در مورد وضعیت حضرت فاطمه معصومه( سلام الله علیها) در ساوه نقل شده به همراه تنی چند از برادران خود و با همراهی گروهی از علویان به سوی خراسان رهسپار شدند و چون به ساوه رسیدند ساوه ای ها که شافعی مسلک بوده و با شیعیان و اهل بیت دشمنی می ورزیدند به آنان حمله ور گشته و مردان آنان را به شهادت رساندند و حضرت معصومه (علیهاالسلام) که شاهد درگیری و شهادت مظلومانه برادران غیرتمند خود بود، چون دید آنان در خاک و خون غلطیده اند و مظلومانه و در غربت جنازه های خون آلود آنان را تماشا کرد، امواج حزن و اندوه جانش را فرا گرفت و روح لطیفش بسی آزرده خاطر گشت و این شدت غم و ناراحتی او را بیمار ساخت (زندگی حضرت معصومه, نوشته آقای منصوری, ص 14، به نقل از ریاض الانساب, تالیف ملک الکتاب شیرازی)، از این رو پرسید تا قم چند فرسخ است و از همراهانش خواست او را به قم ببرند. (دریای سخن, تالیف سقازاده تبریزی به نقل از ودیعه آل محمد, نوشته آقای انصاری ص12 )، بزرگان قم وقتی از این خبر مسرت بخش مطلع شدند به استقبال آن حضرت شتافتند و در حالی که (موسی بن الخزرج) بزرگ خاندان (اشعری) زمام شتر آن مکرمه را به دوش می کشید; ایشان در میان شور و احساسات مردم قم وارد آن شهر مقدس شد و در منزل شخصی (موسی بن الخزرج) اجلال نزول فرمود.(تاریخ قدیم قم, ص 213) آن بزرگوار هفده روز در شهر ولایت و امامت به سر برد و در این مدت مشغول عبادت و راز و نیاز با پروردگار متعال بود و واپسین روزهای عمر پربرکت خویش را با خضوع و خشوع در برابر ذات پاک الهی به پایان رساند.با این حال باید توجه داشت این خبر با گروهی از شواهد و قرائن نمی سازد زیرا بر پایه این گزارش ساوه ای ها شافعی مذهب بودند؛ امام شافعی (م 205 ه .ق.) گرچه در زمره امامان فقهی اهل سنت قرار دارد، لیکن به اهل بیت عصمت (علیهم السلام) ارادت داشته است و این محبت را علناً در اشعارش آورده است؛ شافعی از کوفه به یمن رفت و در آن به جمع شیعیان مبارزی پیوست که برای سرنگونی خلافت هارون، خلیفه مقتدر و ستمگر عباسی مبارزه می کردند و در این راه تا مرز از دست دادن جان خود نیز پیش رفت؛ وی در یکی از اشعارش چنین می گوید: «اگر قلب مرا بشکافند خواهند دید که بر دیوار آن … محبت اهل بیت علیهم السلام نوشته شده است.»( دیوان شافعی، ص 101 به نقل از المذهب الشافعی، وهبه ذحیلی، ص 554، چاپ شده در المذاهب الاسلامیّة الخمسة)
به عبارت دیگر شافعی در کوفه نتوانست برای خود جایی باز کند و از آن جا به مصر رفت و روش فقهی او بعدها طرفداران بیشتری یافت و تا حدودی شایع شد.( ر. ک: المذهب الشافعی، ص 494) با این حال قراین و شواهد و اوضاع و احوال سیاسی بررسی منویات مأمون خلیفه عباسی نشان گر درستی این خبر(شهادت اطرافیان حضرت)، است اما این شافعیان نبودند که به کاروان اهل بیت در ساوه حمله کردند بلکه نیروها و دست نشاندگان مأمون بودند که به کاروان اهل بیت (علیهم السلام) حمله ور شدند و آن را به نام شافعی ها تمام کردند تا احتمالاً بیشتر از گذشته آنان را در مقابل قمی ها قرار دهند.
همچنین بر پایه روایتی دیگر در ساوه زنی آن حضرت را مسموم ساخت (وسیله المعصومیه, نوشته میرزا ابوطالب بیوک, ص 68, الحیاه السیاسیه للامام الرضا علیه السلام, نوشته جعفر مرتضی العاملی, ص 428؛ قیام سادات علوی، علی اکبر تشیّد، ص168.) و از این رو ایشان بیمار گشت و پس از هفده روز اقامت در قم، روح بلندش به ملکوت اعلی پیوست. آنچه این قول را هم تایید می کند اوضاع و احوال سیاسی آن روزگار و خطی مشی خاص مأمون خلیفه عباسی در برخورد با خویشان و نزدیکان امام رضا (علیه السلام) است، چه این که مأمون می دانست فاطمه معصومه (علیها السلام) دارای فضیلت ها و دانش بسیار است و دارای شخصیتی ممتاز بوده و اصولاً زنده ماندن او به ویژه در کنار برادرش امام رضا (علیه السلام) می تواند خطری برای حکومت و خلافت او به حساب آید از این رو برنامه شهادت آن حضرت را به دست زنی از ساوه اجرا کرد.
آنچه مسلم است حضرت معصومه (سلام الله علیها) مانند جده بزرگوارش حضرت فاطمه زهرا ( سلام الله علیها) بر اثر شدت مصائبی که از سوی حاکمان جور به آن بزرگوار رسید در سن جوانی از دنیا رفته است.