یکى دیگر از مسایلى که در اوایل دهه 1340 اتفاق افتاد و در ارزیابى گروههاى مبارز و مخالف رژیم،بخصوص جریان فکرى اسلام فقاهتى – ولایتى تاثیر گذاشت،قیام 15 خرداد و سرکوب بى رحمانه آن از سوى رژیم شاه بود.در طول تاریخ ایران،روحانیت همواره به عنوان حافظ احکام الهى در صحنه جامعه حضور داشته و دولتها نیز سعى مى کرده اند حرمت حضور و نفوذ آنها را نگه دارند و به طور علنى به اسلام تعرضى نکنند.در واقع،حضور و وجود روحانیت به عنوان اولین و مهمترین گروه ذى نفوذ، براى شاه نیز پذیرفته شده بود و شاه همیشه سعى داشت که خاطر آنها را بجوید و خود را طرفدار اسلام،مرجعیت و روحانیت معرفى کند.

بدین لحاظ، براى حفظ ظاهر، هیچ تمایلى به برخورد مستقیم و خشونت آمیز با روحانیت نداشت و بیشتر سعى مى کرد با جلب نظر و حمایت آنها، برنامه هاى خود را جامه عمل بپوشاند.در جریان اصلاحات اجتماعى نیز که یک طرح امریکایى بود، شاه امیدوار بود که از حمایت روحانیت برخوردار شود.به همین دلیل بود که بعد از رحلت آیت الله بروجردى، على رغم میل باطنیش، امینى را براى جلب نظر روحانیت مخصوصا حضرت امام قدس سره به قم فرستاد.محمد حسن رجبى، پیشین، ص 184.

در قضیه انجمنهاى ایالتى و ولایتى هم پس از چند تلگراف از امام قدس سره و سایر مراجع، دولت تسلیم نظر علما شد و لایحه را رسما لغو کرد.

با وجود این، موج احیاى اسلام که از دهه 1330 شروع شده و به اوج خود رسیده بود، مایه نگرانى شاه بود و او نمى خواست (و حتى نمى توانست) به روحانیت امتیاز بدهد.از سوى دیگر، همان گونه که دیدیم، حضور و استقرار امام خمینى قدس سره در جایگاه مرجعیت، تحولى اساسى در برخورد روحانیت با رژیم بوجود آورد و هر نوع محافظه کارى و پرهیز از سیاست را در حوزه ها منتفى ساخت.امام خمینى قدس سره که در ملاقات با امینى به نصیحت و پند و اندرز اکتفا کرده بود، در جریان لایحه انجمنهاى ایالتى و ولایتى موضع خود را شدت بخشید و دولت علم را در تلگرافهاى خود حتى تهدید کرد. صحیفه نور، ج 1، ص 43، تلگراف امام به اسد الله علم، مورخ 15/8/1341. و با فشار افکار عمومى علما و روحانیت و مردم، هدف الغاى لایحه را تحقق بخشید.

پس از ختم غائله انجمنهاى ایالتى و ولایتى، امام لحن بیانیه ها و سخنرانیهاى خود را تندتر کرد و در قضیه مربوط به تصویبنامه ملى و رفراندم عمومى (بهمن 1341)، طى پیامى که به ملت ایران فرستاد، از تجاوز دستگاه حاکمه به احکام مقدس اسلام و قرآن، و قصد دولت براى نابودى اسلام و روحانیت پرده برداشت و ضمن «اعلام خطر نسبت به دستگاه جابره » ، دولت را استیضاح کرد و به طور صریح نوشت:

من چاره در این مى بینم که این دولت مستبد به جرم تخلف از احکام اسلام و تجاوز به قانون اساسى کنار برود و دولتى که پاى بند به احکام اسلام و غمخوار ملت ایران باشد بیاید.صحیفه نور، ج 1، صص 54- 53، پیام اسفند 1341.

پس از این موضع گیرى قاطع و روشن امام خمینى قدس سره، براى اولین بار یک اعلامیه مشترک از سوى نه تن از مراجع تقلید و آیات عظام حوزه علمیه قم در محکومیت تصویب نامه صادر شد همان، صص 58- 55، اسفند 1341. و مخالفت ملت با آن اعلام گردید.پس از آن امام قدس سره مستقیما مردم و روحانیت را به مقاومت در برابر سر نیزه هاى زنگ زده و پوسیده و مقابله رو در رو با رژیم فرا خواند. همان، ص 59، سخنرانى مورخ 7/12/1341. و از علما خواست که عید نوروز 1342 را به عنوان مبارزه منفى علیه رژیم، تحریم کنند.همان، ص 61، پیام 22/12/1341.

مجموعه برخوردهاى امام و روحانیت با رژیم از رحلت آیة الله بروجردى تا اوایل سال 1342، رژیم شاه را به این نتیجه قطعى رساند که نباید هیچ امیدى به مصالحه و سازش با امام داشته باشد.بدین لحاظ، شاه کم کم ماهیت اصلى خود را آشکار کرد و به گستاخى علیه مذهب و روحانیت پرداخت و آنها را مرتجع، «صد برابر خائن تر از حزب توده » ، و همدست کمونیستها معرفى کرد.