آیت الله طالقانی (ره) با ولایت فقیه مخالف نبودند،بلکه ایشان ولایت فقیه را قبول داشتند که برای آشنایی در ادامه نگاهی گذار به دیدگاه ایشان در مورد ولایت فقیه خواهیم داشت.ایشان بحث خود را در موضوع حکومت از توحید آغاز می‌کند.او به توحید از این حیث بها می‌دهد که دعوت به یگانگی و پرستش خداوند می‌تواند مانع از بروز استبداد در زمین در هر دوره‌ای باشد. به همین‌خاطر ایشان ضمن بحث درباره توحید ذات و توحید عبادت به بحث توحید قیمومیت و نظامات و قوانین می پردازد. آیت‌الله طالقانی در طرح حکومتی خود به اصول اشاره می‌کند و به همین‌خاطر به سراغ بحث توحید می‌روند لذا آیت‌الله طالقانی در مقدمه ای که بر کتاب تنبیه الامه مرحوم نائینی نگاشته است به وضوح آورده است: چنانکه اراده خداوند در سراسر جهان حکومت دارد ، در اختیار و اراده و اجتماع انسانی هم که جزء ناچیزی از جهان است همان باید حاکم باشد و حکومت تنها برای خداوند است ان الحکم الا لله و این اراده برای بشر به صورت قانون و نظامات درآمده و در مرتبه بعد کسانی حاکم به حق و ولی مطلقند که اراده و فکر و قوای درونی آنان یکسره تسلیم این قوانین باشند که پیامبران و امامان هستند و در مرتبه بعد از آن ما شیعیان معتقدیم که کار اجتماع به دست علمای عادل و عدول مؤمنین است که هم عالم به اصول و فروع دینند و هم خود محکوم ملکه عدالتند و اینجا نوبت به انتخاب و تعیین مردم می رسد .(سید محمود طالقانی، مقدمه تنبیه الامه آیت اله نائینی ، سهامی انتشار، ص 14و 15) البته باید توجه داشته باشیم که مرحوم طالقانی هم چون امام خمینی برای مردم جایگاه و نقش تعیین کننده قائل بودند و معتقد بودند سرنوشت مردم باید به دست خود مردم باشد و مردم باید خود بر مقدرات خود حاکم باشند. (شورا و آزادی بحثی در اندیشه سیاسی آیت الله طالقانی , علی شیرخانی , قم, آفتاب سبا ، ص159) ولی این دخالت مردم با حاکمیت دینی و الهی منافاتی ندارد لذا به همین خاطر ایشان می‌گوید که حکومت در دوران غیبت از آن فقیه است و این دیدگاه مرحوم طالقانی بر مبنای فکری ایشان که همان توحید است مبتنی می باشد ایشان معتقد بود توحید تنها یک عقیده قلبی و درونی نیست و هم چنین تنها یک بحث فلسفی و کلامی نیست که چون با دلیل و برهان اثبات شد در گنجینه کتب بایگانی شود، بلکه حقیقتی است که باید در فکر و عمل تحولاتی پدید آرد و جهت سیر زندگی و خط مشی اجتماعی را برگرداند .( سید محمود طالقانی، توحید از نظر اسلام، پیام آزادی، ص29) در عین حال مرحوم طالقانی معتقد است که این مسئله یعنی تصدی گری فقیه در امور حسبیه محدود است. ممکن است این ذهنیت پیش آید که آیت‌الله طالقانی به بسط ید فقیه آنگونه که امام(ره) معتقد است، اعتقادی نداشته است. اتفاقا آیت‌الله طالقانی با تعریفی که از امور حسبیه ارائه می‌دهد این ابهام را برطرف می‌کند. ایشان بر این نظر است که ما شیعیان معتقدیم که مجتهدان جامع‌الشرایط از امام(ع) نیابت دارند، قدر مسلم این نیابت در امور حسبیه است؛ مانند ولایت بر صغار و مجانین و تصرف در اموال بی‌صاحب و اوقاف مجهول‌التولیه و صرف آن در موارد خود و این قبیل. حالا اگر کسی بخواهد به این موارد بسنده کند، این نتیجه را می‌گیرد که تاسیس حکومت جزو شئونات فقیه نیست اما ایشان در ادامه می‌نویسد که چون نظم و حقوق عمومی از اکمل و اوضاع موارد حسبیه است، پس نیابت علما در این موارد مسلم و وجوب اقامه این وظایف حتمی است. این درواقع همان نظریه ولایت فقیه است که آیت‌الله طالقانی به شیوه خود ارائه کرده است.(نقش آیت اله طالقانی در تحولات تاریخ معاصر ایران در گفت و شنودی با دکتر موسی حقانی) در مجموع مرحوم طالقانی با آن اندیشه توحیدی و خلوصی که داشت را نمی توان چه از لحاظ نظری و چه از لحاظ سلوک عملی از رهبر و ولی فقیه زمانش یعنی امام خمینی جدا کرد منتهای مراتب مرحوم طالقانی به جنبه و بعد مردمی بودن انقلاب و نظام اسلامی تاکید بیشتری داشت و دیگر یاران امام به امر مشروعیت بخشی دولت که ناشی از ولایت فقیه بود تاکید داشتند اساساً مرحوم طالقانی بیشتر نگران این بود که انقلاب ما با عدم دخالت و نقش آفرینی مردم مورد تهدید قرار گیرد ولی دیگر یاران امام نگران تکرار و تجربه شکست انقلاب مشروطه در انقلاب اسلامی بودند لذا برای صیانت از انحراف در انقلاب در خصوص ولایت فقیه اصرار و پیگیری بیشتری از خود نشان دادند بنابراین باید گفت در خصوص اعتقاد به اصل وجود ولایت فقیه در میان یاران امام از جمله مرحوم طالقانی تردیدی وجود ندارد . مرحوم طالقانی در جای دیگر تصریح می کند : حکومت به خدا، پیامبر و امامان تعلق دارد. پس از امام ، مجتهد و سپس توده های مسلمان هستند که همگی دارای قدرت اجرای قوانین می باشند(سید محمود طالقانی، حهاد و شهادت، ص 65و 66به نقل از فروغ جهان بخش، اسلام و دموکراسی،گام نو،ص124) این جمله نشان می دهد ایشان ولایت فقیه را از طریق دلیل حسبه برای مجتهد قائل بودند و نهایت سخنی که درباره نظر ایشان شاید بتوان گفت این است که ایشان گرایش به نظریه انتخاب ( نظریه انتخاب نظریه ای است که قائل به مشروعیت ولایت فقیه از طریق انتخاب مردم و یا مجاری انتخاب مثل مجلس خبرگان است) داشته اند در عین حال از تصریح سخنان مرحوم طالقانی تردیدی نمی توان داشت که ایشان قائل به ولایت فقیه بودند و اصل ولایت فقیه را قبول داشتند. (www.andisheqom.com/public/application/index/viewData?c=118&t)