نه آیت الله سیستانی و نه هیچ عالم و فقیهی و نه هیچ کسی که با احکام و معارف دینی آشنا با ، نمی تواند قائل به جدایی دین از سیاست باشد. زیرا نگاهی گذرا به احکام اسلام بیانگر آن است که تنها به مسائل عبادی و اخلاقی نپرداخته بلکه حجم زیادی از احکام اسلام را احکام اجتماعی و حقوقی و قضایی و سیاسی تشکیل می دهند.امام خمینى در این باره مى فرماید: «اسلام دین سیاست است، با تمام شئونى که سیاست دارد. این نکته براى هر کسى که کمترین تدبّرى در احکام حکومتى، سیاسى، اجتماعى و اقتصادى اسلام بکند، آشکار مى گردد. پس هر که را گمان بر او برود که دین از سیاست جدا است، نه دین را شناخته و نه سیاست را»(صحیفه نور، ج ۱، ص ۶)دین هرگز از حکومت و سیاست جدا نمی باشد زیرا دین موعظه و نصیحت و تعلیم محض مسائل فردی بدون اجتماعی و مسائل اخلاقی و اعتقادی بدون سیاسی و نظامی و مانند آن نیست ،بلکه احکام اجتماعی و سیاسی نیز دارد… اگر اسلام نظارت و ارشاد و امر به معروف و نهی از منکر و جهاد و دفاع دارد اگر حدود و مقررات و قوانین اجتماعی و جامع دارد این نشان می دهد که اسلام یک تشکیلات همه جانبه و یک حکومت است و تنها به مساله اخلاق و عرفان و وظیفه فرد نسبت به خالق خود یا نسبت به انسان های دیگر نپرداخته است اگر اسلام راه را به انسان نشان می دهد و در کنارش از او مسئولیت می طلبد اگر اسلام آمده است تا جلوی همه مکتب های باطل را بگیرد و تجاوز و طغیان طواغیت را در هم کوبد چنین انگیزه ای بدون حکومت و چنین هدفی بدون سیاست هرگز ممکن نیست. (عبد الله جوادی آملی ، ولایت فقیه ،ولایت فقاهت و عدالت ، قم:مرکز نشر اسرا ،1385،ص 73-75)در باب ولایت فقیه ایشان قایل به ولایت مطلقه فقیه نبوده و معتقد به ولایت فقیه در امور حسبیه هستند و می فرمایند: ولایت در آن چه – به اصطلاح فقها – امور حسبیه خوانده می شود برای هر فقیهی که جامع شرایط تقلید باشد ثابت است . و اما در امور عامه که نظم جامعه اسلامی بر آنها متوقف است هم در شخص فقیه و هم در شرایط به کار بستن ولایت امور دیگری معتبر است از جمله مقبول بودن نزد عامه مؤمنین.بر این اساس ایشان تشکیل حکومت را ابتداءً از وظایف و مسئولیت های ولی فقیه نمی دانند.اما اگر ضرورتی اقتضاء کرد یا مردم با تشکیل حکومت دینی،از فقیه جامع شرایط رهبری و هدایت حکومت را خواستار شدند فقیه جامع شرایط نمی تواند از عهده دار شدن این مسئولیت سرباز زند.