تهران مقیم شود در اسلامبول با شیخ‌الاسلام عثمانی آشنا شد و این دو در کوتاه‌مدتی با هم دوست شدند.
شیخ‌الاسلام، زنجانی را به دیدار سلطان عبدالحمید‌ثانی، پادشاه عثمانی برد و سلطان نیز تحت تاثیر سیدزنجانی قرار گرفت و از آن پس تا پایان سلطنت عبدالحمید، این دو با هم مکاتبه داشتند. وقتی سیدجمال‌الدین در اسلامبول با تمام قوا جهت «اتحاد اسلام» و به هم پیوستن عالم اسلام مشغول مکاتبه با مقامات شد، سیدزنجانی با ارسال نامه‌ای آمادگی خود را برای تحقق اتحاد اسلام به ریاست عبدالحمید، طی نامه‌ای به او اعلام کرد. مجتهد زنجانی در همان ایام نامه‌ای هم برای سیدجمال‌الدین می‌نویسد که جاسوسان میرزا علی‌اصغرخان امین‌السلطان، صدراعظم ناصرالدین شاه، به این نامه دست یافته و آن را پیش شاه می‌برند و شاه در حال غضب و فوران خشم دستخط مربوط به تبعید مجتهدزنجانی را به عنوان «سیدفضول خمسه‌ای» خطاب به صدراعظم صادر می‌کند، در حالی که تا پیش از این واقعه، به استناد نامه‌هایی که در اختیار اینجانب است سیدزنجانی را بسیار دوست می‌داشت و به اندرزهای او در مورد وضع قوانین مدنی و سایر امور مملکتی گوش فرامی‌داد.
در گزارش سفیر انگلستان در دربار مظفرالدین‌شاه، ضمن تعریف و تمجید از اطلاعات وسیع سیاسی مجتهد زنجانی، به این موضوع اشاره شده است که او دانشمندترین و بااطلاع‌ترین روحانی ایران است و از کوشش‌های او برای اتحاد اسلام یاد کرده و نوشته است که با این ملای متفکر ایرانی رفت‌وآمد دارد و یادآورشده است که او سلطان عبدالحمید را بزرگ‌ترین شخص برای اتحاد اسلام می‌داند.
در این بین برخی سیدابوطالب زنجانی را با شیخ ابراهیم زنجانی در سوی‌دیگر جریان مشروطیت هم‌طراز می‌دانند، در حالی که مقایسه چنین شخصی، با شیخ ابراهیم زنجانی هیچ تناسبی ندارد. نگاهی گذرا به کتب معتبر انساب، نشانگر آن خواهد بود که هیچ مشابهتی میان سید زنجانی و شیخ زنجانی وجود ندارد؛ به ویژه آنکه در نامه‌هایی که شیخ‌ابراهیم به حاجی‌میرزا ابوالمکارم، برادر بزرگ سیدزنجانی نوشته است سیاق نگارش نشان می‌دهد که سیدزنجانی چه موقعیتی دارد و شیخ ابراهیم، موقعیتش در چه پایه‌ای است. متن نامه مجتهد زنجانی به مظفرالدین‌شاه: اول شخصی که افسوس استبداد و استعباد را داشت من بودم. گفتم عدالت، بی‌اشتراک سلطنت نمی‌شود. اگر می‌توانید اقدام کنید. بعد که جماعتی روانه قم شدند، به خط خود به حضور ایشان عریضه نوشتم که تکلیف، آزادی‌ دادن رعیت و مشروطه‌کردن سلطنت و تلگراف‌کردن به جمیع مملکت دول است. من ابدا بدخواهی نمی‌کنم بلکه این (اشتراط و مشروطه) را مایه شوکت سلطنت و شرف و عزت می‌دانم و منافعی که سلاطین بزرگ اروپا برده‌اند اعلی‌حضرت همایونی خواهند برد.
کجای این نامه اشکال دارد؟ او از روز اول تکلیف خود را روشن کرد و در جواب پیام آیت‌الله آقاسید عبدالله بهبهانی گفت: اگر اغراض شخصی در کار نباشد مخالفتی ندارد. اینکه کسروی نوشته است:«او از بدخواهان با فهم و دوراندیش مشروطیت بود»، قضاوت درستی نیست بلکه او با مشروطه دستپخت ارشدالدوله معلوم‌الحال و فرصت‌طلبان و قفقازی‌های فراری و افراد مسلحی که به نام مشروطه‌خواهی از دیوار مردم بالا می‌رفتند، مخالف بود نه با عدالت و آزادی. برخی نیز خط مشی مرحوم زنجانی را «محتاطانه» و حساب‌شده عنوان می‌کنند، در حالی که صراحت و رک‌گویی از خصایص ایشان بود و از هیچ‌کسی حتی شاه پروا نداشت. نامه‌های تند او در دوران استبداد صغیر به محمدعلی‌شاه گویای این حقیقت است. اصولا در دوران قاجاریه موقعیت علمای طراز اول طوری بود که شاه و دربار به آنها نیاز داشتند نه آنها به شاه و دربار، وانگهی شخصی مانند سیدزنجانی ثروت موروثی داشت و دیناری از هیچ‌کس و هیچ مقامی نمی‌گرفت و احتیاجی به دربار و دولت نداشت. علمای آن زمان در میان توده‌ها نفوذ داشتند و از حمایت دولت بی‌نیاز بودند. سیدزنجانی مانند سیدجمال‌صریح‌اللهجه‌ترین روحانی زمان خود بود و نظرات خود را رک و راست و بی‌هیچ ملاحظه‌ای به صراحت اعلام می‌کرد و اهل تعارف و خوشامدگویی هم نبود. اما واقعه میدان توپخانه ماجرایی است که در بیان آن غرض‌ورزی‌های زیاد شده است. در نامه‌ای که سیدزنجانی پس از آن واقعه برای برادرش حاجی‌میرزاابوالمکارم مجتهد زنجانی نوشته و اصل آن در اختیار اینجانب است، سید زنجانی تشریح کرده است که مردم چندبار به خانه او ریخته و او را به زور و سر دست به میدان برده‌اند.
حضور شیخ‌فضل‌الله نوری و آقاسیدعلی آقایزدی و دیگر علمای بزرگ تهران که اسامی آنها یک به یک در این نامه آمده، به همین روال بوده است؛ البته گروهی از طرفداران شاه و لوطی‌های شهر هم در گوشه دیگر میدان توپخانه بوده‌اند و احیانا حرکات ناشایستی نیز از آنان سر زده است ولی نمی‌شود علمای بزرگ و طراز اول و مورد اعتماد مردم پایتخت را به این دلیل که چندنفر لوطی هم آن روز در گوشه‌ای از میدان حرکات ناشایستی کرده‌اند اراذل و اوباش نامید! و از همه مهم‌تر اینکه نباید نقش روسیه و انگلیس را در این ماجرا به‌کلی فراموش کرد.
بعد از فتح تهران نه کسی مزاحم مجتهد زنجانی شد و نه از ایشان بازجویی به عمل آمد. نه در محکمه‌ای حاضر شد و نه مجلس درس و نه محکمه شرع او تعطیل شد و دلیل آن این بود که او از نظر مردم پایتخت، پاک‌ترین و بی‌غرض‌ترین و درستکارترین شخصیت روحانی پایتخت بود و از سوی دیگر فاتحان تهران از جمله سپهسالار تنکابنی، مرید او بودند و کتاب کیمیای سعادت او به هزینه سپهسالار تنکابنی به چاپ رسیده بود و او نقطه ضعفی نداشت جز اظهار عقیده و نظر شخصی‌اش و عملا اقدامی علیه مشروطیت به‌عمل نیاورده بود. جای تاسف است که در این یک‌قرن به جز شادروان استاد محیط‌طباطبایی، احدی از محققان و نویسندگان در پی آن نبوده‌اند که در مورد 70مجلد کتابی که مجتهدزنجانی تالیف کرده است تحقیقی کنند یا مقاله‌ای بنویسند و در کتب علم الرجال و انساب تنها به فهرست این تالیفات اشاره شده است و نیز جز مرحوم طباطبایی هیچ کس در پی یافتن ردپایی از مرکز جبهه اتحاد اسلام نبوده است و هیچ‌کس مکاتبات سید‌جمال‌الدین و سید‌زنجانی را پی نگرفته است اما تا بخواهی درباره این استخاره‌ها قلم‌فرسایی شده است، در حالی که استخاره خواستن یا استخاره‌کردن را نمی‌شود نقطه‌ضعف کسی تلقی کرد و همانطور که گفته شد هیچ‌کس نمی‌تواند سپهسالار اعظم تنکابنی یا میرزا کوچک‌خان جنگلی و یا محمدعلی‌شاه را به خاطر استخاره زیر سوال ببرد.(آزادیخواه دور اندیش ، محسن میرزایی ؛ hamshahrionline.ir/print/235959)
گر چه متأسفانه این گونه مسایل و وجود عده ای انگشت شمار از روحانیون درباری و وابسته ، دستاویزی برای برخی افراد و گروهها شده تا اتهام هایی را به مجموعه روحانیت و علما وارد نموده و سابقه درخشان خدمات روحانیت را زیر سؤال ببرند ، اما جایگاه و نقش مؤثر و پر رنگ روحانیت متعهد در تاریخ کشور در آگاهی بخشی و هدایت مردم و مبارزه با استبداد و استعمار به گونه ای است که با این گونه مسایل خدشه دار نمی شود و همانگونه که حضرت امام فرمودند: «روحانیون مبارز و متعهد به اسلام در طول تاریخ و در سخت ترین شرایط همواره با دلی پر از امید و قلبی سرشار از عشق و محبت به تعلیم و تربیت و هدایت نسلها همت گماشته اند و همیشه پیشتاز و سپر بلای مردم بوده اند، بر بالای دار رفته اند و محرومیت ها چشیده اند ، زندانها رفته اند و اسارتها و تبعیدها دیده اند وبالاتر از همه آماج طعنها و تهمتها بوده اند و در شرایطی که بسیاری از روشنفکران در مبارزه با طاغوت به یأس و ناامیدی رسیده بودند ، روح امید و حیات را به مردم برگرداندند و از حیثیت و اعتبار واقعی مردم دفاع نموده اند.( صحیفه نور, ج20، ص242) « تردیدی نیست که حوزه های علمیه و علمای متعهد در طول تاریخ اسلام و تشیع مهمترین پایگاه محکم اسلام در برابر حملات و انحرافات و کجرویها بوده اند … در هر نهضت و انقلاب الهی و مردمی ، علمای اسلام اولین کسانی بوده اند که بر تارک جبینشان خون و شهادت نقش بسته است کدام انقلاب مردمی- اسلامی را سراغ کنیم که در ان حوزه و روحانیت پیش کسوت شهادت نبوده اند و بر بالای دار نرفته اند و اجساد مطهرشان بر سنگفرشهای حوادث خونین به شهادت نایستاده است .( صحیفه امام ، ج21، ص 274-275) دکتر شریعتی نیز در مورد نقش روحانیت چنین اعتراف می کند «من به عنوان کسى که رشته کارش تاریخ و مسائل اجتماعى است، ادّعا مى کنم که در تمام این دو قرن گذشته، در زیر هیچ قرادادِ استعمارى، امضاى یک آخوندِ نجف رفته، نیست. در حالى که در زیر همه این قراردادهاى استعمارى امضاى آقاى دکتر و آقاى مهندس فرنگ رفته هست (باعث خجالت بنده و سرکار!).» « این یک طرف قضیه، از طرف دیگر، پیشاپیش هر نهضت مترقّى ضداستعمارى در این کشورها همواره و بدون استثنا قیافه یک یا چند عالم راستین اسلام و به خصوص شیعى وجود دارد.»(ر. ک: قاسطین، مارقین، ناکثین، ص 242.) در جای دیگردکتر شریعتى درباره نقش منحصر به فرد روحانیت در نگهبانى از اسلام و فرهنگ دینى مى گوید: شما (روشنفکران) که مى خواهید این پایگاه فرهنگى ریشه دار (روحانیت) را که در عمق تاریخ ما و در اعماق وجدان جامعه ما ریشه دارد، برچینید، براى تکیه گاه فرهنگى و مردمى خود، به نام روشنفکر مسئول، در برابر استعمار فرهنگى، چه پایگاهى را مى خواهید جایش بگذارید؟ چند تا شعر فارسى را که مدیحه ممدوح است و مدیحه معشوق؟ یا چند تا ترجمه هاى آشفته آثار فرنگى را؟ باید بر این پایگاه ریشه دار (روحانیت) تکیه کرد. اگر ایمان دارى به خاطر ایمان، و حتى اگر ندارى، امّا مسئولى، به خاطر مسئولیت، و اگر، هم ایمان دارى و هم مسئولیت، که دو دستت را مى فشرم، و اگر نه ایمان دارى و نه مسئولیت، و به خاطر خوش آیند زمانه، نطق مى فرمایى که: «تَبَّتْ یَدا أَبى لَهَبِ وَ تَبَّ» مرحمت زیاد. نطق کن! این اعتقاد من است و اعتقاد حسینه ارشاد…(قاسطین، مارقین، ناکثین، ص 243) دکتر شریعتى در تأکید برمطلب یاد شده مى افزاید: بزرگ ترین پایگاهى که مى توان امیدوار آن بود که توده ما را آگاه کند، اسلامى راستین را به آنان ارائه دهد، در بیدارى افکار عمومى و به خصوص متن توده ما، نقش مؤثر و نجات بخشى را ایفا کند و در احیاى روح اسلامى و ایجاد نهضت آگاهى دهنده و حرکت بخشنده اسلامى، عامل نیرومند و مقتدرى باشد، همین پایگاه «طلبه» و «حوزه» و حجره هاى تنگ و تاریکى است که از دورن آن ها، سیّد جمال الدین ها بیرون آمده است و مى آید.(همان ، ص 243 – 244)