همانگونه که مقامات مختلف نظام و اعضای تیم مذاکره کننده ، تصریح نموده اند ، موضوع توانمندی نظامی و دفاعی کشور از موضوع برجام جداست و جمهوری اسلامی اسلامی اجازه بازرسی مراکز نظامی خود را به آژانس نخواهد داد . اظهارات آقای عراقچی مربوط به سال 94 است که وی تاکید آمانو ، رئیس سازمان انرژی اتمی ، مبنی بر لزوم بازرسی مراکز نظامی کشور را مورد تایید قرار داده و اظهار داشت : این بازرسی ها در چارچوب پروتکل الحاقی و در خصوص نمونه برداری های محیطی از مراکز نظامی کشور خواهند بود و بر خلاف برداشت های عمومی ، بازرسی های محیطی نخواهد بود.
وی خاطر نشان کرد: آنچه به هر حال در مذاکرات مطرح است و آمانو هم در همان چارچوب صحبت کرده، دسترسی هایی است که در چارچوب پروتکل الحاقی داده می شود و چیزی فراتر از آنچه آژانس با بقیه کشورها اجرا می کند، مد نظر نبوده و نیست.
دسترسی به مراکز غیرهسته ای که شامل مراکز نظامی هم می تواند باشد، طبق پروتکل الحاقی شرایط خاص خود را دارد. برای نمونه برداری های محیطی در یک دسترسی مدیریت شده است و این با آنچه در یک بازرسی یا بازدید از مراکز نظامی یا بازدید از یک مرکزی در ذهنمان هست که بیشتر یک مشاهده میدانی است، کاملا تفاوت دارد.
عراقچی اظهار داشت: بنابراین در چارچوب پروتکل الحاقی، موضوع دسترسی ها مطرح است و نه بیشتر از آن.
(www.bultannews.com/fa/news/258553)
این اظهارات در همان زمان بلافاصله با واکنش صریح رهبری و برخی مسئولان از جمله نمایندگان مجلس مواجه شد
مقام معظم رهبری در این مورد فرمودند: «گفتیم که اجازه نمیدهیم از هیچ‌یک از مراکز نظامی هیچ بازرسی‌ای از سوی بیگانگان صورت بگیرد. میگویند بایستی ما بیاییم با دانشمندان شما مصاحبه کنیم یعنی در واقع بازجویی کنیم. ما اجازه نمیدهیم به حریم دانشمندان هسته‌ای ما و دانشمندان در هر رشته‌ حسّاس و مهمّی، اندک‌اهانتی بشود. من اجازه نمیدهم بیگانگان بیایند با داشمندان ما، با فرزندان برجسته و عزیز ملّت ایران که این دانش گسترده را به اینجا رسانده‌اند، بخواهند بنشینند حرف بزنند. در دنیا هیچ عاقلی اجازه نمیدهد، هیچ دولتی اجازه نمیدهد؛ دانشمندانشان را مخفی میکنند، نمیگذارند اسمهایشان را هم کسی بفهمد. دشمن پُررو و وقیح توقّع دارد اجازه بدهند راه را باز کنند و بیایند با دانشمندان ما، با اساتید ما، با محقّقین ما گفتگو کنند، مذاکره کنند. درباره‌ی چه؟ درباره‌ی یک پیشرفت اساسی بومی علمی در کشور. این اجازه مطلقاً داده نخواهد شد؛ این را هم دشمنان بدانند، هم کسانی که منتظرند ببینند تصمیم نظام جمهوری اسلامی چه میشود، بدانند.» (بیانات در دانشگاه افسرى و تربیت پاسداری امام حسین علیه‌السلام، 94/2/30)
همچنین سیدامیرحسین قاضی‌زاده هاشمی نماینده مردم مشهد با انتقاد از اظهارات عراقچی تاکید کرد: عراقچی با این اظهارات به دنبال عادی‌سازی خواسته‌های آمریکا در مذاکرات است.
وی تاکید کرد: عراقچی در حالی این موضوع غیرقابل قبول را پیش می‌کشد که در ابتدای این مذاکرات تاکید داشت: در این مذاکرات موضوعات نظامی جایی ندارد و صحبتی در مورد آن نخواهد شد. اما متاسفانه امروز می‌بینیم که چگونگی بازدید از مراکز و سایت‌های نظامی جزو یکی از محورهای مذاکرات گنجانده شده و در مورد آن تصمیم‌گیری شده است.
قاضی‌زاده با تاکید بر اینکه مجلس اجازه چنین کاری نمی‌دهد و آن را مشروط می‌کند، گفت: چرا به این مسئله توجه نمی‌شود که همین پروتکل الحاقی و پذیرش صدام برای بازدید آمریکا از مراکز نظامی و محل انبار موشک‌های نظامی چه بلایی را بر سر او آورد.
اسماعیل کوثری یکی دیگر از نمایندگان نیز اظهارات عراقچی را عبور از خط قرمزی دانست که رهبری در مورد بازدید از مراکز نظامی تعیین کرده است و گفت: وی باید این اظهارات خود را اصلاح کند.
وی تاکید کرد: در این مورد به صورت حضوری به آقای عراقچی تذکر داده شد و در اینجا نیز بنده متذکر می‌شوم که به هیچ وجه و تحت هیچ شرایطی اجازه بازرسی از اماکن نظامی کشور حتی مدیریت شده و کنترل شده را به هیچ تیم و سازمانی نمی‌دهیم.
سید سعید زمانیان نیز تاکید کرد: مسائلی که از سوی تیم مذاکره‌کننده ایرانی در مذاکرات مطرح می‌شود باید در چارچوب خواسته‌های مردم و رهبری باشد و حال آنکه اظهارات اخیر عراقچی عضو برجسته تیم مذاکره‌کننده در این چارچوب نیست.
وی با تاکید بر اینکه تیم مذاکره‌کننده هسته‌ای ایران باید به‌گونه‌ای عمل کند که زمینه هرگونه زیاده‌خواهی از سوی دشمنان نظام فراهم نشود، گفت: نباید اجازه بازرسی آژانس از مراکز نظامی کشور، حتی به شکل کنترل شده صادر شود.
این مسئول با بیان اینکه آژانس اجازه بازدید از سایت‌های نظامی ایران را ندارد، خاطرنشان کرد: در توافقی که به شکل دو طرفه انجام می‌شود، آمریکا حق زیاده‌خواهی ندارد و خطوط قرمز نظامی ایران توسط رهبر معظم انقلاب به خوبی تعیین شده است.(kayhan.ir/fa/news/45097)
اخیراً نیز مقامات آمریکایی هیاهویی را در مورد بازرسی از مراکز نظامی کشورمان به راه انداختند که با واکنش صریح مسئولان کشور مواجه شد به عنوان نمونه دکتر علی اکبرولایتی درباره اظهارات اخیر نیکی هیلی مبنی‌بر بازدید از تاسیسات نظامی ایران تصریح کردند: «این آرزو را آمریکایی‌ها باید به گور ببرند که بتوانند به بهانه برجام و یا هر بهانه دیگری از مراکز نظامی ما که جزء امنیت ملی جمهوری اسلامی ایران است بازدید کنند، به هیچ وجه به آنان اجازه نخواهیم داد که از تاسیسات نظامی ما بازدید کنند، شعارهای بی‌پشتوانه‌ای که دولت جدید آمریکا مطرح می‌کند مصرف داخلی دارد، دولت جدید آمریکا می‌داند که در منطقه آبرو و نفوذی ندارد به خصوص اینکه امروز جمهوری اسلامی ایران محور اصلی مقاومت در این منطقه است و به هیچ وجه به آمریکا و غیر از آمریکا اجازه نخواهد داد از مراکز جمهوری اسلامی ایران که جزء مقوله‌های حساس کشور است بازدید کند.»(www.ghatreh.com/news/nn39046512)