1.در ارزیابی ها و قضاوتهایی که در مورد عملکرد آقای خلخالی شده است، افراط و تفریطهای زیادی صورت گرفته، برخی خواستند مطلق مثبت جلوه دهند و بعضی ها منفی مطلق که به نظر می رسد هر دو مورد ناعادلانه است.ثانیا؛در مورد رابطه آقای خلخالی با امام خمینی باید گفت: آقای خلخالی چند سالی از شاگردان امام بوده و در دفتر امام رفت و آمد داشته است و اجمالا مورد تایید امام بوده است و به همین خاطر و نیز به دلیل سوابق انقلابی و قاطعیتی که داشته ، به عنوان قاضی شرع منصوب می شود.اما اینکه حکم آقای خلخالی از طرف بنی صدر بوده است و یا در این انتصاب افرادی از جمله بنی صدر نقش داشته اند، مستند نیست و آقای خلخالی منکر این مساله بوده است.ثالثا؛ انتصاب و تایید آقای خلخالی توسط امام خمینی دلیل بر تایید تمام عملکرد وی در مقام قاضی شرع نیست، چرا که در مقام عمل یکسری افراط ها و تفریطهایی صورت گرفت و افراد مطرحی چون آیت الله امامی کاشانی و آیت الله یزدی به امام از عملکرد آقای خلخالی شکایت کردند و امام وی را از مسئولیت قاضی شرع بودن برکنار کردند .
رابعا؛ در ارزیابی عملکرد آقای خلخالی باید گفت: با توجه به موقعیت زمانی اقدامات وی که درست در سالهای اول انقلاب بوده و مخالفین نظام هم دنبال کوچکترین فرصتی برای ضربه زدن به نظام بوده اند بنابراین لازم بوده برخی از محاکمات در باره سران نظام شاهنشاهی و یا سران شورشها به سرعت انجام شود مثل محاکمه هویدا،نصیری و … در چنین موقعیتی سرعت عمل لازم بوده و در این راستا اشتباهات و انحرافاتی هم ممکن است صورت گرفته باشد . گرچه آقای خلخالی در خاطرات خود از عملکردش دفاع نموده است .
خامسا؛ در رابطه با تغییر مواضع آقای خلخالی بایدگفت: ایشان در سالهای اول انقلاب به تندرو بودن و خشونت طلب بودن معروف بوده، اما در سالهای بعد از رحلت امام خمینی خصوصا در دوران اصلاحات طرفدار تفکرات و گرایشات اصلاح طلبی و اصلاح طلبان گردید . و از برخی مواضع قبلی عقب نشینی کرد.
با توجه به سابقه افراطی گری ایشان در دوران اول انقلاب ، و ادعای اصلاح طلبی در دوران اخیر چندان جایگاهی در فضای سیاسی نداشتند. و مورد اقبال هیچ گروه داخلی و خارجی نبود .
2.در مورد برخورد امام با روش های افراطی در مقابل معضل بدحجابی نیز گفتنی است:
حجت الاسلام اشراقی، داماد امام، هفدهم اسفند 1357 در مصاحبه‌ای با رادیوی انقلاب اسلامی، مواضع امام را در ارتباط با برخورد با بدحجابی تشریح کرد: «من فکر می‌کنم این کار صحیح نباشد که عده‌ای بخواهند با تندروی و شدت عمل جلوی خانم ها را بگیرند. باید حجاب رعایت شود و قوانین اسلامی مو به مو اجرا گردند و در همه مؤسسات و ادارات و مدارس و دانشگاه ها به این موضوع توجه شود. اما حجاب، باید در نظر داشت که به معنی چادر نیست. همان قدر که موها و اندام خانم ها پوشانده شود و لباس آبرومند باشد، حالا به هر شکلی، مهم نیست. چادر چیز متعارفی است و بسیار خوب است، اما به خاطر طرز کار و نوع کار خانم ها شاید گاهی پوشاندن بدن و مو به طریق دیگر هم حجاب باشد، حرفی نیست. باید طبق نظر مبارک امام حجاب اسلامی در سطح کشور توسط خانم ها با اشتیاق اجرا شود… در مورد اقلیت های مذهبی همیشه نظر مبارک امام این بوده که آن ها از هر حیث مورد احترام و حمایت باشند. اما اگر خانم های اقلیت های مذهبی هم رعایت حجاب اسلامی را بکنند چه بهتر.» (کیهان 17 اسفند 1357)
مقام معظم رهبری در سال ۱۳۷۶ و در دیدار با فرماندهان سپاه پاسداران با نقل خاطره‌ای از امام خمینی (ره) به مخالفت با برخورد تند با بدحجاب‌ها پرداخته و می‌فرمایند:
انقلاب عظیم مردمی، واقعاً پدیده‌ی عظیمی است. چنین حادثه‌ی عظیمی را شما خلق کردید. حادثه‌ی پیروزی در جنگ هشت ساله را شما جوانان حزب‌اللَّه خلق کردید. حادثه‌ی پیروزی در محاصره‌ی سیاسی و در محاصره‌ی اقتصادی را شما خلق کردید. همه‌ی اینها آفرینشهای شماست. روشنفکری این است.
خوب، چرا بایستی به خاطر عملِ – مثلاً – کسی که حالا سلیقه‌اش[متفاوت] است، شما متّهم شوید؟! گفته شود که اینها اهل منطق نیستند؛ اهل جنجالند، اهل بی‌خودی حرف زدنند، اهل حمله کردنند، اهل زنجیر و داغ و درفشند! چرا؟ این ظلم نیست؟ من این‌گونه موافق نیستم.
ببینید؛ سلیقه‌ی امام رضوان‌اللَّه‌علیه هم عیناً همین بود. نه این‌که خیال کنید سلیقه‌ی دیگری بود؛ نخیر، سلیقه‌ی امام، عیناً همین بود. بنده به شما عرض می‌کنم، خبر می‌دهم؛ البته شواهد هم هست.
در سال شصت‌وچهار که آقای ناطق نوری وزیر کشور بودند، من یادم نمی‌رود که عدّه‌ای از جوانان در خیابانها به بدحجابها حمله می‌کردند. امام به ایشان نوشت: بروید و این جوانانی را که به بدحجابها حمله می‌کنند، بگیرید، بزنید، زندان و حبسشان کنید! امام، مخالف بود؛ در حالی که امام، آن مرد شجاع و بی‌نظیری است که مسأله‌ی حجاب را به این کشور برگرداند! هیچ کسِ دیگر غیر از امام نمی‌توانست. این هم یکی از اختصاصات امام بود. اگر غیر از امام، هر کس دیگر بود – از همین بزرگان و مقدّسین علما – هیچ کس جرأت نمی‌کرد بگوید «زنان باید با حجاب، بیرون بیایند». امام در همان ماههای اوّل پیروزی انقلاب گفت «باید با حجاب بیایند»! این همان امام است؛ امّا درعین‌حال با آن روش، مخالف بود و ایستادگی کرد و گفت که بچه‌های کمیته جلوِ این کار را بگیرند.
البته آنها هم بچه‌های حزب اللّهی بودند؛ منتها کار را نمی‌فهمیدند، اشتباه می‌کردند. بنده هم با این‌گونه زدن و جنجال موافق نیستم. بچه‌های خوب، مؤمن، صادق، سالم، خوش‌فکر و خوش‌دل، گاهی راه را اشتباه می‌کنند( farsi.khamenei.ir/memory-centent?id=21948-1)