نامه مورخ 6/1/68 حضرت امام(ره)، به آقاى منتظرى، کاملاً معتبر و غیرقابل خدشه است. و دلایل متعددى براى اثبات آن وجود دارد. از جمله: 1. شهادت افراد متعدد که در جریان آن نامه بوده و در بیت حضرت امام(ره) و آقاى منتظرى حضور داشتند. 2. پاسخ آن نامه که توسط آقاى منتظرى در مورخ 7/1/68 به حضرت امام نوشته شده و خطاب به حضرت امام(ره) «پس از سلام و تحیت مرقومه شریفه مورخ 6/1/68 واصل شد.» 3. تأیید نامه 6/1/68 توسط مؤسسه نشر و آثار حضرت امام خمینى(ره) اما علت اینکه این نامه در صحیفه نیامده است و یا اینکه لحن امام در نامه 8/1/68 عوض شده به این خاطر است که: پس از نامه هاى شدید اللحن آقاى منتظرى به امام(ره) و دفاع غیر قانونى از افراد و عناصر منافق و ضد انقلاب نظیر سید مهدى هاشمى و گروهک هاى معاند نظام و تضعیف انقلاب اسلامى و دستاوردهاى آن و زیر سؤال بردن جنگ تحمیلى و حضرت امام(ره) اقدام به نگارش نامه 6/1/68 که بسیار تند و صریح بوده نموده و در این نامه تصریح کردند که دیگر قائم مقامى آقاى منتظرى را قبول ندارد و وى را ساده لوح مى داند و اگر انقلاب به دست وى سپرده شود، از دامن لیبرالها و منافقین سر در مى آورد. در این نامه بسیار تند، امام تأکید کرده بودند که اقدامات آقاى منتظرى، خیانت به اسلام تلقى مى شود و نظام اسلامى را تضعیف مى کند و با توجه به اطرافیان و کسانى که به آقاى منتظرى منسوبند، هیچ امیدى به اصلاح رفتار وى وجود ندارد و بنابراین بهتر است در گام اول به اصلاح دفتر و بیت خود دست بزند و در امور حوزه ها و نیز مسائل سیاسى، دخالت نکند. حضرت امام(ره) بعد از اتخاذ این تصمیم، در نظر داشتند که این نامه تند و شدید اللحن از رسانه ها، پخش شود، اما چند عامل باعث شد که از یک سو این نامه مسکوت گذاشته شده و از رسانه ها پخش نشود و از سوى دیگر موضعگیرى حضرت امام(ره نسبت به آقاى منتظرى لحن و نگرشى ملایم تر اتخاذ شود: عامل اول اینکه: تصمیم امام(ره) آنچنان دور از تصور بود که یکباره، همه را غافلگیر کرد، زیرا مردم از میزان عشق و علاقه امام(ره) به آقاى منتظرى مطلع بودند و مى دانستند که ایشان تنها درباره شهید مطهرى و آقاى منتظرى تعبیر «حاصل عمر من» را به کار برده بودند و اینک شاهد بودند که امام(ره) حاصل عمر خویش و «امید امت امام» را با دستخود از منصب قائم مقامى رهبرى عزل کرده اند. از سوى دیگر مشخص بود که حضرت امام(ره) در این گونه تصمیمات با سنجیدگى کامل عمل مى کنند و بر خلاف آقاى منتظرى، تعجیل در تصمیم گیرى را آفت رهبرى مى داند و این، واقعیتى بود که در چندین حادثه مهم انقلاب، ظهور و بروز کرده بود. مسئولان درجه اول کشور نیز موافق با شدت عمل و برخورد تند امام(ره) به ایشان نبودند از اینرو مسئولان درجه اول کشور و از جمله رئیس جمهورى، ریاست مجلس، هیئت رئیسه مجلس خبرگان و بسیارى از افراد بیت و دختر امام(ره) با پخش این نامه مخالفت مى کردند. از سوى دیگر آقاى منتظرى پس از دریافت نامه 6/1/68 حضرت امام(ره) توسط «حجت الاسلام عبدالله نورى» و اطلاع از تصمیم حضرت امام(ره) نامه اى خطاب به حضرت امام(ره) نوشتند که در آن چنین آمده است: «مطمئن باشید همان طور که از آغاز مبارزه تاکنون در همه مراحل همچون سربازى فداکار و از خودگذشته و مطیع در کنار حضرتعالى در مسیر اسلام و انقلاب بوده ام اینک نیز خود را ملزم به اطاعت و اجراى دستورات حضرتعالى مى دانم… به من اجازه فرمایید همچون گذشته یک طلبه کوچک و حقیر در حوزه علمیه به تدریس و فعالیتهاى علمى و خدمت به اسلام و انقلاب زیر سایه رهبرى حکیمانه حضرتعالى اشتغال داشته باشم…» (محمدى رى شهرى خاطرات سیاست مؤسسه مطالعات و پژوهشهاى سیاست، ص 267-266). با ارسال این نامه از سوى آقاى منتظرى و وساطت جمعى از مسئولان و شخصیتهاى موجه نظام، نزد حضرت امام(ره) نامه 6/1/68 مسکوت گذاشته شد و قرار شد که از انتشار این نامه جلوگیرى شود و از این رو کمتر کسى از این نامه مطلع و حتى در صحیفه نور هم آورده نشد. متعاقب جریانات فوق در مورخ 8/1/68 حضرت امام(ره) نامه دیگرى به آقاى منتظرى مى نویسند که لحن و نگرشى متفاوت با نامه 6/1/68 دارد و علت این تفاوت از نظر سخن و محتوا با توجه به فاصله کم زمانى، حکایت از آن دارد که نظرات امام(ره) در شرایط نگارشى نامه دوم، عمدتاً تأمین شده بود و برخورد تند امام(ره) در نامه اول، عمدتاً به این دلیل بود که ایشان مى خواستند تأمین مصلحت نظام اسلامى و انقلاب را با چنان شکلى عملى کنند که در آینده هم نه آقاى منتظرى و نه دیگر نیروهاى درون نظام هرگز جرئت نکنند که بازگشت وى به جایگاه رهبرى را مطرح سازند. در واقع، قصد امام(ره) این بود که به عنوان بانى نظام و رهبر انقلاب و با شناختى که از میزان توان مدیریتى و شخصیت آقاى منتظرى داشتند، بازگشت وى به جایگاه رهبرى را محال و ناممکن سازند و مانع از حضور او در مسائل سیاسى شوند و با توجه به سوابق و جایگاه فقهى، درس و بحث حوزوى و فقهى را اصلى ترین وظیفه ایشان قرار دهند، در عمل چون آقاى منتظرى با توجه به نامه اول امام(ره) راضى به تصمیم رهبر انقلاب شده بود، امام(ره) نیز لحن نامه دوم را نرمتر و صمیمانه تر کرد و بدین شکل، عزل آقاى منتظرى از قائم مقامى رهبرى عملى شد. بعد از رحلت حضرت امام(ره) آقاى منتظرى طبق سفارش امام در حوزه به بحث و تدریس و.. اشتغال داشتند، تا اینکه متأسفانه اطرافیان ایشان دست به شیطنت زده و با استفاده از ساده لوحى نامبرده، ایشان را به دخالت در مسائل سیاسى و تضعیف نظام اسلامى واداشتند. متعاقب این موضوع با توجه به عدم پاى بندى آقاى منتظرى به شرایط و سفارشى حضرت امام(ره)، دلسوزان انقلاب و برخى از افرادى که در نامه 6/1/68 بودند دیگر جایى براى سکوت ندیده و جهت تنویر افکار جامعه، نامه مذکور را منتشر نمودند که مورد تأیید مؤسسه نشر آثار حضرت امام(ره) نیز قرار گرفت. (جهت آشنایى ر. ک: ویژه نامه منتظرى از اوج تا فرود، ویژه نامه جهت دفاع از ارزشها،بهمن 76).