سرکوب مخالفانی مانند خوارج و جنگ با معاویه را می توان نام برد. بغی به عنوان یکی از مصادیق بارز جرم سیاسی شناخته شده و کسانی که علیه حکومت اسلامی و حاکم آن خروج نموده وبه مبارزه و مقابله با آن بپردازند باغی شناخته شده اند وبا آنها برخورد می شده است ( ر.ک : پیوندی ، غلامرضا ، جرم سیاسی ، تهران ، پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه اسلامی ، 1382، ص114 -147) حضرت علی علیه السلام تعدادی از اسیران جنگ جمل را زندانی نمودند . عن موسی بن طلحه بن عبید الله و کان فیمن اسر یوم الجمل و حبس مع من حبس من الاساری بالبصره فقال کنت فی سجن علی علیه السلام بالبصره حتی سمعت المنادی ینادی این موسی بن طلحه بن عبید الله … از موسی بن طلحه بن عبید الله نقل شده که وی در شمار گروهی از اسیران جنگ جمل بود و با سایر اسرا در بصره حبس شده بود ، می گوید من در زندان حضرت علی علیه السلام در بصره بودم که شنیدم منادی صدا می زند موسی بن طلحه بن عبید الله کجاست .( مستدرک الوسائل ، ج 11، ص 57) برخورد با معاندان و مخالفان منحصر به جنگ نبوده است و برخی افراد نیز زندانی می شدند . به طور کلی حضرت در برخورد با مخالفان خویش سه راهبرد اساسی داشتند ؛ گفت گو، مدارا ، برخورد قاطع ، تلاش اولیه امیر مومنان پاسخ گویی به شبهات مخالفان بود و می کوشید راهی برای پایان بخشیدن مسالمت آمیز به نزاع و دشمنی بیابد اگر از این راه نتیجه دلخواه به دست نمی آمد با مخالفان خود تا جایی که به امنیت و وحدت جامعه اسلامی آسیبی نمی رسید ، مدارا و از شدت و خشونت پرهیز می کردند ، سرانجام اگر مخالفان دست به قیام مسلحانه می زدند و امنیت شهرها و راه ها را به خطر می انداختند ، نوبت به برخورد قاطعانه می رسید البته امام در این مرحله نیز هیچ گاه از ارشاد و راهنمایی دشمنان غفلت نمی کرد.( دانشنامه امام علی علیه السلام ، مجموعه مقالات ، تهران ، پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه اسلامی ، 1380، ج 6،ص238) نکته ای که باید در برخورد حضرت با خوارج به طور ویژه مورد توجه قرار بگیرد این است که با توجه به پیدایش گروههای انحرافی همچون خوارج و تاثیر گذاری آنان بر افکار عمومی جامعه , امام علیه السلام به منظور خنثی نمودن توطئه آنان و ارشاد کسانی که تحت تاثیر افکار نادرست آنان قرار گرفته بودند به آنان اجازه دادند تا دیدگاههای خود را آزادانه مطرح نمایند و به اصطلاح آنچه در درون دارند بیرون ریخته و ماهیت پوشالی و تهی آنان برای همگان آشکار گردد از این رو حضرت تا زمانی که آنان اقدام به مقابله با حکومت اسلامی نپرداخته بودند با آنان مدارا نمودند .