رهبری معظم بر اساس ضوابط و شرایطی که در قانون اساسی برای ریاست قوه قضاییه تنظیم شده است( اصل 157) ، از میان گزینه های موجود پس از بررسی صلاحیت ها و توانمندی افراد و مشورت با مشاوران، ایشان را به ریاست قوه قضاییه برگزیدند. گرچه داشتن سابقه قضاوت و آشنایی با دادگستری می تواند در مدیریت دستگاه قضایی، مؤثر باشد ، اما آنچه برای عهده دار شدن ریاست این قوه لازم است ، اجتهاد و آگاهی نسبت به امور قضایی و مدیریت است که آیت الله آملی به دلیل اجتهاد و آشنایی با مسائل قضایی و حقوقی و سایر تواناییها ، واجد این ویژگیها تشخیص داده شدند. برای مدیریت و اداره دستگاه قضایی لازم نیست فرد تجربه قضاوت داشته باشد ، بلکه آنچه مهم است اجتهاد و آشنایی با مسائل حقوقی و برخورداری از مدیریت و تدبیر لازم است . کسی ادعا نمی کند که امروز دستگاه قضایی و ریاست آن ، بدون عیب و نقص است . قوه قضاییه نیز مانند سایر نهادها و سازمان های دیگر کشور دارای نقاط ضعف و قوتی است که در ارزیابی و قضاوت در مورد آن باید به مجموعه این نقاط و عملکردها توجه نمود . بنابر این هر چند در عملکرد دستگاه قضایی با مفاسد اقتصادی ضعف ها و کاستیهایی وجود دارد و عملکرد این دستگاه با نقطه مورد انتظار و قابل قبول فاصله وجود دارد ، اما به دور از انصاف است که عملکرد این دستگاه در برخورد با مفاسد اقتصادی و رسیدگی به پرونده های بزرگی همچون فساد بزرگ مالی ، بیمه ، پرونده بابک زنجانی و… مورد توجه قرار نگیرد . گرچه بروز هرازگاه مفاسد اقتصادی و رو شدن پرونده جدید فساد بر عملکرد این دستگاه سایه افکنده است و در مواردی نیز اطاله بیش از حد رسیدگی به چنین پرونده هایی و طرح گسترده و جنجال آمیز پرونده های مفاسد اقتصادی به ویژه از سوی رسانه ها و عدم اطلاع رسانی مناسب و لازم رسیدگی و برخورد دستگاه قضایی با آن ، ذهنیت هایی را برای مردم ایجاد نموده است که لازم است این مسایل مورد توجه دستگاه قضایی قرار بگیرد . در عین حال نباید تصور نمود که با صرف برخورد و رسیدگی دستگاه قضایی با مفاسد اقتصادی ، ریشه آنها از بین خواهد رفت . مفاسد اقتصادی ریشه در عوامل مختلفی از جمله وجود خلأهای قانونی ، بازدارنده نبودن قوانین ، ضعف نهادهای نظارتی ، عدم سرعت و جدیت لازم در برخورد با مفاسد و… دارد و تنها راه مقابله با مفاسد اقتصادی و اختلاس در کشور، شناسایی ریشه ها و عوامل زمینه ساز این مفاسد و برطرف نمودن آنها و ترمیم خلأ های قانونی و تنظیم قوانین بازدارنده و تقویت نهادهای نظارتی و برخورد قاطع با عاملان آن در سطوح و لایه های مختلف می باشد که این مسأله ، عزم و تلاش جهادی و پیگیر مجموعه دستگاههای نظام را می طلبد از قوه مقننه گرفته که با تنظیم قوانین کارآمد ، جامع و روشن راههای فساد را ببندد تا دستگاههای اجرایی که با کنترل لازم زمینه های شکل گیری مفاسد را از بین ببرند و با آن مقابله نمایند و دستگاه قضائیه که با عاملان و زمینه سازان مفاسد در کشور برخورد قاطع و جدی نمایند و این یکی از مطالبات جدی و همیشگی مردم و رهبری نظام از مسئولان کشور بوده و هست .