شرح دعای سحر   کتاب
شرح حدیث رأس الجالوت
حاشیه امام بر شرح حدیث رأس الجالوت
التعلیقة علی الفوائد الرضویة
شرح حدیث جنود عقل و جهل
مصباح الهدایة إلی الخلافة والولایة
تعلیقات علی شرح فصوص الحکم ومصباح الانس
شرح چهل حدیث  ( اربعین حدیث )
سر الصلاة
آداب نماز ( آداب الصلوة )
رساله لقاءالله
حاشیه بر اسفار
کشف‌الاسرار
انوار الهدایة فی التعلیقة علی الکفایة ( ۲ جلد )
بدایع الدرر فی قاعدة نفی الضرر
الرسائل العشرة
رساله الاستصحاب
رساله فی التعادل و التراجیح
رساله الاجتهاد و التقلید
مناهج الوصول الی علم الاصول ۲ جلدی
رساله فی الطلب و الاراده
رساله فی التقیه
رساله فی قاعده من ملک
رسالة فی تعیین الفجر فی اللیالی المقمره
کتاب الطهارة – ۴ جلد
تعلیقة علی العروة الوثقی
المکاسب المحرمه ۲ جلد
تعلیقه علی وسیلة النجاة
رساله نجاة العباد
حاشیه بر رساله ارث
تقریرات درس اصول آیت‌الله العظمی بروجردی

تحریر الوسیله   ۲ جلد
کتاب البیع – ۵ جلد
ولایت فقیه   یا   حکومت اسلامی   یا نامه‌ای از امام موسوی کاشف‌الغطاء
کتاب الخلل فی الصلوة
جهاد اکبر یا مبارزه با نفس
رساله توضیح المسائل
مناسک حج «احکام مطابق با فتاوای حضرت امام خمینی »
تفسیر سوره حمد
استفتائات ۳ جلد
دیوان شعر
سبوی عشق
ره عشق
باده عشق
نقطه عطف
محرم راز
مقام رهبری در فقه اسلامی با استفاده از کتاب البیع
مسائل امر به معروف و نهی از منکر از تحریر الوسیله
مسئله قضاوت از کتاب تحریر الوسیله
جهاد نفس از کتاب اربعین حدیث
رابطه نیت و اخلاص از کتاب اربعین حدیث
صحیفه امام «مجموعه آثار امام خمینی   » ۲۲ جلد
صحیفه نور   کتاب
وصیت‌نامه
لمحات الاصول
کوثر ۳ جلد
منشور روحانیت
وعده دیدار
فریاد برائت
آوای توحید

2.     کتاب های آداب نماز و دیوان اشعار و جهاد نفس و شرح چهل حدیث و وصیتنامه قابل توصیه به عموم مردم است هر چند برخی مطالب در این کتاب ها نیز قابل فهم برای همه نیست .