گرچه میان سپاه پاسداران و ارتش از نظر دیدگاهها ، اولویت ها و تاکتیک ها اختلاف نظرهایی در دوران دفاع مقدس وجود داشت ، اما این اختلاف نظرها راهبری و سیاسی نبود و همانگونه که اقای محسن رضایی اظهار داشتند: « اختلافات در جنگ دو نوع اختلاف بود اختلافات سیاسی و تخصصی. آن چیزی که بین سپاه و ارتش بود عمدتا اختلافات فنی، تخصصی و کارشناسی بود. مثلا درعملیات بیت المقدس من و برادر صیاد در مرحله سوم یک نظر داشتیم ستاد ایشان (صیاد شیرازی) و بعضی از فرمانده لشکر های سپاه نظر دیگری داشتند حتی بحث های تندی بین ما با فرماندهان و عناصر ستادی منجر شد. ما دو نفر یک نظر داشتیم آنها نظر دیگری داشتند، یکی دو نفر قهر کردند و از جلسه ما رفتند بیرون اما این اختلافات سیاسی نبود.
بنابراین این اختلافات بین ارتش و سپاه ازجنس تخصصی، فنی و کارشناسی بود. ولی اختلافات دیگری بود که معمولا جنبه های سیاسی به خود می گرفت که بین ما و ارتش نبود.»
(گفتگو با محسن رضایی ، پاسخ به بیست سؤال از ناگفته های دفاع مقدس ؛ serajnet.org/userfiles/defaaa/shobheh/new_page_3.htm)
گرچه ناهماهنگی ها میان این دو نیرو ، موجب بروز مشکلاتی در روند برخی عملیات ها می شد ، اما به میزانی نبود که موجب تلفات سنگین نیروهای رزمنده شود .
به طور کلی تا پیش از برکناری بنی صدر از ریاست جمهوری به دلیل شیوه مدیریت جنگ توسط وی ، شاهد عدم توسعه توان نظامی کشور و بروز برخی ناهماهنگی ها میان سپاه و ارتش بودیم . بنی صدر به توان سپاه و نیروهای داوطلب مردمی زیاد اعتقادی نداشت و آنان را فاقد تخصص و تجربه می‌دانست و تصور می‌کرد که قدرت ارتش ایران برای جنگیدن با نیروهای دشمن کافی است.بر همین اساس اهمیت زیادی به تجهیز و توسعه قدرت نیروهای مردمی و بسیجیان داوطلب نمی‌داد. او به حضور جدی سپاه در جنگ نیز خوشبین نبود و از قدرت گرفتن سپاه در جنگ، راضی به نظر نمی‌رسید. او سپاه را نیروی جوانی می‌دانست که فرصت زیادی لازم است تا به یک نیروی رزمی با قابلیت جنگی، تبدیل شود. این نوع تفکر باعث شد تا وی نتواند ظرفیت‌های سپاه، ارتش و نیروهای مردمی را به صورت مشترک جهت انجام عملیات علیه ارتش عراق بکارگیرد.
با کنار گذاشته شدن بنی صدر از فرماندهی کل قوا از سوی امام خمینی(ره) و نیز رأی به عدم کفایت سیاسی وی از سوی مجلس شورای اسلامی، از اوایل تابستان سال 1360، انسجام بیشتری در جبهه‌های جنگ ایران به وجود آمد و زمینه برای طرح ریزی‌های عملیات‌های بزرگ، جهت بیرون راندن ارتش متجاوز بعثی از خاک ایران فراهم شد. از این پس یک دست شدن جریان سیاسی حاکم بر کشور، موجب کاهش تنش‌ها و افزایش انسجام در مدیریت سیاسی کشور نیز شد. با کنار گذاشته شدن بنی‌صدر و تعیین فرماندهان جدید برای نیروی زمینی ارتش و فرماندهی کل سپاه، فضا برای همکاری و هماهنگی ارتش و سپاه بیشتر شد و قبل از انجام عملیات طریق القدس قرارگاه مشترک ارتش و سپاه به اسم کربلا راه اندازی شد. این قرارگاه برای بیرون راندن ارتش متجاوز 12 طرح با نام کربلا تهیه کرد که به ترتیب به مورد اجرا گذاشته شد.
با عبور قوای ایران از مرز و پس از عملیات رمضان، اختلاف نظر بین سپاه و ارتش به وجود آمد. این اختلافات با ناکامی در عملیات‌های والفجر مقدماتی و والفجر 1 افزایش یافت. عمده این اختلاف به نوع تفکر و نیز در نحوة اداره و فرماندهی یگان‌ها در عملیات، باز می‌گشت. ارتش و سپاه رویه‌های متفاوتی در شیوه جنگیدن، داشتند و به سادگی با هم هماهنگ نمی‌شدند. طبیعت و ماهیت و تاکتیک‌های جنگی این دو سازمان با هم متفاوت بود. از آنجا که رئیس‌جمهور امکان حضور فعال درصحنه را نداشت، این امر موجب شد تا امام خمینی(ره) قبل از آغاز عملیات خیبر، طی حکمی در 30 بهمن 1362 حجت الاسلام آقای‌هاشمی رفسنجانی را به سمت فرماندهی دنباله عملیات والفجر نصب کردند . مدتی قبل از آن در سال 1362 قرارگاه خاتم الانبیاء به منظور هماهنگی بین ارتش و سپاه تشکیل شده بود.
نتایج دو عملیات خیبر و بدر نشان داد که یکی از مشکلات اساسی در جبهه‌های جنگ، چگونگی فرماندهی و ادارة یک عملیات است. گرچه امکانات ارتش و سپاه در دو عملیات مذکور، پای کار آمد ولی نحوة سازماندهی و شیوة عملیات و تفاوت دیدگاه‌های ارتش و سپاه، اجازه تشکیل یک قدرت متمرکز برای وارد کردن ضربه اساسی به دشمن را نداد. از سوی دیگر پس از روشن شدن ناکامی قرارگاه کمیل در انجام عملیات، نیاز به شیوة جدیدی برای تغییر شرایط، به منظور تحول در روند جنگ، بیشتر آشکار شد. گرچه در آن زمان « فرماندهی جنگ» تشکیل شده بود و این فرماندهی نقش مهمی در به کارگیری توان سپاه و ارتش به صورت جداگانه علیه دشمن ایفا می‌نمود و برای کاهش اختلاف نظرها تلاش می‌کرد ولی ستادی توانا، دانا و آشنا به مقدورات و توانائی‌های طرفین که بتواند این دو سازمان را هماهنگ کرده و در صحنة عملیات آنها را با هم و در کنار یکدیگر و با طرح عملیاتی مشترک و مورد توافق طرفین به کار گیرد و یا عملیات بزرگی را طراحی نماید وجود نداشت.
به هر حال پس از پایان عملیات بدر در اواخر اسفند ماه سال 1363، به دلیل اختلاف نظر عملیاتی و تاکتیکی سپاه و ارتش با یکدیگر، قرار بر این شد که سپاه و ارتش، هرکدام جدای از یکدیگر عملیات‌های مستقلی را طرح‌ریزی و انجام دهند. به این صورت عملاً ارتباط سپاه و ارتش که تا قبل از سال 1363 به صورت ساختاری در قرارگاه‌های مشترک برقرار بود و در کنار یکدیگر عمل می‌کردند به دلیل اختلاف دیدگاه آنان از نظر تعیین راهبرد نظامی و نیز مناطق مناسب برای انجام عملیات و همچنین تاکتیک‌های متفاوت طرفین، قطع گردید. اختلاف نظر تاکتیکی بین ارتش و سپاه و تفاوت دیدگاه آنان در مورد چگونگی تدوین استراتژی عملیاتی و شیوه نبرد با دشمن، نیاز به واگذاری مناطق جداگانه به ارتش و سپاه را برای طرح‌ریزی عملیات، آشکار کرده بود.
می‌توان گفت در چنین شرایطی عملاً توان سپاه و ارتش در تضایف با یکدیگر قرار نداشت. از سوی دیگر وجود دو وزارت خانه پشتیبانی از جنگ با نام‌های دفاع و سپاه، تعارضاتی را در هماهنگی تدارک رزمندگان، پیش آورده بود. بنابراین در اوایل سال 1364 سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، طرح جدیدی را برای خروج از وضعیت حاکم بر جبهه‌ها پیشنهاد نمود. بر اساس این طرح، سپاه خواستار استقلال عمل و امکان طرح‌ریزی عملیات جداگانه در منطقة مورد نظر و نیز اتخاذ تصمیم در صحنة جنگ و فرماندهی مستقل صحنة عملیات شد.
بنابراین قرار شد تا سپاه و ارتش هر کدام به صورت جداگانه و با یگان‌های خویش و با فرماندهی واحد خود، منطقه مورد نظر برای عملیات بزرگ بعدی را مورد مطالعه قرار داده و طرح خود را ارائه دهد(سخنان سردار محسن رضایی در پژوهشگاه دفاع مقدس)
با موافقت فرماندهی جنگ، قرار شد سپاه و ارتش هر کدام به طور جداگانه، منطقه و طرح عملیاتی خود را بر اساس روش و منطق خود پیشنهاد نمایند. به منظور اجرای این تدبیر، سپاه پاسداران انقلاب اسلامی منطقه فاو را به عنوان منطقة فدک مورد مطالعه قرار داد. آنگاه منطقه فدک را با نام عملیات والفجر 8 به طور مشروح برنامه‌ریزی و به صورت جداگانه از ارتش طرح‌ریزی و به فرماندهی جنگ جهت اجرا پیشنهاد نمود. با تصویب این عملیات که اجرای آن پس از یک دوره عدم موفقیت، می‌توانست تحول مهمی را در جبهه‌های جنگ رقم بزند، می‌بایستی قدرت رزمی بیشتری را پای کار آورد. ارتش هم در منطقة شلمچه طرح خود را آماده کرد. در سال پنجم جنگ حملات عراق به جزیره خارک و حمله به تأسیسات نفتی ایران ادامه یافت و از این ناحیه فشارهای زیادی به ایران وارد شد. ایران به منظور افزایش توان رزمی خود در جبهه‌های جنگ، دست به تشکیل سه نیروی زمینی، دریایی و هوایی در سپاه پاسداران زد و عزم خویش را برای مقابله جدی‌تر با ارتش عراق نشان داد.
با این اقدام ساختار سپاه، شکل نظامی تری به خود گرفت و ایران عملاً دارای دو سازمان نظامی رسمی با نام‌های ارتش و سپاه گردید. از این سال به بعد هر یک از این دو سازمان با فرماندهی مستقل، عملیات مجزایی را طرح‌ریزی و به مرحله اجرا در آوردند و به یکدیگر کمک نیز می‌کردند. ولی هیچگاه تمام توان و ظرفیت‌های دو سازمان در کنار هم برای انجام اقدام مشترکی به کار نمی‌رفت.گرچه در این سال برتری در جبهه‌های جنگ با ایران بود ولی استعداد وظرفیت جنگی عراق نسبت به ایران بطور فاحشی بیشتر بود. ایران تنها با ابتکار عمل و از طریق غافلگیری توانست برتری رزمی موضعی خود نسبت به ارتش عراق را حفظ نماید.
از اواخر فروردین ماه سال 1367 وضعیت در جبهه‌های جنگ تغییر یافت و بار دیگر حملات نظامی عراق به مواضع نیروهای ایرانی آغاز شد. عراق در 29/1/1367 توانست فاو را پس بگیرد و ابتکار عمل در جبهه‌ها را به دست آورد. از این زمان عراق در دور تک قرار گرفت و به مدت سه ماه بی‌وقفه به مواضع ارتش و سپاه حمله کرد. در چنین وضعیتی و «با توجه به درگیری رویاروی آمریکای جهانخوار علیه اسلام و ایران و هماهنگی غرب و شرق و ارتجاع منطقه در مبارزه با انقلاب اسلامی و جلوگیری از پیروزی اسلام، بنابر پیشنهاد رئیس‌جمهور»، امام خمینی(ره) در تاریخ 12/3/1367 طی حکمی به آقای‌هاشمی رفسنجانی، ایشان را به سمت جانشین فرمانده کل قوا با تمام اختیارات منصوب کردند تا بتوانند تمامی امکانات دولت و نیروهای مسلح را در مقابله با ارتش بعثی عراق بکار بگیرند.بنابراین به منظور هماهنگی بیشتر بین ارتش و سپاه و استفاده از قدرت دولت و مجلس برای اداره جنگ، ستاد کل فرماندهی کل قوا، تشکیل شد.با تشکیل ستاد فرماندهی کل قوا که به صورت دیر هنگام انجام شد، ایران عملاً به سوی پایان دادن به جنگ سوق یافت.(حسین علایی، روزنامه اطلاعات، مهر 1390)