فلسفه اصلی مخفی بودن قبر حضرت زهرا سلام الله علیها مربوط می شود به وقایع و جسارتهایی که از طرف خلفای وقت و اطرافیان خلفا، به آن بزرگوار وارد شده بود، در این زمینه نقل شده است که حضرت زهرا(س) زمانی که وقت رحلتشان نزدیک شد و در بستر به حالت احتضار بسر می‌بردند، حضرت علی ـ علیه السّلام ـ بر بالای بسترشان آمدند و بعد از صحبتهایی که با همدیگر کردند، حضرت فاطمه(س) اجازه خواستند تا چند وصیّت به همسرشان علی ـ علیه السّلام ـ کنند.( حجه اللّه النجفی الرضوی الامیری، احتجاج الزهرا فاطمه، انتشارات فروزان، چاپ دوم، ص210. ( از جملة وصایای حضرت زهرا(س) به علی ـ علیه السّلام ـ این بود که فرمودند: ای پسرعمو! اگر تا چند ساعت دیگر از دنیا رفتم جنازه‌ام را شبانه تشییع کن و مراسم تشییع مرا اعم از غسل و کفن و نماز خواندن و دفن کردن باید در محیطی مخفی و پنهان انجام دهید و فقط به کسانی اجازه در تشییع دهید که ظلم و جفا نسبت به من روا نداشته‌اند و حتّی به یک نقل، حضرت زهرا(س) تصریح کردند که نگذارید ابی‌بکر و عمر بر من نماز بخوانند و در تشییع جنازه من شرکت کنند. حال بحث در این‌است که علّت اجازه ندادن حضرت زهرا(س) در مراسم تشییع حضرت بیانگر چیست؟ یقیناً حضرت زهرا(س) با این کارشان می‌خواستند بار دیگر همانند جریان فدک مبارزه‌ی جدیدی را با وصیّت‌نامة سیاسی خویش شروع کنند که ضربة سهمگینی به حکومت وقت وارد سازند. (خشاوی، شهین، زندگانی سیاسی حضرت زهرا(س)، تهران، نشر عابد، چاپ اول، 1378، ص 280).فاطمة اطهر(س) با وصیّت خویش افکار خفتة مردم مدینه را بیدار می‌ساختند و توجه افکار عمومی را نسبت به پایمال کردن حقّ خویش جلب می‌کردند) عاملی، سید جعفر مرتضی، رنجهای زهرا(س)، ترجمة محمد سپهری، قم، نشر ایام، چاپ اول، 1378، ص 223).
امیرالمؤمنین با عمل به وصیّت زهرا(س) اذهان جامعه را دچار شک و تردید کردند و مشروعیت خلیفه را زیر سؤال بردند و مظلومیت حضرت زهرا(س) را بیشتر آشکار ساختند و این سؤال را همیشه برای همگان مطرح کردند که چرا قبر زهرا(س) مخفی مانده است.
بدین طریق زمانیکه حضرت زهرا(س) از دنیا رفتند مردم سراسیمه به خانة حضرت زهرا(س) می‌آمدند و منتظر بیرون آمدن جنازه بودند که علی ـ علیه السّلام ـ به ابوذر فرمودند: برو و با صدای بلند اعلام کن که برگردند چرا که تشییع جنازة دختر رسول‌خدا امشب صورت نمی‌گیرد و به تأخیر افتاده‌است. مردم که متفرق شدند حضرت علی ـ علیه السّلام ـ با کمک اسماء بدن حضرت را غسل و کفن کردند و در نیمة شب با عده‌ای از نزدیکان و یاران خویش که عبارت بودند. از: سلمان، ابوذر، مقداد، عمار، عباس و زبیر و چند تن دیگر به همراه علی ـ علیه السّلام ـ جنازة دختر رسول‌خدا را شبانه تشییع کردند و شبانه به خاک سپردند و حضرت علی ـ علیه السّلام ـ قبر حضرت فاطمه(س) را هم‌سطح زمین کردند و حتی روایت شده در چند نقطه در بقیع حضرت، قبر درست کردند تا دشمنان متوجه نشوند که قبر حضرت فاطمه(س) کدام‌یک است و این راز مخفی ‌ماندن قبر فاطمه(س) برای همیشه مانده است و کسانی هم که حضور داشتند دیگر بعدها محل اختفاء قبر فاطمه(س) را بیان نکردند. (مجلسی، محمدباقر، بحارالانوار، ترجمة محمدجواد نجفی، انتشارات اسلامیه، 1354، جلد دهم، ص 195).
مرحوم شیخ صدوق در علت دفن شبانه آن حضرت مى‌نویسد:

عَنِ الْحَسَنِ بْنِ عَلِیِّ بْنِ أَبِی حَمْزَةَ عَنْ أَبِیهِ قَالَ سَأَلْتُ أَبَا عَبْدِ اللَّهِ علیه السلام لِأَیِّ عِلَّةٍ دُفِنَتْ فَاطِمَةُ (علیها السلام) بِاللَّیْلِ وَ لَمْ تُدْفَنْ بِالنَّهَارِ قَالَ لِأَنَّهَا أَوْصَتْ أَنْ لا یُصَلِّیَ عَلَیْهَا رِجَالٌ [الرَّجُلانِ ].

علی بن ابوحمزه از امام صادق علیه السلام پرسید: چرا فاطمه را شب دفن کردند نه روز؟ فرمود: فاطمه سلام الله علیها وصیت کرده بود تا در شب وى را دفن کنند تا ابوبکر و عمر بر جنازه آن حضرت نماز نخوانند. (الصدوق، أبو جعفر محمد بن علی بن الحسین (متوفای381هـ)، علل الشرایع، ج 1، ص185، تحقیق: السید محمد صادق بحر العلوم، ناشر: منشورات المکتبة الحیدریة ومطبعتها – النجف الأشرف، 1385 – 1966 م).

مرحوم صاحب مدارک رضوان الله تعالى علیه مى‌گوید:

إنّ سبب خفاء قبرها ( علیها السلام ) ما رواه المخالف والمؤالف من أنها ( علیها السلام ) أوصت إلى أمیر المؤمنین ( علیه السلام ) أن یدفنها لیلا لئلا یصلی علیها من آذاها ومنعها میراثها من أبیها ( صلى الله علیه وآله ).

علت مخفى بودن محل دفن فاطمه سلام الله علیها آن گونه که مخالف و موافق نقل کرده‌اند این است که آن حضرت به امیرمؤمنان علیه السلام سفارش کرد تا او را شبانه دفن کند تا آنان که او را اذیت کرده‌ و از ارث پدرش محروم کرده بودند بر وى نماز نخوانند. (الموسوی العاملی، السید محمد بن علی (متوفای1009هـ)، مدارک الأحکام فی شرح شرائع الاسلام، ج 8، ص279، نشر و تحقیق مؤسسة آل البیت علیهم السلام لإحیاء التراث، الطبعة: الأولی، 1410هـ).

بنابراین با توجه به مطالبی که عرض شد، علت مخفی ماندن قبر آن حضرت را می توان در امور زیر خلاصه کرد:
1. اینکه، دشمنان و غاصبان حق آن مظلومه به قبر آن حضرت دسترسی نداشته باشند تا روزی در صدد نبش آن برنیانید.
2. اینکه، خود آن حضرت خواستند که شبانه و مخفیانه، دفن شوند که به تبع آن قبرشان مخفی بماند.
3. با توجه به محتوای وصیت ایشان در مورد دفن آن حضرت؛ می توان گفت که می خواستند با این کار، افکار عمومی را بیدار کرده و مردم را نسبت به ظلم حکام زمانشان نسبت به ایشان و علی(ع)، آگاه سازند، و لذا، این سوال را که چرا قبر حضرت فاطمه(س) مخفی ماند را برای همیشه در اذهان مردم زنده نگه دارند.

در پایان نقل یک قضیه خالی از لطف نیست: مرحوم آیت الله مرعشى نجفى(ره) ازپدر بزرگوارش مرحوم حاج سید محمود مرعشى نقل مى کردند که آن مرحوم در صدد بود که به هر وسیله اى که ممکن باشد، محل دفن حضرت زهرا را به دست آورد، به این منظور ختم مجربى را آغاز مى کند و چهل شب آن را ادامه مى دهد، تا درشب چهلم به خدمت حضرت باقر و یا حضرت صادق علیهما السلام شرفیاب مى شود، امام(ع) به ایشان مى فرماید: «علیک بکریمه اهل البیت » به دامن کریمه اهلبیت پناه ببرید. عرض مى کند: بلى من هم این ختم را براى این منظور گرفته ام که قبر شریف بى بى را دقیقا بدانم و به زیارتش بروم. امام(ع) فرمود: منظور من قبر شریف حضرت معصومه در قم مى باشد. سپس ادامه داد: براى مصالحى خداوند اراده فرموده که محل دفن حضرت فاطمه همواره مخفى بماند و لذا قبر حضرت معصومه را تجلیگاه قبرآن حضرت قرار داده است. هر جلال و جبروتى که براى قبر شریف حضرت زهرا مقدّر بود خداوند متعال همان جلال و جبروت را بر قبر مطهر حضرت معصومه(س) قرار داده است. (کریمه اهل بیت، ص٤٣).