علت دفن شبانه امیرالمومنین علی علیه السلام اولا وصیت آن حضرت بود و ثانیا به علت اینکه آن حضرت دشمنان خبیث بسیاری همچون بنی امیه داشت برای دوری از جسارت به قبر آن حضرت ایشان را شبانه و مخفیانه دفن کردند. چنانچه نقل شده پس از شهادت حضرت علی ـ علیه السلام ـ بر اساس وصیتش،   فرزندان ارجمندش به پا خاستند تا شبانه آن نازنین بدن را غسل دهند و کفن کنند و به خاک سپارند. پس از انجام غسل و کفن به دستور امام حسن ـ علیه السلام ـ جز فرزندان امیرالمؤمنین و شماری از یاران خاص آن حضرت، همه برگشتند و آن تابوت بر دوش جبرئیل و میکائیل و حسن و حسین ـ علیهما السلام ـ از کوفه دور شد و بر سوی نجف (منطقه غری) رهسپار گردید.در نقطه ای از آن سرزمین، جلو تابوت به زمین آمد و فرزندان آن حضرت نیز عقب آن را بر زمین نهادند و امام حسن(ع) همان گونه که پدر سفارش فرموده بود، بر آن پیکر پاک نماز خواند پس از نماز، تابوت را کنار زدند و با جا به جا کردن خاک، آرامگاهی ساخته و پرداخته یافتند، که سنگ نوشته ای نشان می داد که آن قبر را حضرت نوح ـ علیه السلام ـ برای بنده برگزیده و شایسته خدا، علی ـ علیه السلام ـ آماده ساخته است.
هنگامی که بر آن شدند تا آن پیکر مقدس را به درون قبر برند ندای منادی را از آسمان شنیدند که می گفت: آن بدن پاک را بر زمین پاک نهید، که دوست، مشتاق دیدار دوست است.( قزوینی، سید کاظم، امام علی ـ علیه السلام ـ از ولادت تا شهادت، مترجم علی کرمی، انتشارات دلیل ما، چاپ اول، تابستان 1380، ص663 و 664.)
شیخ مفید در کتاب «الارشاد» درباره مخفی و شبانه دفن شدن آن حضرت آورده است که: قبر آنحضرت بنابه وصیّتی که نموده بود، مخفی ماند تا سقوط دولت بنی امیّه که دشمنی و کینه ورزی شدیدی نسبت به آنحضرت داشتند و چون قدرت به دست بنی عباس افتاد، در زمان امامت امام صادق ـ علیه السلام ـ توسط آن حضرت قبر مطهر جد بزرگوارش آشکار شد.( مفید، الارشاد فی معرفه حجج الله علی العباد، قم، موسسه آل البیت ـ علیه السلام ـ لاحیاء التراث، چاپ اول،‌ رجب 1413ه‍ ق، ج اول، ص10)
و به این جریان شیخ ابو علی طبرسی در کتاب «اعلام الوری بأعلام الهدی» اشاره کرده است.( طبرسی، اعلام الوری باعلام الهدی، قم، مؤسسه آل البیت ـ علیه السلام ـ لاحیاء التراث. چاپ اول، ربیع الاولی 1417 ه‍ ق، ج اول ص312)
به هر حال برای اینکه علت این امر روشن شود لازم است به نمونه هایی از خباثت و پلیدی بنی امیه با خاندان رسول خدا اشاره کنیم تا به علت این سفارش امیرالمومنین بهتر پی ببریم:
علامه مقریزی ابوالعباس احمد بن علی شافعی در کتاب خود (النزاع و التخاصم فی ما بین بنی هاشم و بنی امیه) شرح فجایع اعمال بنی امیه را به تفصیل شرح داده است. در اینجا به دو واقعه مهم آن اشاره می کنیم .
در سال 105 هجری قمری، هشام بن عبد الملک بن مروان به خلافت رسید. این حاکم قسی القلب، ظلم و ستم نسبت به بنی هاشم را به حد اعلای خود رساند. هنگامی که زید بن علی (پسر امام سجاد(علیه السلام)) از مدینه به شام جهت تظلم خواهی از حاکمان بنی امیّه نزد خلیفه رفت و بالاخره توانست با هشام ملاقات نماید. در این ملاقات، قبل از این که زید سخنی بر زبان آورد، هشام به جای خوش آمد گویی و پذیرایی، اهانت ها و دشنام های زشتی به آن بزرگوار داد و او را از دربار خلافت خویش بیرون راند. حتی ابن ابی الحدید می نویسد: بعد از فحاشی ضربات شدیدی بر او وارد کرد. ایشان به ناچار از شام به کوفه رفت و برای مبارزه با ظلم به تشکیل نهضتی علیه امویان پرداخت .
یوسف بن عمر ثقفی ـ حاکم کوفه ـ با لشکر بسیاری به مبارزه با آن حضرت برخاست. با توطئه وی، ناگهان تیری از سمت دشمن به پیشانی زید اصابت نمود و شربت شهادت نوشید. یحیی پسر زید به اتفاق جمعی دیگر از شیعیان، بدن زید را محرمانه به بیرون شهر برده، در وسط نهر قبری کندند و جسد زید را دفن نمودند. پس از گذاردن سنگ قبر، آب را در آن نهر جاری کردند تا
دشمنانش محل قبر زید را نیابند .
جاسوسان حکومتی محل قبر را شناسایی و به یوسف بن عمر ثقفی گزارش دادند. او دستور داد که نبش قبر نمایند، جسد زید را بیرون آورده و سرش را از تن جدا نموده آن را برای هشام به شام فرستاد. هشام نیز به یوسف بن عمر ثقفی دستور داد که بدن جناب زید بن علی را، لخت و عریان به دار آویزند. آن ملعون نیز این دستور را عیناً اجرا نمود. یعنی در سال 121 هجری قمری بدن فرزند پیامبر خدا به دار آویخته شد، و تا سال 126 هجری قمری که ولید بن یزید بن عبد الملک بن مروان به خلافت رسید، همچنان بالای دار بود. سپس ولید دستور داد استخوان های زید را از دار پایین آورده، آتش زدند و خاکسترش را نیز بر باد دادند .
همین عمل را با بدن یحیی پسر زید در جرجان (گرگان امروزی) انجام دادند. یحیی نیز در میدان رزم به شهادت رسید و سرش را بریده به شام فرستادند. بدنش نیز مدت شش سال بالای دار ماند و دوست و دشمن به حال آن بزرگوار می گریستند. پس از قیام ابو مسلم خراسانی، بدن وی را از بالای دار پایین آورده و در گرگان به خاک سپردند .
از آنجایی که امیرالمؤمنین(علیه السلام) از عداوت این خاندان خبیث نسبت به بنی هاشم و همچنین عداوت خوارج نهروان آگاهی داشت، برای پیشگیری از چنین فجایعی وصیت و اصرار بر پنهان داشتن محل دفن خود و شبانه دفن شدنش داشت. لذا قبر ایشان تا زمان خلافت هارون الرشید ـ خلیفه عباسی ـ مخفی بود.
البته ممکن است مصالح دیگری نیز در نظر آن بزرگوار بوده که در نظر ما پنهان باشد. از آنجمله به دلیل ارادت شدید دوستان و شیعیان آن حضرت با آشکار بودن مرقد مبارک، شیعیان برای زیارت به بارگاه ملکوتی حضرت مشرّف می شدند و باعث شناسایی ارادتمندان حضرت می شد و واقعه شهادت حجر بن عدی و میثم تمّار برای دیگران تکرار می شد و لذا مخفی بودن مرقد مبارک ایشان در دوران بنی امیّه و اوائل دوران بنی عباس ممکن است باعث حفظ جان بسیاری از شیعیان شده باشد.