در زمان جاهلیت مردی بود بنام «ابو عامر» که آئین نصرانیت را پذیرفته و در سلک راهبان درآمده بود، و از عباد و زهاد به شمار می‌رفت و نفوذ وسیعی در طائفه «خزرج» داشت. هنگامی که پیامبر(ص) به مدینه مهاجرت کرد و مسلمانان گرد او را گرفتند و کار اسلام بالا گرفت، و هنگامی که مسلمانان در جنگ بدر بر مشرکان پیروز شدند ابوعامر که خود روزی از بشارت دهندگان ظهور پیامبر(ص) بود اطراف خود را خالی دید، و به مبارزه با اسلام برخاست، و از مدینه به سوی کفار «مکه» گریخت، و از آنها برای جنگ با پیامبر اکرم(ص) استمداد جست و از قبائل عرب دعوت کرد. او که قسمتی از نقشهه‌ای جنگ «احد» را ضد مسلمین رهبری میکرد، دستور داد در میان دو صف لشکر گودالهائی بکنند که اتفاقاً پیامبر(ص) در یکی از آنها افتاد و پیشانیش مجروح شد و دندانش شکست.هنگامی که غزوه احد پایان یافت و با تمام مشکلاتی که مسلمانان در این میدان با آن روبرو شدند آوازه اسلام بلندتر گردید و در همه جا پیچید او از مدینه فرار کرد و به سوی «هرقل» پادشاه روم رفت تا از او کمک بگیرد و با لشکری برای کوبیدن مسلمانان حرکت کند. ذکر این نکته نیز لازم است که بر اثر این تحریکات و کارشکنی‌ها پیامبر(ص) لقب «فاسق» به او داده بود.بعضی میگویند مرگ به او مهلت نداد تا خواسته خود را با هرقل در میان بگذارد، ولی در بعضی از کتب دیگر می‌خوانیم که او با هرقل تماس گرفت و به وعده‌های او دلگرم شد!.
به هر حال او پیش از آنکه بمیرد نامه‌ای برای منافقان مدینه نوشت و به آنها نوید داد که با لشکری از روم به کمکشان خواهد آمد، مخصوصاً توصیه و تأکید کرد که مرکزی برای او در مدینه بسازند تا کانون فعالیتهای آینده او باشد.
ولی از آنجا که ساختن چنین مرکزی در مدینه بنام دشمنان اسلام عملاً امکان‌پذیر نبود، منافقان بهتر این دیدند که در زیر نقاب مسجد، و به عنوان کمک به بیماران و معذوران، این برنامه را عملی سازند. و به این ترتیب مسجد «ضرار» را ساختند.(قصه های قرآن، حضرت آیت الله مکارم شیرازی به نقل از سایت تبیان)
پس از آنکه مسجد را بنا کردند نزد رسول خدا (ص) آمده، درخواست کردند که آن جناب به آن مسجد آمده و آن را با خواندن نماز افتتاح فرماید و آنها را به خیر و برکت دعا کند، رسول خدا (ص) که در آن روز عازم جنگ تبوک بود وعده داد که پس از مراجعت به مدینه به آن مسجد خواهد آمد، پس این آیات نازل گردید. در نخستین آیه مى گوید گروهى دیگر از آنها مسجدى در مدینه اختیار کردند که هدفهاى شومى زیر این نام مقدس نهفته بودند، (وَ الَّذِینَ اتَّخَذُوا مَسْجِداً ضِراراً وَ کُفْراً وَ تَفْرِیقاً بَیْنَ الْمُؤْمِنِینَ وَ إِرْصاداً لِمَنْ حارَبَ اللَّهَ وَ رَسُولَهُ مِنْ قَبْلُ وَ لَیَحْلِفُنَّ إِنْ أَرَدْنا إِلاَّ الْحُسْنى وَ اللَّهُ یَشْهَدُ إِنَّهُمْ لَکاذِبُونَ (107) لا تَقُمْ فِیهِ أَبَداً لَمَسْجِدٌ أُسِّسَ عَلَى التَّقْوى مِنْ أَوَّلِ یَوْمٍ أَحَقُّ أَنْ تَقُومَ فِیهِ فِیهِ رِجالٌ یُحِبُّونَ أَنْ یَتَطَهَّرُوا وَ اللَّهُ یُحِبُّ الْمُطَّهِّرِینَ (108) سوره ی توبه
سپس هدفهاى آنها را در چهار قسمت زیر خلاصه مى کند:
1- منظور آنها این بود که با این عمل ضرر و زیانى به مسلمانان برسانند (ضرارا). ضرار به معنى زیان رسانیدن تعمدى است، آنها در واقع درست به عکس آنچه ادعا داشتند که هدفشان تامین منافع مسلمانان و کمک به بیماران و از کار افتادگان است، مى خواستند با این مقدمات پیامبر اسلام را نابود و مسلمانان را در هم بکوبند و حتى اگر توفیق یابند نام اسلام را از صفحه جهان براندازند.
2- تقویت مبانى کفر و بازگشت دادن مردم به وضع قبل از اسلام (وَ کُفْراً).
3- ایجاد تفرقه در میان صفوف مسلمانان، زیرا با اجتماع گروهى در این مسجد، مسجد قبا که نزدیک آن بود و یا مسجد پیامبر ص که از آن فاصله داشت از رونق مى افتاد (وَ تَفْرِیقاً بَیْنَ الْمُؤْمِنِینَ). از این جمله- آن چنان که بعضى از مفسران استفاده کرده اند- چنین بر مى آید که نباید فاصله میان مساجد آن چنان کم باشد که روى اجتماع یکدیگر اثر بگذارند، بنا بر این آنها که روى تعصبهاى قومى و یا اغراض شخصى مساجد را در کنار یکدیگر مى سازند، و جماعات مسلمین را آن چنان پراکنده مى کنند که صفوف جماعت آنها خلوت و بى رونق و بى روح مى شود، عملى بر خلاف اهداف اسلامى انجام مى دهند.
4- آخرین هدف آنها این بود که مرکز و کانونى براى کسى که با خدا و پیامبرش از پیش مبارزه کرده بود و سوابق سوئش بر همگان روشن بود بسازند تا از این پایگاه نفاق، برنامه هاى خود را عملى سازند (وَ إِرْصاداً لِمَنْ حارَبَ اللَّهَ وَ رَسُولَهُ مِنْ قَبْلُ). ولى عجب این است که تمام این اغراض سوء و اهداف شوم را در یک لباس زیبا و ظاهر فریب پیچیده بودند، و حتى سوگند یاد مى کردند که ما جز نیکى قصد و نظر دیگرى نداشتیم (وَ لَیَحْلِفُنَّ إِنْ أَرَدْنا إِلَّا الْحُسْنى ). و این است آئین منافقان در هر عصر و زمان که علاوه بر استتار در پرده هاى ظاهرا زیبا متوسل به انواع سوگندهاى دروغین براى منحرف ساختن افکار عمومى مى شوند.
ولى قرآن اضافه مى کند خداوندى که از اسرار درون همه آگاه است و غیب و شهود برایش یکسان مى باشد گواهى مى دهد که بطور مسلم آنها دروغگو هستند (وَ اللَّهُ یَشْهَدُ إِنَّهُمْ لَکاذِبُونَ). در این جمله انواع تاکیدها براى تکذیب آنان به چشم مى خورد نخست اینکه جمله اسمیه است، و دیگر اینکه کلمه ان براى تاکید است، و نیز لام لکاذبون که به اصطلاح لام ابتدا و براى تاکید مى باشد و همچنین ذکر کاذبون بجاى فعل ماضى دلیل بر استمرار و ادامه دروغگویى آنان مى باشد، و به این ترتیب خداوند با شدیدترین وجهى سوگندهاى غلیظ و شدید آنان را تکذیب مى کند!. خداوند در آیه بعد تاکید بیشترى روى این موضوع حیاتى کرده، به پیامبرش صریحا دستور مى دهد که هرگز در این مسجد قیام به عبادت مکن و نماز مگزار (لا تَقُمْ فِیهِ أَبَداً). بلکه بجاى این مسجد شایسته تر این است که در مسجدى قیام به عبادت کنى که شالوده آن در روز نخست بر اساس تقوا گذارده شده است (لَمَسْجِدٌ أُسِّسَ عَلَى التَّقْوى مِنْ أَوَّلِ یَوْمٍ أَحَقُّ أَنْ تَقُومَ فِیهِ). نه این مسجدى که شالوده و اساسش از روز نخست بر کفر و نفاق و بى دینى و تفرقه بنا شده است.
کلمه احق شایسته تر گر چه افعل التفضیل است ولى در اینجا به معنى مقایسه دو چیز در شایستگى نیامده بلکه شایسته و ناشایسته اى را مقایسه مى کند، و این در آیات قرآن و احادیث و سخنان روزمره نمونه هاى زیادى دارد. مثلا گاه به شخص ناپاک و دزد مى گوئیم پاکى و درست کارى براى تو بهتر است، معنى این سخن آن نیست که دزدى و ناپاکى خوب است ولى پاکى از آن بهتر است بلکه مفهومش این است که پاکى خوب و دزدى بد و ناشایست است. مفسران گفته اند مسجدى که در جمله فوق به آن اشاره شده که شایسته است پیامبر ص در آن نماز بخواند همان مسجد قبا است که منافقان مسجد ضرار را در نزدیک آن ساخته بودند. البته این احتمال نیز داده شده که منظور مسجد پیامبر ص و یا همه مساجدى است که بر اساس تقوا بنا شود، ولى با توجه به تعبیر أَوَّلِ یَوْمٍ (از روز نخست) و با توجه به اینکه مسجد قبا نخستین مسجدى بود که در مدینه ساخته شد احتمال اول مناسبتر به نظر مى رسد، هر چند این کلمه با مساجدى همچون مسجد پیامبر ص نیز سازگار است.
رسول خدا (ص) عاصم بن عوف عجلانى و مالک بن دخشم را که از قبیله بنى عمرو بن عوف بود فرستاد و به ایشان فرمود: به این مسجدى که مردمى ظالم آنجا را ساخته اند بروید، و خرابش نموده آن را آتش بزنید. و در روایت دیگرى آمده که عمار یاسر و وحشى را فرستاد و آن دو آن مسجد را آتش زدند، و دستور داد تا جاى آن را خاکروبه دان نموده، کثافات محل را در آنجا بریزند. علامه ی طباطبایی ره: و در روایت قمى آمده که: آن جناب مالک بن دخشم خزاعى، و عامر بن عدى از قبیله بنى عمرو بن عوف را فرستاد، و مالک بدانجا شده به عامر گفت: صبر کن تا من از منزل آتشى بیاورم، پس به درون خانه خویش شده آتشى بیاورد و به سقف مسجد که از شاخ و برگ خرما پوشیده بود افکند، همچنین سوختنى هاى داخل مسجد را آتش بزد و مردم آن مسجد متفرق شدند، و زید بن حارثه هم چنان نشست تا مسجد به کلى بسوخت، آن گاه دستور داد تا چهار دیوارش را خراب کردند.
در الدر المنثور است که ابن منذر و ابن ابى حاتم از ابن اسحاق روایت کرده اند که گفت: اشخاصى که مسجد ضرار را ساختند دوازده نفر بودند به نامهاى: 1- خذام بن خالد بن عبید بن زید 2- ثعلبة بن حاطب 3- هلال بن امیه 4- معتب بن قشیر 5- ابو حبیبة بن ازعر 6- عباد بن حنیف 7- جاریة بن عامر 8 و 9- و دو پسرانش مجمع و زید 10- نبتل بن حارث 11- بخدج بن عثمان 12- ودیعة بن ثابت.