نقل شده مختار نامه ای به امام علی بن الحسین (ع) السجاد نوشت. در آن نامه او را امام دانست و خواست تا با حضرت بیعت کند و از او رخصت خواست تا دعوت خویش را آشکار سازد. پول فراوانی هم با نامه فرستاد. امام علی بن الحسین (ع) پول را نپذیرفت.( مروج الذهب و معادن الجوهر، ج 2، ص 28 ) و آنچه مسلّم است. امام در مورد دعوت برای رهبری شیعیان، روی خوش به مختار نشان نداد.( تاریخ تحلیلی اسلام، ص 173 به بعد. ،دکتر سید جعفر شهیدی)دلیلش این بیان شده که در آن دوره و قضایائی که اتفاق افتاد امام سجاد علیه السلام شرایط را برای به دست گرفتن خلافت آماده نمی دیدند و با سلاح دعا توانستند اهداف بلند خود و معارف اهل بیت را به گوش همه برسانند و برای همین هم هر پیشنهادی را رد کردند.امام علی بن الحسین (ع) که بی وفائی عراقیان و رنگ پذیری آنان را دیده بود و می دانست به گفته پدر بزرگوارش این مردم «دین را تا آن جا می خواهند که زندگانی خود را بدان سرو سامان دهند و هنگام آزمایش پای پس می نهند» به مختار پاسخ مساعد نداد . تنها تا آن جا که کار او با کیفر قاتلان پدرش مربوط می شد ، کردار او را تصویب نمود؛ چون مختار سر عبید الله بن زیاد و عمر بن سعد را نزد او فرستاد، امام به سجده رفت و گفت: «الحمد لله الذی ادرک لی ثاری من أعدائی و جزی الله المختار خیراً».( اختیار معرفة الرجال – شیخ طوسی ، ج 1 ، ص 341 السلام لإحیاء التراث ؛ المختار الثقفی، ص 124 .)