تمام آن چه که از آن با عنوان مشورت یا همکاری امیر مؤمنان علیه السلام با خلفا یاد می‌شود به سه دسته تقسیم می شود: 1. مشورت در امور قضائی ؛ 2. مشورت در امور دفاعی و جنگی ؛ 3. مشورت در مسائل علمی و حلّ مشکلات اعتقادی .نقش امیر المؤمنین در این موارد حد اکثر به اندازه پاسخ به درخواست ارشاد وراهنمائی طرف مقابل است که وظیفه هر مسلمانی است . حتی اگر طرف مشورت غیر مسلمان باشد ، باز هم وظیفه دارد که با نهایت امانت‌داری وی را راهنمایی کند ؛ چه رسد به این که اگر مسأله حفظ اساس اسلام و دین خدا در میان باشد. ابن حجر هیثمی به نقل از رسول خدا می‌نویسد‌ : در هر قرنی افراد عادلی از اهل بیت من در بین امتم خواهند بود که تحریف گمراهان ونسبتهای ناروا وباطل و تاویلهای نادانان را از دین پاک ودور می کنند، آگاه باشید! پیشوایان شما فرستادگان شما نزد خداوند می باشند، پس بنگرید که چه کسانی را می فرستید.(الصواعق المحرقة على أهل الرفض والضلال والزندقة ، أبو العباس أحمد بن محمد بن علی ابن حجر الهیثمی (متوفای973هـ) ، ج 2 ، ص 441 ، ناشر : مؤسسة الرسالة – لبنان – 1417هـ – 1997م ، الطبعة : الأولى ، تحقیق : عبد الرحمن بن عبد الله الترکی – کامل محمد الخراط) .امیر مؤمنان علیه السلام اگر چه از منصب خلافت و جانشینی به حق رسول خدا صلی الله علیه وآله بازماند و در واقع حق مسلم ایشان را غصب کردند ؛ ولی این موضوع دلیل نمی‌شود که به دیگر وظایف خود عمل نکند ؛ زیرا گاهی تدبیر‌ها و تصمیم‌گیری‌های غلط خلفا سبب می‌شد ، اساس اسلام به خطر بیفتد ؛‌ در این موارد امام وظیفه داشت که اجازه ندهد شریعت اسلامی قربانی ندانم کاری‌ها شود ؛ مثلاً در قضیه جنگ نهاوند ، پادشاه ایرانیان لشکر عظیمی را برای نابودی اسلام فراهم کرده بود و اگر تدبیر امیر مؤمنان علیه السلام نبود‌ ، نه تنها لشکر عمر که به طور قطع تمام مسلمانان و اسلام از بین می‌رفت . در چنین موقعیتی امیر المؤمنین علیه السلام وظیفه دارد که نظام اسلامی و دین نوپا را حفظ کند ؛ چون وظیفه او همانند هر فرد مسلمان دیگر، حفظ دین است .
دخالت‌های امیر مؤمنان علیه السلام در امور قضائی در مواردی بود که عدم آگاهی خلفا به پیش پا افتاده ترین احکام اسلامی سبب می‌شد که حقی از بی‌چاره ای ضایع و به مظلومی از مسلمانان ظلم شود . در حقیقت آن‌ها پناهی جز امیر المؤمنین علیه السلام نداشتند و اگر امام دخالت و از حق آنان دفاع نمی‌کرد ، به یقین راهی برای استیفای حقوقشان نمی یافتند.
برای روشن تر شدن مطلب فقط به یک مورد از دخالت‌های امام در امور قضائی اشاره می‌کنیم: ابن عباس می گوید : زن دیوانه ای را که زنا کرده بود نزد عمر آوردند ، با عده ای مشورت کرد و سپس دستور داد سنگسارش کنند . هنگامی که او را برای اجرای حدّ می بردند ، از کنار علی علیه السلام عبور کردند ، فرمود : این زن چه کار کرده است ؟ گفتند : دیوانه ای است از فلان قبیله که زنا کرده است وعمر دستور به رجم وی داده است . فرمود : او را بر گردانید ، سپس نزد عمر آمد و فرمود : مگر نمی دانی از سه نفر تکلیف بر داشته شده است : 1. دیوانه تا زمانی که عاقل شود ؛ 2. انسان خوابیده تا بیدار شود ؛ 3. بچّه تا به سن بلوغ برسد. عمر گفت : آری ، شنیده ام ، فرمود: پس این زن را رها کن ، عمر او را آزاد کرد و شروع به تکبیر گفتن نمود . (سنن أبی داود ، سلیمان بن الأشعث أبو داود السجستانی الأزدی (متوفای275هـ) ج 4 ، ص 140 ، ح 4399 ، کِتَاب الْحُدُودِ ، بَاب فی الْمَجْنُونِ یَسْرِقُ أو یُصِیبُ حَدًّا ، ناشر : دار الفکر ، تحقیق : محمد محیی الدین عبد الحمید ؛ الاستیعاب فی معرفة الأصحاب ، یوسف بن عبد الله بن محمد بن عبد البر (متوفای463 هـ) ج 3 ، ص 1103 ، ناشر : دار الجیل – بیروت – 1412 ، الطبعة : الأولى ، تحقیق : علی محمد البجاوی ).
مواردی از این قبیل به روشنی اثبات می کند که حضور امیر مؤمنان علیه السلام نقش تمام کننده‌ای در احیای احکام الهی داشته و از طرفی پشتوانه‌ای محکم بر احقاق حقوق ستمدیدگان وجلوگیری از ظلم وستمگری داشته است.
مشورت‌ها و همکاری‌های امیر مؤمنان با خلفا در زمینه‌های دفاعی و جنگی نیز منحصر می‌شود به مواردی که بحران‌های سیاسی و نظامی ـ به خاطر سوء تدبیر حاکمان ـ اصل و اساس جامعه اسلامی را به خطر می‌انداخته است ، بنابراین نباید این گونه راهنمائیها و همکاری‌ها را به حساب دفاع از خلفا و اعلام رضایت از آن‌ها گذاشت ؛ زیرا آن حضرت در حقیقت از ثمره بیست و سه سال زحمت طاقت فرسای رسول خدا و جانفشانی‌های خودش در گسترش اسلام حفاظت و نگاهبانی می‌کرد ، نه از حکومت خلفا یا تأیید لشکر کشی‌ها و جنگ‌های خلفا
آمار مشورت‌های خلفا با امیر مؤمنان علیه السلام :
توجه به تعداد نظر خواهیها و مشورت و در خواست کمک فکری از امیر مؤمنان علیه السلام ، از یک طرف نشان دهنده درماندگی خلفا در حلّ مشکلات و نیازمندی آنان به دانش و تجربه امیر مؤمنان است، و از طرفی محدود بودن موارد مراجعه و نظر خواهی است که گویای ارتباط اندک و دور بودن از خلفا است. محقق معاصر شیخ نجم الدین عسکرى در کتاب «علی والخلفاء» می نویسد: ابوبکر در 2 سال و 3 ماه (27 ماه) دوران خلافت خویش 14 مورد به حضرت مراجعه داشته است. (علی والخلفاء ، ص 73 – 97). از مجموع 14 مورد : 9 مورد پرسشهاى علمى ؛ 4 مورد احکام شرعى و قضاوت ؛ 1 مورد نظامى بوده است . گفتنى است که از 14 مورد فقط 4 مورد (3 مورد علمى و1 مورد شرعى) مراجعه مستقیم ابوبکر به امام بوده است . در 9 مورد باقیمانده : در 2 مورد پس از مشاوره خلیفه با صحابه ، امام نظر خود را اظهار نموده ، در 2 مورد به علت حضور در صحنه اظهار نظر کرده ؛ در 3 مورد به امام خبر رسیده اقدام نموده است. در 2 مورد شخصی واسطه بین امام و خلیفه بوده است. حال آیا صحیح است که بگوییم : ابوبکر در مدت خلافت خود در همه کارهاى مهم با على علیه السلام مشورت مى کرده و علی علیه السلام مشاور وی بوده است؟ .
عمر بن خطاب در 10 سال و 5 ماه (125 ماه) دوران خلافت، 85 مورد به حضرت امیر علیه السلام مراجعه داشته است . (علی والخلفاء ، ص 99 – 333 ). از مجموع 85 مورد مشورت خواهی عمر از امام على علیه السلام، 59 مورد امور قضایى ؛ 21 مورد پرسش هاى علمى ؛ 3 مورد امور مالى ؛ 2 مورد امور نظامى بوده است . جالب توجه این جا است که از مجموع 85 مورد : 27 مورد به امام علیه السلام مراجعه ابتدایى و مستقیم داشته است ؛ 13 مورد مسائل شرعى و قضایى ، 2 مورد امور مالى و 1 مورد پرسش علمى ، خلیفه ابتدا به صحابه مراجعه کرده سپس نظر امام را پرسیده است. در باقیمانده موارد نیز حضرت در صحنه حضور داشته و اظهار نظر فرموده است ؛ یعنى در 42 مورد با این که دسترسى به امام امکان پذیر بوده وجود حضرت نادیده انگاشته شده است . با توجه به نکات یادشده آیا صحیح است ادعا شود که عمر پیوسته در مشکلات و گرفتارى ها به امیر مؤمنان مراجعه مى کرد و این دو ارتباط خوبی با هم داشته اند؟
عثمان در 12 سال (144 ماه) دوران خلافت 8 مورد به حضرت مراجعه داشته است.(علی والخلفاء ، ص 335 – 345 ). از مجموع 8 مورد دخالت امام در امور زمان عثمان : أوّلاً: تمام این امور در حوزه بیان مسائل شرعى و نحوه اجراى حدود وقضاوت بوده است ؛ثانیاً: 3 مورد رجوع مستقیم خلیفه به امام بوده و 4 مورد امام در صحنه حاضر بوده و اظهار نظر فرموده است .جالب این در یکى از موارد عثمان به امام گفت: «إنّک لکثیر الخلاف علینا». (مسند أحمد، ج 1 ص 100 ).
با توجه به مطالبی که گفته شد به این نکته کاملا پی بردید که مشاوره امیرالمؤمنین در چه شرایطی و به چه خاطر بوده است، و بین اینان هیچ ارتباط خوبی وجود نداشته است.