در برخى گزارش ها از ماجراى شهادت امام على(ع) چنین آمده است: سحر نوزدهم ماه مبارک رمضان 40 هجرى، بعد از آن که امام على(ع) داخل مسجد کوفه شدند به ابن ملجم که به ظاهر خود را به خواب زده بود، رسید، او را بیدار کرد… سپس به محراب خویش رفت و به نماز ایستاد. ایشان رکوع و سجود خویش را طولانى می‌ کرد و این عادت آن حضرت در نمازهاى نافله و فریضه بود. وقتى ابن ملجم دید امام(ع) در نماز است، شتابان بلند شد و به سوى آن حضرت رفت و در مقابل ستون که امام کنار آن نماز می‌ خواند، ایستاد و منتظر ماند تا رکعت اول نماز ایشان تمام شود و آن حضرت به رکوع رود، وقتى که امام(ع) سجده اول را به جاى آورد و سر شریفش را برداشت، ابن ملجم ملعون با شمشیر زهرآلود ضربه شدیدى به سر مطهر ایشان وارد آورد. درست در همان جاى که عمرو بن عبدود پیش تر ضربه زده بود. در آن حال امام خویشتن دارى کرد و ابراز درد ننمود و به روى شریف خویش به زمین افتاد و کسى هم پیش امام نبود. امام در آن حال گفت: «بِسمِ اللَّه وَ بِاللَّه وَ عَلى مِلةِ رَسُولِ اللَّهِ»؛ آن گاه فریاد زدند: «قَتَلنى إِبنُ مُلجِمَ، قَتَلَنِىَ اللعینُ ابنُ الیَهودِیةِ، فُزتُ وَ رَب الکَعبَةِ، أیهَا النّاسُ لا یَفُوتَنکُمُ الرجُلُ» از این روایت فهمیده می‌ شود که امام(ع) در هنگام وارد آمدن ضربه مشغول خواندن نماز نافله بوده ‌اند، وگر نه دیگران متوجه نزدیک شدن آن ملعون می‌ شده ‌اند. همچنین در این روایت تصریح شده که کسى پیش امام نبوده است.در دنباله گزارش آمده است پس از آن که امام حسن و امام حسین(ع) از این ماجرا آگاه شدند و به مسجد آمدند، مشاهده نمودند که ابو جعدة بن هبیره و گروهى از مردم سعی می‌ کنند که امام را در محراب بلند کنند، ولى امام توانایى ایستادن ندارد.بحارالانوار، علامه مجلسى، ج 42، ص 283 – 281، (باب 127)
البته نقل هاى دیگرى نیز هست؛ چنان که عده ‌اى نقل کرده ‌اند :در شب 19 ماه رمضان سال 40 هجرى، ابن ملجم و هم دستانش شبیب بن بجره، وردان بن مجالد و اشعث بن قیس، در آن قسمتى که حضرت على(ع) براى نماز وارد مسجد می‌ شد، نشستند. حجر بن عدى نیز در آن شب در مسجد خوابیده بود، ناگهان شنید که اشعث به ابن ملجم می‌گوید: «آنچه را مقصودت بود (یعنى حضرت على ع)« را دیدم». حجر بن عدى فهمید که توطئه ‌اى در کار است؛ از این روى سریع از مسجد خارج شد و در بیرون مسجد به امیرالمؤمنین(ع) خبر داد، ولى آن حضرت با گفته او مخالفت نمود و وارد مسجد شد. در این هنگام ابن ملجم خود را به آن حضرت رساند و ضربت شمشیرش را بر آن حضرت فرود آورد.
الارشاد، شیخ مفید، ج 1، ص 20، (چاپ دارالمفید، قم)؛ اعلام الورى، طبرسى، ص 200، (دارالکتب الاسلامیه، تهران)، الفصل الثالث؛ المناقب، ابن شهرآشوب، ج 3، ص 312، (انتشارات علامه)؛ روضة الواعظین، محمد بن حسن فتال نیشابورى، ص 133، (انتشارات رضى، قم).
قرب الاسناد نیز نقل می‌ کند که حضرت على(ع) هنگامى که مردم را براى نماز صبح بیدار می‌کرد، عبدالرحمان بن ملجم با ضربه شمشیر بر سر مبارک آن حضرت زد. حضرت على(ع) خودش را روى زانوهاى او انداخت و او را گرفت، تا این که مردم آمدند و…. قرب الاسناد، عبداللَّه بن جعفر حمیرى قمى، ص 67، (انتشارات کتابخانه نینوا)؛ بحارالانوار، علامه مجلسى، ج 42، ص 205 – 206، ح 9، (مؤسسة الوفا، بیروت).بر اساس این نقل ها حضرت على(ع) در نماز ضربت نخورده است.