هر چند پیوند دین و سیاست در اسلام و سیره بزرگان دین و علمای اسلام، اصلی ثابت و مسلم است اما در بررسی میزان فعالیت های سیاسی علما باید به این مهم توجه داشت که این موضوع با عوامل مختلفی در ارتباط می باشد. 1. توانایی های اشخاص: «لا یکلف الله نفسا الا وسعها» (بقره، آیه 286). از این رو مشاهده می نماییم که برخی علماء با توجه شناختی که از توانایی ها و استعدادهای خویش داشتند، به همان میزان در مسائل مختلف از جمله موضوعات سیاسی وارد می شده اند. 2. شرایط محیطی و میزان احساس نیاز: بسیاری مواقع علت این که علماء در مسائل اظهار نظر نمی کنند نه به خاطر عدم اهتمام به آن مسأله بلکه به خاطر احساس عدم نیاز به اظهار نظر می باشد خصوصا در شرایطی که فقیهی عادل و جامع الشرایط هدایت و رهبری جامعه اسلامی را به عهده گرفته و رهنمودهای لازم را ارائه می نمایند. بنابراین در چنین شرایطی دیگر ضرورتی برای ورود سایر علماء و اظهار نظر نمی ماند. هر چند مسلما در برخی موضوعات که با سرنوشت جامعه اسلامی در ارتباط است اظهار نظر و مشارکت آنان می تواند پشتوانه عظیمی برای نظام اسلامی محسوب گردد. خلاصه در بررسی چرایی میزان فعالیت سیاسی هر یک از بزرگان خصوصا در زمان کنونی باید به این قبیل مسائل توجه داشت. نه این که عدم مشهود بودن فعالیت های سیاسی آنان را دلیل بر، مطلوب بودن کناره گیری افراد جامعه از فعالیت ها و مشارکت های سیاسی دانست. بلکه هر فرد باید با شناخت وظایف و تکالیف فردی و اجتماعی خویش و نقش و جایگاهی که در جامعه و نظام اسلامی دارد به انجام وظایف خود در عرصه های مختلف سیاسی، اجتماعی و… بپردازد و بهترین الگو هم در چنین شرایطی، اسوه های کامل بشریت؛ یعنی پیامبر اکرم(ص) و ائمه معصومین(ع) و جانشین واقعی آنان یعنی ولی فقیه جامع الشرایط می باشد.
حضرت آیت الله بهجت همیشه نسبت به امور سیاسی جامعه اهتمام ویژه ای داشته اند و بستگی به توان خودو شرایط پیرامون، به انجام وظایف پرداخته اند. در قبل از پیروزی انقلاب اسلامی بعضی از فضلای برجسته حوزه در اثر تشویق و تأکید ایشان به فعالیت های سیاسی و مبارزه با رژیم منحوس پهلوی پرداختند و در طول انقلاب و دفاع مقدس دست مبارکشان نوازشگر همیشگی نیروهای انقلابی و بسیجی بود. حضور مقام معظم رهبری و مسؤولین نظام مقدس جمهوری اسلامی در بیت ایشان و ارتباط مستمر آنان با این فقیه ژرف اندیش تأیید مستحکمی است از خردمندی های سیاسی و ارزش های معنوی آن بزرگوار (برگی از دفتر آفتاب، گذری بر زندگی نامه فقیه عارف آیت الله العظمی بهجت، رضا باقی زاده، ص 73). یکی از شاگردان برجسته ایشان (آیت الله مصباح) می گوید: «… بزرگترین مشوق لااقل خود بنده در پرداختن به مسائل سیاسی و اجتماعی، ایشان [آیت الله بهجت] بود و به صورت های مختلف دوستان و کسانی که در درس شرکت می کردند سفارش می کردند که به اینگونه مسائل اهمیت بدهند و اشاره می کردند اگر کسانی که تقید به مسائل معنوی و علمی دارند به این کارها نپردازند، روزگاری بیاید که جو سیاست و اجتماع به دست نا اهلان بیفتد و جامعه اسلامی را از مسیر خود منحرف کند در عین حال که به ما تأکید می کردند مثلا درس فقه را بنویسید دقت کنید یا توصیه های اخلاقی می کردند. در عین حال، اهتمام داشتند که ما دور از مسائل سیاسی و اجتماعی نباشیم و فعالیت هایی به خصوص در بعد فرهنگی به ما توصیه می کردند که انجام بدهیم و حتی گاهی یک پیغام های خاصی برای حضرت امام در ارتباط با همین مسائل سیاسی می دادند…» (همان، ص 74). بعد از مرجعیت، ایشان بیشتر در مسائل سیاسی وارد می شوند و رهنمود می دهند که پیام های ایشان در ایام انتخابات در تبیین شرایط انتخاب شوندگان (ریاست جمهوری، مجلس خبرگان) و … در این راستا قابل ارزیابی است (همان، ص 75)
دیدگاه ایشان در مورد ولایت فقیه به خوبی گویای نگاه ایشان به سیاست است . ایشان در این باره فرمودند:« در زمان غیبت کبرای حجت حق , نمی توان برای مساله بیش از سه رویکرد فرض کرد زیرا یا باید کتاب خدا و احکام و قوانین دین تعطیل شود و یا باید خود بخود بماند یعنی خودش وسیله ابقای خود باشد و یا نیاز به سرپرست و حاکم و مبین دارد که همان ولی امر و مجتهد جامع الشرایط است .فرض اول عقلا و نقلا باطل است , زیرا دین مبین اسلام , آیین خاتم است و تا ختم نسل بشر باید راهنما و آیین امت باشد . فرض دوم نیز باطل است , زیرا قانون خود به خود اجرا نمی شود و نیاز به شخص و یا اشخاص دارد تا آن را حفظ و به اجرا در آورند .ناچار باید به فرض سوم قائل باشیم و بگوییم ولی امر باید جامعه مسلمین را با همه شئونات و ابعاد آن نگه دارد . از سوی دیگر نیز روشن است که جامعه به تشکیلات فراوان از قبیل ارتش , آموزش و پرورش , دادگستری و… نیاز دارد , لذا باید دست ولی فقیه در همه شئونات مادی و معنوی باز بوده و مبین و شارح و راهنما و حلال مشکلات باشد . در نتیجه ولی فقیه باید تمام شئونات امام معصوم علیه السلام به استثنای امامت و آنچه مخصوص امام معصوم است داشته باشد تا بتواند اسلام را در جامعه پیاده کند و گرنه در صورت عدم وجود تشکیلات و تشریفات حکومتی دشمنان نخواهند گذاشت که حکومت و آیین اسلامی پیاده شود .» ( رضا باقی زاده , برگی از دفتر آفتاب شرح حال شیخ السالکین آیت الله العظمی بهجت ره , قم: میراث ماندگار , 1385, ص 101و102)
مقام معظم رهبری با مرحوم آیت الله بهجت رابطه ای دوستانه و صمیمی داشتند و معظم له مقید به دیدار و ملاقات با آن مرجع فقید بوده اند. از ایشان نقل شده که در باره مقام معظم رهبری فرمودند: من که بهتر از ایشان سراغ ندارم( پایگاه اطلاع رسانی تبیان , 1/5/88, حجت الاسلام صدیقی در مورد حضرت آیت الله بهجت ره) فرزند آیت الله بهجت نیز با اشاره به همزمانی روزهای پایانی عمر پدر بزرگوار خود با سفر رهبر انقلاب به استان کردستان، در بیان حالت روحی ایشان، به حساسیت این مرجع تقلید نسبت به سلامتی رهبری اشاره نموده و گفتند :این موضوع سبب شد تا معظم له برای سلامتی رهبر انقلاب چندین ختم ویژه صلوات و ذکر را گرفتند و مداومت بر این ختم ها که برای سلامتی رهبر انقلاب بوده است تا آخرین ساعات عمر ایشان ادامه داشته است. ( پایگاه اطلاع رسانی رجا نیوز ,24/7/88)