طبق آنچه در خبرها آمد:مردم شهر سامرا که نزدیک به یک سال و نیم بدون آب و برق در محاصره بودند، ارادت ویژه ای به امامزاده سید محمد از فرزندان امام هادی دارند.به گفته اهالی و مجاوران این حرم در زمان حمله داعش به شهر های سامراء، بلد و صلاح الدین کرامت های خاصی از امام زاده سید محمد دیده شده است.مردم این شهر معتقدند همان طور که در زیارتنامه امامزاده سید محمد آمده است، شر دشمنان این حرم به خودشان باز می گردد. به گفته یکی از خادمان حرم سید محمد، در زمان حمله داعش به این حرم، به طرز عجیبی این حملات بی فرجام می ماند و یا خمپاره ها و ترکش ها عمل نمی کرد. حتی در یکی از حملات به این حرم چهار نارنجک به سمت زائران پرتاب شد که هر چهار تا خنثی شد و عمل نکرد.
به گفته شاهدان عینی، در یکی دیگر از حملات داعش به این حرم، خمپاره هایی که به قصد تخریب گلدسته‌های حرم زده می شد به طرز عجیبی با فاصله اندکی از بین گلدسته‌ها عبور می کرد و در آن حمله داعش کوچک ترین آسیبی به حرم نرسید.
کرامات زیادی از سید محمد دیده شده است. میرزا حسین نوری در «النجم الثاقب» می نویسد:
«سید محمد، صاحب کرامات متواتر است. حتّی نزد اهل سنت هم معروف است. مردم عراق و حتی اعراب بادیه نشین نیز می ترسند به نام او سوگند یاد کنند. اگر آنها را به برداشتن مالی متهم کنند، آن را بر می گردانند، ولی به سید محمد قسم نمی خورند؛ زیرا عذاب آن را دیده اند.»
تعدادی از علما در باره کرامات سید محمد کتاب هایی نوشته اند؛ از جمله رساله ای در کرامات سید محمدبن علی الهادی، تألیف مهدی آل عبدالغفار کشمیری. در اینجا به نمونه ای از کرامات وی اشاره می شود:
علاّمه سید میرزا هادی خراسانی از سید حسن آل خوجه از خدام آستانه عسکریین(علیهما السلام) نقل می کند:
«در صحن شریف ابی جعفر سید محمد نشسته بودم، متوجه شدم شخصی عرب در حالی که یکی از دستهایش را به گردن بسته بود، وارد آستانه شد. نزدیک رفتم و از علت مریضی اش پرسیدم. گفت: سال گذشته، روزی به منزل خواهرم رفتم، دیدم در حیاط، گوسفندی بسته است. خواستم ذبح کرده، بخورم. خواهرم اجازه نداد و گفت: این گوسفند نذر سید محمد است. من به حرف او توجه نکردم و آن را ذبح کردم، پس از سه روز آثار شلی در دستم نمایان شد و روز به روز بدتر شد. من متوجه علت آن نبودم، تا این که در این اواخر متوجه کار خود شدم، حالا هم پشیمانم و برای شفا به آستانه سید محمد آمده ام. سپس با همراهیان وارد حرم شد و شروع به گریه و زاری کردند. پس از ساعتی دیدم دستش را حرکت می دهد. سجده شکر به جا آورد و نذر کرد هر سال گوسفندی بیاورد و به نیت سید محمد ذبح کند.»
گفتنی است حرم امامزاده سید محمد در شهر بلد به عنوان ورودی شهر سامرا میزبان زایران اهل بیت است.