سازمان مجاهدین انقلاب خلق در سال 1344 توسط سه تن از دانشجویان دانشگاه تهران که قبلاً در نهضت آزادی عضویت داشتند و دارای گرایش مذهبی بودند شکل گرفت. محمد حنیف‌نژاد و سعید محسن و حسن نیک‌بین معروف به عبدی هسته‌ اولیه سازمان مجاهدین را بنیاد گذاشتند. در سال 48 مرکزیت سازمان عبارت بود از: حنیف ‌نژاد، سعید محسن، بدیع‌زادگان، علی باکری، بهمن بازرگانی، محمود عسکری‌زاده، ناصر صادق، نصرالله اسماعیل‌زاده، حسین روحانی و علی میهندوست .( جعفریان، رسول، جریان ها و سازمان های مذهبى – سیاسى ایران، تهران: مرکز اسناد انقلاب اسلامی ، 1382، ص 382-383)کادر اول سازمان مجاهدین تمایلات مذهبی و انقلابی غلیظی داشتند. جلسات قرآن و نهج البلاغه از جمله برنامه های مستمر این جوانان بود. با توجه به فضای حکم جهانی و به تبع کشور ایران در زمینه انقلابی چپ، این جوانان نیز در ابتدا به صورت ناملموس تمایل به قرائتی سوسیالیستی از اسلام پیدا کردند. بنیانگذاران سازمان از یکسو تحت تأثیر تفسیرهای نوگرایانه و علم پسندانه رهبران نهضت آزادی از آموزه‌های اسلامی و از سوی دیگر متأثر از تجربیات انقلابیون مارکسیست در نقاط مختلف جهان بودند.تأکید بر علمی بودن آموزه‌های دینی از سوی بازرگان آن‌ها را قانع کرده بود که در اسلام تضادی بین باورهای دینی و قوانین علمی وجود ندارد. نگرش جدیدی که در اندیشه مجاهدین پدید آمده بود، به تدریج از افکار و جهان‌بینی معلمان اولیه آنان فراتر رفت. مجاهدین با الهام و تأثیر پذیرفتن از اندیشه‌های مارکسیستی، به تدریج در جهت تلفیق برخی از آرای مارکسیسم با باورهای اسلامی گام برداشتند. به عنوان نمونه نظریه «ارزش اضافی» مارکس را مبنای «اقتصاد اسلامی» خود قرار دادند و با تفسیر خود از قرآن و روایات اسلامی همراه ساختند. با گسترش روزافزون فرهنگ مارکسیستی در میان مخالفان شاه، آن بخش از تعالیم و باورهای اسلامی که با اندیشه‌های مارکسیسم هم جهت به نظر می‌رسید، از سوی مجاهدین بیشتر مورد تأکید و آموزش قرار گرفت و بخش دیگر – که از چنین همخوانی برخوردار نبود – به حال خود رها شد و در ایدئولوژی آنان نگنجید. در واقع اصول مارکسیسم به عنوان علم مبارزه یا «علم تکامل اجتماع» به رسمیت شناخته شد و مرز میان این جهان‌بینی مارکسیستی و اسلام محو گردید. (همان، صص 398- 401)شدت گرفتن گرایشات مارکسیستی در مقابل نگاه های اسلامی باعث شد جریان تمایل به مارکسیسم به تصفیه سازمان مجاهدین از عناصر مذهبی دست بزند. از جمله شهدای ترور شده از اعضای کادر اصلی اولیه سازمان می توان به شهید «شریف واقفی» اشاره نمود که دانشگاه صنعتی شریف امروز به نام ایشان مزین است.سازمان در سال 50 کوشید بر اساس مشی جنگ مسلحانه عناصر و مهره‌های اصلی رژیم و نیز برخی از مستشاران خارجی را ترور کند. نخستین عملیات نظامی آنان در مرداد سال 50 به منظور برهم زدن جشن‌های دو هزار و پانصد ساله شاهنشاهی از طریق بمب گذاری در تأسیسات برق تهران و تلاش برای ربودن یک هواپیمای شرکت ایران بود که منجر به دستگیری و اعدام تعدادی از اعضای کادر مرکزی آن شد.در سال 52، برخی از اعضای باقی مانده سازمان به فکر سازماندهی مجدد آن افتادند که در آن گرایش به مارکسیسم گسترده‌تر شد و دوگانگی فکری سابق بین اسلام و مارکسیسم که به تدریج در سازمان ریشه دوانده بود، رشد کرده و سرانجام، با رانده شدن اسلام از سازمان، به نقطه پایانی خود رسید.در مهرماه سال 1354 بیانیه‌ای از سوی برخی از اعضای مجاهدین مبنی بر تغییر ایدئولوژیک سازمان انتشار یافت در این بیانیه آمده بود : پس از چهار سال مبارزه مسلحانه و دو سال بحث و گفتگوی ایدئولوژیکی بدین نتیجه رسیده‌ایم که مارکسیسم تنها فلسفه واقعی انقلاب است. در آغاز گمان می‌کردیم می‌توانیم مارکسیسم و اسلام را ترکیب دهیم و فلسفه جبر تاریخ را بدون ماتریالیسم و دیالکتیک بپذیریم اینک دریافتیم که چنین پنداری نا ممکن است… ما مارکسیسم را انتخاب کردیم زیرا راه درست و واقعی برای رها ساختن طبقه کارگر زیر سلطه است. از آنجا که اسلام به دلیل اعتقاد به خدا و نبوت و قیامت نمی‌تواند در ردیف نیروهای بالنده اجتماعی بشر و زمینه ساز پیروزی نهایی زحمتکشان و مستضعفان بر نظامات طبقاتی استثماری بوده و جامعه تولیدی بی ظلم و ستم و بی طبقات را عملاً بر پا سازد، پس اجتماع توحیدی و نفی کامل هر گونه بهره کشی و ظلم و ستم اعتقاد و باور عینی قابل حصول در اسلام نیست.( مواضع گروه ها در زندان، ص 22)به دنبال دستگیری اعضای سازمان توسط ساواک در تیرماه سال 1354 سران دستگیر شده سازمان طی یک مصاحبه تلویزیونی رسماً وصراحتاً اعلام کردند که هم خود مارکسیست بوده‌اند و هم سازمان را عملاً مسلح به ایدئولوژی و عقاید مارکسیستی کرده‌اند. آنان تشریح نمودند که سال‌هاست مارکسیست شده‌اند و افکار و اندیشه‌های مارکسیستی را تحت عنوان مارکسیست علم مبارزه و یا در پوشش تعالیم اسلامی به اعضا و کادرهای سازمان آموزش می‌داده اند. در میان بهت و ناباوری بینندگان بالاخص صدها مسلمان معتقدی که هستی خود را به پای سازمان ریخته بودند، رهبران سازمان در مصاحبه خود اعتراف نمودند که آن دسته از اعضای سازمان را که به اسلام وفادار مانده و در مقابل مارکسیست شده رهبری اعتراض کرده بودند، به قتل رسانده‌اند.( سازمان مجاهدین ایران، بیانیه اعلام مواضع ایدئولوژیک سازمان، ص 241- 246)اعتراف به مارکسیست شدن سازمان، علاوه بر این که تقدس مجاهدین را شکست، اسباب جدایی عناصر مذهبی‌تر سازمان را فراهم ساخت با این وجود مسعود رجوی و همفکرانش که همچنان خود را مذهبی می دانستند رهبری مجاهدین درون زندان را در دست داشتند، مخالف جدا گشتن از مارکسیست‌ها بودند و هنوز بر روی اتحاد استراتژیک با آن‌ها پای می‌فشردند.تحولات و ضربه سال 54 از داخل سازمان برای ساواک بسیار ارزشمند بود و موفق شد با استفاده از آن ضمن دستگیری بسیاری از کادر و اعضای سازمان و اطلاعات به دست آمده از آن‌ها در مورد نیروهای اسلامی به سرعت سازمان را از هم فروپاشند. (زیبا کلام، صادق، مقدمه ای بر انقلاب اسلامی ایران، تهران: روزنه، 1372 ، ص 264)از ضربات مؤثر بر جریان مارکسیستی، صدور فتوای امام در مورد آنان بودکه در آن آمده بود : با توجه به زیان‌های ناشی از زندگی جمعی مسلمان‌ها با مارکسیست‌ها و اعتبار اجتماعی که بدین وسیله آنان به دست می‌آورند و با در نظر گرفتن همه جهات شرعی وسیاسی و با توجه به حکم قطعی نجاست کفار از جمله مارکسیست‌ها، جدایی مسلمان‌ها از مارکسیست‌ها در زندان لازم و هر گونه مسامحه در این امر موجب زیان‌های جبران ناپذیری خواهد شد.( روحانی، سید حمید، نهضت امام خمینی ،تهران: مرکز اسناد انقلاب اسلامی، 1372، ج3، ص 723)در پی صدور این فتوا صف بندی‌های میان نیروهای اسلام گرا و مارکسیست‌ها شفاف تر شد و گرایش به روحانیت بیشتر گردید و نیروهای مذهبی از سازمان جدا شدند و گروهی پیرامون لطف‌الله میثمی و یا تحت عناوینی چون صلواتیون و اعتراضیون گرد آمدند.و شمار دیگری از گروه‌های کوچک همچون منصورون، فلق، موحدین، صف، ابوذر، و… که به گونه‌ای پراکنده نوعاً در شهرستان‌ها تشکیل شدند و با مجاهدین مرتبط بودند، همکاری خود را با سازمان قطع کردند و بر مواضع اسلامی خود پا برجا ماندند که هفت گروه از آن‌ها شامل امت واحده، توحیدی بدر، توحیدی صف، فلاح، فلق، منصورون و موحدین بعد از انقلاب، سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی را شکل دادند.با پیروزی انقلاب اسلامی و به دنبال آزادی کادرهای سازمان از زندان، سازمان مجاهدین خلق تلاش نمود تا حیات سیاسی خود را از سر بگیرد. در این راستا گروه قابل ملاحظه‌ای از اعضا و فعالان سازمان که از جریان مارکسیستی داخل سازمان حمایت می‌کردند، با عنوان شاخه مارکسیستی مجاهدین خلق به فعالیت پرداختند. این گروه بعد از انقلاب از عنوان مجاهدین دست کشید و با عنوان سازمان پیکار در راه آزادی طبقه کارگر به فعالیت پرداختند بعدها این گروه نیز دچار انشعاب شده و بخشی از آن‌ها با عنوان راه کارگر از دیگران جدا شدند.بخش دیگری از رهبران و فعالان سازمان که خود را وفادار به آرمان‌ها و مرام بنیانگذاران سازمان می‌دانستند نیز تحت رهبری مسعود رجوی با عنوان جنبش مجاهدین و در قالب سازمان جوانان، دانش آموزان و دانشجویان به فعالیت‌های سیاسی پرداختند.سازمان در این زمان تلاش می‌کرد تا با استفاده از فرصت به دست آمده به تجهیز و سازماندهی و افزایش سطح توانایی خود بپردازد و در جهت دستیابی به سطوح قدرت سیاسی حداکثر استفاده را بنماید. براین اساس سازمان اقداماتی را به منظور گسترش سازمانی، جذب نیروهای جدید، تقویت امکانات تبلیغاتی و توانایی نظامی خود آغاز کرد و در این راستا تلاش نمود تا شبکه‌ای از نیروهای هوادار را در دانشگاه‌ها و مدارس و دبیرستان‌ها و مجموعه‌های کارگری تشکیل دهد و با راه اندازی روزنامه مجاهد به تغذیه فکری نیروها پرداخت و در کنار آن نیروی شبه نظامی را به نام میلیشیا سازماندهی کرد و با آموزش وگسترش آن، نیروی نظامی خود را تقویت نمود. سازمان در برخورد با انقلاب، ابتدا برخوردی دو گانه را پیش گرفت که در ظاهر پذیرای نظام بود ولی در عمل بر خلاف آن گام برمی داشت و تلاش می‌کرد از اختلاف‌های میان نیروهای انقلاب در جهت اهداف خود استفاده نماید و در این راستا به حمایت از بنی صدر در برابر نیروهای انقلابی و حزب جمهوری اسلامی پرداخت که اوج این حمایت‌ها در غائله 14 اسفند 59 و در مراسم سالگرد دکتر مصدق در دانشگاه تهران بود که نیروهای سازمان اقدام به برخورد با مردم و مخالفان بنی صدر نمودند. و در سال بعد سازمان رسماً وارد فاز مبارزه مسلحانه با نظام شد و به آشوب و اغتشاش در گوشه و کنار کشور پرداختند که با موضع گیری و برخورد نظام، این اقدامات خنثی شده و سازمان به عملیات مخفیانه و حملات تروریستی روی آورد که ازجمله می‌توان به انفجار مقر حزب جمهوری اسلامی که منجر به شهادت دکتر بهشتی و هفتاد و دو تن از مقامات و مسولان کشور شد و انفجار دفتر نخست وزیری که به شهادت دکتر رجایی و باهنر انجامید و ترور آیت الله مدنی، صدوقی، دستغیب، اشرفی اصفهانی و آیت الله قدوسی و… اشاره نمود که این حملات علاوه بر مقامات رسمی کشور، متوجه افراد عادی و طرفدار انقلاب شد به طوری که برخی مغازه داران تنها به جرم داشتن عکس امام ترور شدند. با برخورد نیروهای اطلاعاتی با اعضای سازمان و کشف خانه‌های تیمی آنان تا سال 61 سازمان مجبور به انتقال بقایای نیروهای خود به کردستان و از آنجا به عراق شد و مقر خود را در این کشور ایجاد نمود و در جریان جنگ تحمیلی همکاری نزدیکی با رژیم بعث عراق داشتند و حتی در سرکوب مردم عراق نیز با صدام همکاری نمودند. گسترده‌ترین اقدام این سازمان، عملیات مرصاد بود با پذیرش قطعنامه 598 از سوی ایران، نیروهای منافقین که دچار این توهم شده بودند که جمهوری اسلامی ایران از لحاظ سیاسی، نظامی و اقتصادی به بن‌بست کامل رسیده است و زمینه‌های سقوط آن حتمی و قدرت به سازمان منتقل خواهد شد، با حمایت و پشتیبانی تسلیحاتی عراق، نیروهای خود را از طریق سرپل ذهاب به قصد تسخیر چند شهر و رسیدن به تهران و به دست گرفتن قدرت شروع کردند و موفق به تصرف چند شهر مرزی شدند اما در ادامه پیشروی خود در دام نیروهای اسلام گرفتار آمده و تشکیلات و بنیه نظامی آنان با شکست فاحشی مواجه شد. از آن به بعد منافقین به دلیل عدم جایگاه داخلی در بین مردم ایران و استحکام نظام اسلامی و تمام شدن جنگ که حیثیت و هستی منافقین در عراق به آن بستگی داشت، دچار نوعی بی‌هویتی، سرخوردگی و وازدگی شدند و هر از گاهی به امیدهای واهی اقداماتی را جهت ابراز وجود خود و برهم زدن نظم و امنیت جامعه اسلامی به نمایش گذاشتند که یکی از فجیع‌ترین آن‌ها انفجار بمب در حرم امام رضا(علیه السلام ) بود که لکه‌ ننگی بر پرونده سیاه آنان افزود. از آن زمان به بعد این سازمان در راستای اهداف دشمنان نظام و انقلاب هر جایی که زمینه و شرایط فراهم شده، برای ضربه زدن به نظام آماده بوده است که می توان به این اقدامات به طور خلاصه اشاره نمود.1.ارتباط با نیروهای داخل کشور به اشکال مختلف (حمایت از مخالفان درون نظام): عملکرد نادرست سازمان منافقین در طول حیات آن باعث گردیده است، تا در افکار عمومی مردم ایران، فاقد مشروعیت و حتی فاقد وجهه‌ اپوزیسیونی در قالب یک تشکل سیاسی باشد. لیکن این سازمان ، هر از چند گاهی اقدام به صدور بیانیه‌هایی می‌کند، تا خود را در صف مخالفان نظام نشان دهد. هرچند که حتی از سوی مخالفان نظام نیز به دلیل داشتن کارنامه‌ای سیاه مورد توجه جدی قرار نمی‌گیرد.2.تلاش برای پیدا کردن حامیان غربی جهت ادامه حیات: هر چند این سازمان در لیست گروه‌های تروریستی قرار دارد، ولی برای اینکه حمایت‌های پنهانی دولت‌های غربی را از دست ندهد به همراهی با مواضع ایشان می‌پردازد. مواضع این سازمان معمولاً از سوی سیمای آزادی (نفاق) و سایت اینترنتی ایشان منتشر می‌شود؛ و بنا به مشی و رویه خود، دو راه حل یکی تغییر نظام ایران و دیگری حمله نظامی را پیشنهاد می‌دهد.3. روی آوردن به فعالیت‌های جاسوسی و سیاسی: گروهک تروریستی مجاهدین خلق همچنین از مدت‌ها پیش به دلیل شکست در طرح‌های تروریستی، به فعالیت‌های جاسوسی و سیاسی روی آورده و شگردهای تازه‌ای را برای اقدامات خود در پیش گرفته‌اند. اعضای این گروهک که پناهنده سیاسی به شمار می‌روند، به دلیل پروتکل‌های موجود در زمینه فعالیت پناهندگان سیاسی در کشورهای مختلف، اجازه فعالیت علنی سیاسی و به ویژه فعالیت‌های براندازانه ندارند و از همین رو با دور زدن قوانین کشورهای اروپایی پوشش‌های مختلفی را برای اقدامات خود مورد استفاده قرار داده‌اند.4.نقش‌آفرینی در فتنه 88: عناصر گروهک منافقین با بهره‌گیری از همه توان خود و اعزام تیم‌های آموزش دیده برای ایجاد اغتشاش و موج سواری و سوق دادن اعتراضات به سمت اقدامات خشونت آمیز، ایذایی و تروریستی اقدام نمودند. این گروهک با صدور بیانیه‌های پی‌درپی از سوی سرکردگان خود و انتشار گسترده آن از طریق شبکه‌های ماهواره‌ای و فضای مجازی اینترنتی در جهت گسترش دامنه و استمرار اغتشاشات و آشوب‌ها تلاش نمودند. در همین رابطه تعدادی از مرتبطین گروهک که با هدایت منافقین جهت ایجاد آشوب در صحنه حضور یافته بودند حین درگیری‌ها کشته و یا زخمی می‌شوند که منافقین نیز بنا به خصلت منافقانه خود به منظور مصادره بخشی از اعتراضات به نفع خود در تاریخ 3 /5/88 اقدام به ایجاد نماد یادبود برای ایشان در اردوگاه اشرف می‌نمایند. لازم به ذکر است عناصر نفاق به منظور جمع آوری اطلاعات داخل کشور ضمن پرداخت مبالغی به صورت ماهیانه به برخی نفرات، اقدام به فریب ایشان از طریق ارتباط گیری با پوشش‌هایی از قبیل آژانس‌های خبری مانند خبرگزاری هما، آژانس ایران خبر، همچنین کمیته‌های به اصطلاح دفاع از حقوق بشر و زندانیان سیاسی و… نموده‌اند. نکته جالب توجه در خصوص گروهک منافقین آن است که این گروهک در یک حرکت حساب شده و توافق بین دولتهای غربی و منافقین از فهرست گروه‌های تروریستی خارج می‌گردد که این امر در واقع اقدامی جهت مشروعیت‌بخشی و دادن قدرت مانور به این گروهک جهت اقدامات براندازانه در بستر انتخابات دهمین دوره ریاست جمهوری اسلامی ایران بوده و نکته مهم در این زمینه آن است اولین کشوری که در این راستا اقدام نموده و گروهک منافقین را از فهرست گروه‌های تروریستی خارج نمود، کشور انگلیس بود که رد پای این کشور در جای اغتشاشات اخیر آشکار می‌باشد.لازم به ذکر است گروهک منافقین با توجه ماهیت اغواگرایانه خود نگاه ویژه‌ای نسبت به جوانان و محیط‌های دانشجویی داشته است. این رویکرد در سال‌های اخیر نیز تداوم یافته است و این گروهک برای فعالیت خود در این حوزه از عناوین و گروه‌های پوششی استفاده می‌نماید. از جمله این عناوین پوششی می‌توان به مجموعه فعالان حقوق بشر اشاره نمود.این گروه ظاهراً دانشجویی از همان ابتدا تحت اشراف عملیاتی سازمان منافقین و حمایت مستقیم سرویس‌های اطلاعاتی غرب شروع به کار کرده و در تداوم فعالیت خود نیز از حمایت‌های اطلاعاتی- فنی و مالی سازمان بهره برده است.بیشتر اعضای این مجموعه با گرفتار آمدن در دام اطلاعاتی سازمان منافقین در کشورهای اروپایی و با حمایت و هدایت سازمان، در پوشش گروه‌های حقوق بشری فعالیت خود را آغاز کرده‌اند. گفتنی است بر اساس اسناد به دست آمده از این گروه، پوشش «فعالیت‌های حقوق بشری» به عنوان بهترین شیوه به منظور فریب مراکز امنیتی کشور برای اقدامات براندازانه در دستور کار آنان قرار گرفته است. سازمان منافقین با دریافت پیشنهاد چنین فعالیت‌هایی از جانب سازمان سیا و موساد توانسته است افراد مورد نظر را پس از شناسایی وارد صحنه سازد. اثبات اینکه برای عناوین انسان دوستانه‌ای که چنین گروه‌هایی مدعی آن هستند، جز فریب افکار عمومی و انحراف اذهان و ایجاد پوشش برای فعالیت‌های براندازانه، هدفی تعریف نشده است، کار دشواری نیست. به ویژه زمانی که از ارتباط و خط‌گیری این مجموعه با سازمان منافقین، اسناد غیر قابل انکاری به دست آمده باشد.( اخوان ، محمد جواد ، عبور از فتنه ، مرکز مطالعات و پژوهشهای بسیج دانشجویی ، 1389، ج3، ص 156-159)سرانجام به دنبال فشار برای خروج نیروهای اشغالگر از خاک عراق، اعتراضات علیه حضور این عناصر خود فروخته و تروریستی در خاک عراق شدت یافت که سرانجام به خروج آنان از اردوگاه اشرف و تعطیلی اردوگاه اشرف منجرگردید و بدین ترتیب پایگاه اصلی آنان برچیده شد ، هر چند این مزدوران خود فروخته با حمایت برخی کشورهای اروپایی به حیات ننگین خود ادامه می دهند.