پس از تهاجم نیروهای سازمان منافقین در سال 67 با پشتیبانی ارتش عراق به داخل ایران حضرت امام (ره)حکمی را درباره بررسی مجدد پرونده منافقین زندانی که همچنان بر سر موضع خود بودند و صدور محکومیت اعدام برای کسانی که برنامه شورش در زندان ، هم‌زمان با برنامه‌های بیرون سازمان داشتند، صادر کردند . در زمینه دلایل صدور این حکم که از مبانی فقهی و حقوقی مستحکمی برخوردار است به اختصار می توان به وضعیت کلی نیروهای نظامی ایران در جبهه ها ، روحیه مردم در داخل کشور به واسطه انعکاس تحولات جبهه ها ، تبلیغات وسیع درباره پیشروی های عراق از سوی رادیوهای بیگانه ، ورود مستقیم آمریکا به صحنه جنگ با ایران از طریق هدف قرار دادن هواپیمای مسافربری ، پیشروی نیروهای منافقین به داخل خاک ایران و تصرف چند روستا و شهر اسلام آباد غرب ، انتقال اخبار مربوط به تحولات جبهه ها و ورود منافقین به داخل ایران ، بروز تحرکات و تنشهائی در زندان با سردمداری عناصر بر سر موضع منافقین ، آغاز فعالیت برخی هواداران منافقین در سطح جامعه و ایجاد حرکت هائی برای برپائی آشوب و شورش در سطح شهرها ، انتشار پیامهای مستمر سازمان منافقین از طریق رادیو های متعلق به آنها و ترغیب و تحریک مردم به شورش ، اشاره داشت .
در چنین اوضاع و احوالی حضرت امام (ره) بر مبنای دیدگاه فقهی خود ، از مسئولان مربوطه خواستند تا ضمن بررسی مجدد وضعیت منافقین در زندان ، آن دسته از این افراد را که همچنان بر سر موضع تشخیص می دهند ، به عنوان نیروهای داخلی یک سازمان محارب که با استفاده از فرصت ، در صدد آشوبگری و تحریک دیگران به شورش هستند ، اعدام کنند . در حکم حضرت امام (ره) در این باره چنین آمده است : « از آنجا که منافقین خائن به هیچ وجه به اسلام معتقد نبوده و هر چه می‌گویند از روی حیله و نفاق آنهاست و به اقرار سران آنها از اسلام ارتداد پیدا کرده‌اند، با توجه به محارب بودن آنها و جنگ کلاسیک آنها در شمال و غرب و جنوب کشور با همکاری‌های حزب بعث عراق و نیز جاسوسی آنها برای صدام علیه ملت مسلمان ما ، و با توجه به ارتباط آنان با استکبار جهانی و ضربات ناجوانمردانهٔ آنان از ابتدای تشکیل نظام جمهوری اسلامی تا کنون، کسانی که در زندان‌های سراسر کشور بر سر موضع نفاق خود پافشاری کرده و می‌کنند، محارب و محکوم به اعدام می‌باشند و تشخیص موضوع نیز در تهران با رأی اکثریت آقایان حجت الاسلام نیری دامت افاضاته ( قاضی شرع ) و جناب آقای اشراقی ( دادستان تهران ) و نماینده ای از وزارت اطلاعات می باشد ،اگر چه احتیاط در اجماع است و همین طور در زندان های مراکز استان کشور رأی اکثریت آقایان قاضی شرع ، دادستان و یا دادیار و نماینده وزارت اطلاعات لازم الاتباع می باشد.»
همانگونه که ملاحظه می شود حضرت امام (ره) ضمن بیان مبانی فقهی صدور این حکم ، صرفاً آن دسته از منافقین زندانی که « بر سر موضع نفاق خود پافشاری کرده و می کنند » را « محارب و محکوم به اعدام » برشمرده که لازم است حد محارب در خصوص آنها اجرا شود . و تشخیص این موضوع را نیز به رأی اکثریت قاضی شرع ، دادستان و نماینده وزارت اطلاعات واگذار می کند ، با تأکید بر اینکه « احتیاط در اجماع است. » و منافقین زندانی ای که از عملکرد «سازمان منافقین» برائت جسته و توبه می‌کردند، اعدام نمی‌شوند.
البته بررسی مجدد پرونده منافقین زندانی قبل از این مقطع نیز سابقه داشته و بدون حکم و نظر امام نیز اینکار صورت می گرفته است . به عنوان مثال در سال 1360 نیز همزمان با شورشهای شهری و ترورهای گسترده منافقین ، شورشی نیز در زندان صورت می گیرد و 12 نفر در این ارتباط تیرباران می شوند. در اینجا مناسب است به توصیه اکید حضرت امام (ره) در آن ایام مبنی بر پرهیز از تندروی در رفتار با زندانیان گروهک های ضد انقلاب اشاره شود . ایشان در سخنرانی خود به مناسبت فاجعه انفجار در حزب جمهوری اسلامی به تاریخ 9/4/1360 فرمودند : « من یک کلمه به برادران دادگاه و کسانی که رئیس زندان هستند و اشخاصی که زندانبان هستند می‌گویم و آن اینکه اینطور نباشد که یک جنایتی واقع شد، اینها آرامش خودشان را از دست بدهند و خدای ناخواسته با زندانیانی که الان هستند، ولو این زندانیان از همین گروه‌های فاسد باشند، با خشونت غیر انسانی عمل کنند. با آرامش و با احترام عمل کنند. لکن دادگاهها احکام را با دقت بررسی کنند،و پرونده ها را بررسی کنند ، آنها را بر محکمه‌ها بنشانند و ازشان استفسار کنند . با قاطعیت هرچه باید بکنند، عمل کنند، لکن این طور نباشد که حالا از باب اینکه یک دسته از ما به وسیله همین گروه‌ها از بین رفته، حالا ما در حبس با اشخاصی که محبوس هستند خدای ناخواسته به خلاف موازین اسلام رفتار کنند و من می‌دانم نمی‌کنند، گرچه آنهایی که باید به شما تهمت بزنند، تهمت را می‌زنند. »
اما در سال 1367 ، وضعیت متفاوتی با سال 1360 وجود داشت ؛ در سال 60 سازمان منافقین اگر چه از حمایت های سیاسی و تبلیغاتی بیگانه بهره می برد اما به هر حال یک گروه ضد انقلاب داخلی به شمار می آمد که دست به عملیات تروریستی و انفجاری در داخل می زد و البته با عوامل این عملیات نیز برخورد می شد . ولی در سال 67 این گروه در قالب یک « ارتش متجاوز » ظاهر شد که از پشتیبانی کامل نیروهای نظامی بیگانه برخوردار بود . و با اتکاء به همین پشتیبانی ها توانسته بود راه خود را به داخل خاک ایران باز کند و بخشی از آن را به اشغال خود در آورند . و در کنار آن مسائلی نظیر بروز تحرکات و تنشهائی در زندان با سردمداری عناصر بر سر موضع منافقین ، آغاز فعالیت برخی هواداران منافقین در سطح جامعه و ایجاد حرکت هائی برای برپائی آشوب و شورش در سطح شهرها ، انتشار پیام های مستمر سازمان منافقین از طریق رادیو های متعلق به آنها و ترغیب و تحریک مردم به شورش ، همه بیانگر موج تازه توطئه های این گروهک می باشد . از سوی دیگر آمریکا نیز با حضور پرنگ نظامی در خلیج فارس و هدف قرار دادن یک هواپیمای مسافربری و حمله به ناوچه ها و نفت کشهای ایرانی عملاً وارد عرصه جنگ با نظام جمهوری اسلامی شده و طبعاً از نیروهای نظامی معارض نیز حمایت به عمل می آورد . در این شرایط حضرت امام (ره) به منظور خنثی کردن توطئه و تحرکی که در حال شکل گیری بود ، ضمن سفارشهای لازم به منظور تشخیص صحیح «برسر موضع نفاق بودن » دستور برخورد با عوامل داخلی این توطئه را صادر می فرمایند.( ر.ک : پاسداشت حقیقت، مسعود رضایی، و عباس سلیمی نمین، تهران:دفتر مطالعات و تدوین تاریخ ایران، ۱۳۸۱ )