اجرای حکم بابک زنجانی منوط به فراهم شدن مقدمات آن و استرداد اموال تضییع شده است . حکم وی تنها اعدام نبوده و در کنار آن محکوم به رد اموال و پرداخت جزای نقدی نیز شده است از این رو نمی توان انتظار داشت که وی بدون بازگرداندن اموال و مشخص شدن تکلیف اموال عمومی،صرفاً اعدام گردد . حجت الاسلام منتظری دادستان کل کشور در این باره اظهار داشت :مسئولان اجرای احکام به دنبال اجرای حکم هستند البته مقدمات اجرای حکم باید فراهم شود.( www.irna.ir/fa/News/82699982)
در مورد حکم همدستان بابک زنجانی نیز گرچه در دادگاه بدوی به اعدام محکوم شدند ، اما این حکم در دیوان عالی کشور نقض شد و پس از بررسی در دادگاه تجدید نظر حکم حبس در مورد آنها صادر شد.
میرسجاد سعیدمهر وکیل مدافع متهم ردیف سوم پرونده نفتی در پاسخ به این سئوال که شعبه دیوان عالی کشور با استناد به چه مواردی، حکم اعدام متهمان ردیف دوم و سوم پرونده نفتی را نقض کرده است اظهار کرد: دیوان عالی کشور در رسیدگی‌های خود، گاهی اوقات رأی بر بی‌گناهی می‌دهد و پرونده مختومه می‌شود و گاهی هم ایراد گرفته و حکم را نقض می‌کند تا مجدداً رسیدگی شود.
در این پرونده در ارتباط با متهمان ردیف دوم و سوم پرونده، دیوان عالی کشور نگفته متهمان بی گناه هستند اما رأی و حکم دادگاه را در ارتباط با آنها غلط و نادرست تشخیص داده است.
سعیدمهر ادامه داد: ایراد شعبه دیوان عالی کشور به این بود که نتوانستند به اطمینان برسند که این آقایان با علم و آگاهی در نظام اقتصادی کشور اخلال ایجاد کردند؛ بنابراین اگر هم کاری صورت گرفته، بدون علم و آگاهی بوده است.وقتی در اخلال در نظام اقتصادی علم و آگاهی وجود نداشته باشد، دیگر مصداق مفسد فی‌الارض تشخیص داده نمی‌شود.(www.tasnimnews.com/fa/news/1396/04/19/1459763)
نقض احکام صادره از سوی دادگاه به دنبال درخواست تجدید نظر ، مسأله ای عادی در جریان رسیدگی به پرونده های قضایی است و همه متهمان می توانند نسبت به حکم دادگاه بدوی اعتراض نمایند تا این حکم مورد بررسی مجدد قرار بگیرد. مسئولان قضایی کشور با بررسی پرونده های بزرگ از جمله پرونده فساد بزرگ مالی و مانند آن نشان دادند که در برخورد با مفاسد اقتصادی مصمم هستند .گرچه متأسفانه بروز هرازگاه مفاسد اقتصادی و رو شدن پرونده جدید فساد بر عملکرد این دستگاه سایه افکنده است و در مواردی نیز اطاله بیش از حد رسیدگی به چنین پرونده هایی و طرح گسترده و جنجال آمیز پرونده های مفاسد اقتصادی به ویژه از سوی رسانه ها و عدم اطلاع رسانی مناسب و لازم رسیدگی و برخورد دستگاه قضایی با آن ، ذهنیت هایی را برای مردم ایجاد نموده است که لازم است این مسایل مورد توجه دستگاه قضایی قرار بگیرد. در عین حال نباید تصور نمود که با صرف برخورد و رسیدگی دستگاه قضایی با مفاسد اقتصادی، ریشه آنها از بین خواهد رفت . مفاسد اقتصادی ریشه در عوامل مختلفی از جمله وجود خلأهای قانونی، بازدارنده نبودن قوانین ، ضعف نهادهای نظارتی ، عدم سرعت و جدیت لازم در برخورد با مفاسد و… دارد و تنها راه مقابله با مفاسد اقتصادی و اختلاس در کشور، شناسایی ریشه ها و عوامل زمینه ساز این مفاسد و برطرف نمودن آنها و ترمیم خلأ های قانونی و تنظیم قوانین بازدارنده و تقویت نهادهای نظارتی و برخورد قاطع با عاملان آن در سطوح و لایه های مختلف می باشد که این مسأله ، عزم و تلاش جهادی و پیگیر مجموعه دستگاههای نظام را می طلبد از قوه مقننه گرفته که با تنظیم قوانین کارآمد ، جامع و روشن راههای فساد را ببندد تا دستگاههای اجرایی که با کنترل لازم زمینه های شکل گیری مفاسد را از بین ببرند و با آن مقابله نمایند و دستگاه قضائیه که با عاملان و زمینه سازان مفاسد در کشور برخورد قاطع و جدی نمایند و این یکی از مطالبات جدی و همیشگی مردم و رهبری نظام از مسئولان کشور بوده و هست .