امام جریان لیبرال را یک جریان انحرافی می دانستند ، اما تلاش می کردند تا حد امکان آن را اصلاح نمایند و به خط اصیل انقلاب باز گردانند . امام در وقایعی که منجر به اعلام ارتداد جبهه‌ ملی شد، نهضت آزادی را هم نصیحت کرده ، فرمودند: «آیا « نهضت آزادی » هم قبول دارد آن حرفی را که «جبهه ملی» می‌گوید؟ آن‌ها هم قبول دارند که این حکم- حکم قصاص- که در قرآن کریم و ضروری بین همه مسلمین است، «غیر انسانی» است؟ آیا این نماز شب خوان‌ها این را قبول دارند یا نه؟ شک ندارم که قبول ندارند. خوب، اعلام کنید. چرا ساکت نشسته‌اید. مگر نهی از منکر فقط باید من را نهی کنید؟… الآن هم من نصیحت می‌کنم، این «جمعیت متدین نهضت آزادی» را، و آقای رئیس جمهور را، الآن هم من نصیحت می‌کنم که آقا شماها دست بردارید از این سنگ اندازی جلوی چرخ اسلام، دست بردارید از این تضعیف مجلس و تضعیف روحانیت و تضعیف ملت و تضعیف روحیه ملت و تضعیف روحیه ارتش.» ) صحیفه امام، ج 14، ص 463( اما متأسفانه نهضت آزادی به عنوان نماد جریان لیبرالیسم در ایران با خط امام و انقلاب اسلامی مخالفت نمودند نخستین فعالیت برجسته و قابل اعتنای نهضت آزادی و جریان لیبرال در دوره بعد از انقلاب را می‌توان حکم امام به مهندس بازرگان برای تصدی پست نخست وزیری دولت موقت دانست.هر چند امام بازرگان را بدون در نظر گرفتن وابستگی‌های حزبی‌اش به این سمت گمارد، اما آنچه که در عمل دیده شد، کاملاً مغایر با خواست و نظر امام بود وبازرگان تمامی پست‌های کلیدی را به هم مسلکان و همفکران خویش واگذار نمود به طور کلی می‌توان گفت دولت موقت اصولاً دارای سرشت انقلابی نبود و به جایگزینی روش‌ها و راهکارهای انقلابی برای اداره کشور به جای روش‌های منسوخ و کهنه گذشته باور نداشت از این رو در نخستین ماه‌های روی کار آمدن بازرگان، اولین تنش میان دولت موقت و نهادهای انقلابی مانند کمیته‌های انقلاب بروز یافت که مهندس بازرگان آن‌ها را دولتی در داخل دولت توصیف کرده بود. دولت موقت حتی نسبت به عملکرد شورای انقلاب هم معترض بود از این رو بازرگان و یارانش در این مقطع به کناره گیری روحانیت از امور کشور معتقد بودند. اعلام نظر دولت موقت درباره برخی از مسائل کلیدی مانند محاکمه سران رژیم ستمشاهی و مصادره اموال و املاک آنان و همچنین رابطه با آمریکا به عنوان حامی و متحد اصلی رژیم شاه شکی در یاران امام باقی نگذاشت که به این گروه نباید اجازه حضور در عرصه انقلاب داده می‌شد. در این میان اقدام دانشجویان مسلمان پیرو خط امام در تسخیر سفارت آمریکا در تهران با اعتراض دولت موقت روبه رو شد که به همین دلیل و همچنین به علت انباشته شدن اختلاف‌ها و سوء تفاهم‌ها و همچنین علنی شدن مواضع نهضت آزادی و نگاه لیبرالیستی آن درقبال پدیده انقلاب اسلامی، از کار کناره گیری کرد. اوج تهاجم این گروه به نظام را باید در جزوه‌ای با عنوان «تفصیل تحلیل ولایت مطلقه فقیه» که توسط آنان منتشر شده بود، دید. نویسنده این جزوه، ولایت مطلقه فقیه را «از دید قرآن بی اساس و در حکم شرک» معرفی کرده بود. نهضت آزادی همچنین در این جزوه اصولاً ولایت الهی به مفهوم حکومت پیامبر و معصوم را به کلی انکار کرده و حکومت مورد نظر قرآن را صرفاً از طریق شورا دانسته بود. گویا این گروه فراموش کرده بود که به هنگام نصب بازرگان به عنوان نخست وزیر دولت موقت از سوی حضرت امام، اطاعت از حکم امام را وظیفه شرعی و عقیدتی خود به شمار آورده بود. با این همه مدارای نظام با این گروهک باز راه به جایی نبرد تا آنکه امام در نهایت در پاسخ نامه سید علی اکبر محتشمی پور که آن زمان وزارت کشور را عهده دار بود رسماً عدم رسمیت نهضت آزادی را برای همیشه اعلام کردند. در نامه محتشمی پور آمده بود: «نهضت آزادی پس از استعفا و برکناری دولت موقت پیوسته در جهت اعلام مخالفت با دولت جمهوری اسلامی، مجلس شورای اسلامی، و حتی قوه قضاییه و مغشوش کردن اذهان بوده است. مسئولین نهضت با سم‌پاشی‌های خود نسبت به سیاست‌های دولت، دفاع مقدس و جنگ، مسئله برائت از مشرکین و فاجعه خونین مکه مکرمه، جهاد مالی و تصمیمات شورای‌عالی پشتیبانی جنگ و بالاخره فرمایشات اخیر حضرت امام- روحی‌فداه- راجع به حکومت و ولایت مطلقه، در جهت مبارزه و تضعیف نظام جمهوری اسلامی گام برداشته‌اند.» در این نامه با اشاره به نزدیکی ایام انتخابات مجلس به سخنانی از دکتر یزدی اشاره شده بود که در آن ابراهیم یزدی به صراحت از عزم نهضت آزادی برای مقابله با آنچه تحمیل فتوا بر مردم می‌خواند سخن به میان آورده بود. یزدی گفته بود: «… برگزاری انتخابات مستلزم وجود جامعه باز است، اگر رفتیم واقعاً مفید خواهیم بود و نخواهیم گذاشت این فتاوی را به زور بر مردم تحمیل کنند، شخصی که از طرف نهضت به مجلس برود مسلماً از این توپ و تشرها جا نخواهد زد، اگر قرار باشد مملکت را با فتوا اداره کنند، بنده پیشنهاد می‌کنم که، مجلس را ببندند و خوابگاه دانشجویان کنند» جنگ و دفاع مقدس و نیز حکومت و ولایت مطلقه از دیگر موضوعاتی بود که نقل قول‌هایی از نهضت آزادی ها راجع به آن‌ها در نامه محتشمی پور درج شده بود. محتشمی پور آورده بود: «نهضت آزادی راجع به حکومت و ولایت مطلقه اطلاعیه‌ای منتشر کرده که در آن آمده است: این چه فرمانی است و چه انقلابی در ایران و اسلام، که حکومت را در موضع بالاتر از فرستاده خدا قرار داده به او اختیار می‌دهد بر خلاف نصّ صریح و شاورهم فی الامر و بدون مشورت با امت تصمیم گیری در مصالح دولت و امور ملت نماید …») صحیفه امام ، ج 20، ص 479-480( امام در پاسخ به نامه آقای محتشمی پور چنین مرقوم فرمودند:«… پرونده این نهضت و همین طور عملکرد آن در دولتِ موقتِ شهادت می‌دهد که نهضت به اصطلاح آزادی طرفدار جدی وابستگی کشور ایران به آمریکا است، و در این باره از هیچ کوششی فروگذار نکرده است…به حسب این پرونده‌های قطور و نیز ملاقات‌های مکرر اعضای نهضت، چه در منازل خودشان و چه در سفارت امریکا و به حسب آنچه من مشاهده کردم از انحرافات آن‌ها…و به حسب امور بسیار دیگر، نهضت به اصطلاح آزادی صلاحیت برای هیچ امری از امور دولتی یا قانونگذاری یا قضایی را ندارند؛ و ضرر آن‌ها، به اعتبار آنکه متظاهر به اسلام هستند و با این حربه جوانان عزیز ما را منحرف خواهند کرد و نیز با دخالت بیمورد در تفسیر قرآن کریم و احادیث شریفه و تأویل‌های جاهلانه موجب فساد عظیم ممکن است بشوند، از ضرر گروهک‌های دیگر، حتی منافقین این فرزندان عزیز مهندس بازرگان، بیشتر و بالاتر است…نهضت به اصطلاح آزادی و افراد آن چون موجب گمراهی بسیاری از کسانی که بی‌اطلاع از مقاصد شوم آنان هستند می‌گردند، باید با آن‌ها برخورد قاطعانه شود، و نباید رسمیت داشته باشند. (صحیفه امام، ج20، ص 481-482) امام بعدها نیز از میدان دادن به بازرگان و لیبرال ها ابراز پشیمانی کردند و فرمودند: «من امروز بعد از ده سال از پیروزی انقلاب اسلامی همچون گذشته اعتراف می‌کنم که بعض تصمیمات اول انقلاب در سپردن پست‌ها و امور مهمه کشور به گروهی که عقیده خالص و واقعی به اسلام ناب محمدی نداشته‌اند، اشتباهی بوده است که تلخی آثار آن به راحتی از میان نمی‌رود، گر چه در آن موقع هم من شخصاً مایل به روی کار آمدن آنان نبودم ولی با صلاحدید و تأیید دوستان قبول نمودم و الآن هم سخت معتقدم که آنان به چیزی کمتر از انحراف انقلاب از تمامی اصولش و هر حرکت به سوی امریکای جهان‌خوار قناعت نمی‌کنند، در حالی که در کارهای دیگر نیز جز حرف و ادعا هنری ندارند. امروز هیچ تأسفی نمی‌خوریم که آنان در کنار ما نیستند چرا که از اول هم نبوده‌اند. انقلاب به هیچ گروهی بدهکاری ندارد و ما هنوز هم چوب اعتمادهای فراوان خود را به گروه‌ها و لیبرال‌ها می‌خوریم، آغوش کشور و انقلاب همیشه برای پذیرفتن همه کسانی که قصد خدمت و آهنگ مراجعت داشته و دارند گشوده است ولی نه به قیمت طلبکاری آنان از همه اصول، که چرا مرگ بر امریکا گفتید! چرا جنگ کردید! چرا نسبت به منافقین و ضدانقلابیون حکم خدا را جاری می‌کنید؟ چرا شعار نه شرقی و نه غربی داده‌اید؟ چرا لانه جاسوسی را اشغال کرده‌ایم و صدها چرای دیگر. و نکته مهم در این رابطه اینکه نباید تحت تأثیر ترحمهاى بیجا و بیمورد نسبت به دشمنان خدا و مخالفین و متخلفین نظام، به گونه اى تبلیغ کنیم که احکام خدا و حدود الهى زیر سئوال بروند. من بعض از این موارد را نه تنها به سود کشور نمى دانم که معتقدم دشمنان از آن بهره مى برند، من به آنهایى که دستشان به رادیو- تلویزیون و مطبوعات مى رسد و چه بسا حرف هاى دیگران را مى زنند صریحاً اعلام مى کنم: تا من هستم نخواهم گذاشت حکومت به دست لیبرالها بیفتد، تا من هستم نخواهم گذاشت منافقین اسلام این مردم بى پناه را از بین ببرند، تا من هستم از اصول نه شرقى و نه غربى عدول نخواهم کرد، تا من هستم دست ایادى امریکا و شوروى را در تمام زمینه ها کوتاه مى کنم و اطمینان کامل دارم که تمامى مردم در اصول همچون گذشته پشتیبان نظام و انقلاب اسلامى خود هستند» (صحیفه امام، ج 21، ص 285-286)