ملاصدرا ابداً قائل به جسمانیة الحدوث بودن روح نیست ؛ بلکه قائل به جسمانیة الحدوث بودن نفس می باشد. لذا فرمود: « أن النفس جسمانیة الحدوث روحانیة البقاء ». نفس همان روح جزئی است که تعلّق به بدن دارد و بدون بدن معنی ندارد. امّا روح کلّی حقیقتی است کاملاً غیر مادّی. وجود نوری حضرت زهرا (س) که موجودی است فراتر از عالم جبروت و از نظام ربوبی است ، قبل از خلق موجود بوده است کجا رسد قبل از بدن شریف ایشان. امّا روح جزئی حضرتش که همان نفس مدبّر بدن باشد ، آن هنگام نمودار گشت که بدن شریف حضرتش پدیدار شد.ملاصدرا ابداً قائل به جسمانیة الحدوث بودن روح نیست ؛ بلکه قائل به جسمانیة الحدوث بودن نفس می باشد. لذا فرمود: « أن النفس جسمانیة الحدوث روحانیة البقاء ». نفس همان روح جزئی است که تعلّق به بدن دارد و بدون بدن معنی ندارد. امّا روح کلّی حقیقتی است کاملاً غیر مادّی. وجود نوری حضرت زهرا (س) که موجودی است فراتر از عالم جبروت و از نظام ربوبی است ، قبل از خلق موجود بوده است کجا رسد قبل از بدن شریف ایشان. امّا روح جزئی حضرتش که همان نفس مدبّر بدن باشد ، آن هنگام نمودار گشت که بدن شریف حضرتش پدیدار شد. لذا روح کلّی انسان کامل روحانیّة الحدوث و روحانیّة البقاء می باشد ؛ بلکه الهیّة الحدوث و الهیّة البقاء است. لذا او را حقّ حادث و واجب الوجود ظلّی گویند. امّا ارواح جزئی انسانهای کامل ، که تعلّق به ابدان شریف ایشان دارند ، جسمانیّة الحدوث و روحانیّة البقاء هستند.برخی افراد از ظاهر آیات و روایات چنین فهمیده اند که نفس انسان قبل از جسم او وجود داشته است. لذا آنگاه که جسم او آمادگی لازم را در رحم مادر پیدا می کند آن نفس به بدن شخص تعلّق می گیرد. به قول معروف « مرغ باغ ملکوتم نی ام از عالم خاک ــ چند روزی قفسی ساخته اند از بدنم. ». بر همین اساس خیال کرده اند در عالم ذرّ ، تنها روح مورد خطاب قرار گرفته است. در مقابل ، گروه دیگری با توجّه به ظاهر آیه ی« وَ إِذْ أَخَذَ رَبُّکَ مِنْ بَنی آدَمَ مِنْ ظُهُورِهِمْ ذُرِّیَّتَهُمْ … » و برخی دیگر از روایات ، چنین فهمیده اند که عالم ذرّ عالمی مادّی بوده که وجود ذرّی انسان در آنجا با وجودی بسیار ریز و ذرّه مانند از پشت حضرت آدم (ع) بیرون آورده شده و مورد سوال واقع شده اند و دوباره به صلب آن حضرت باز گشته و تا موعد مقرّر از صلبی به صلب دیگر منتقل شده اند تا در نهایت به صلب پدران خود رسیده در رحم مادر خود قرار گیرند.این دو نظر ظاهراً در مقابل یکدیگر قرار دارند ؛ امّا در حقیقت چنین نیست ؛ بلکه هر کدام اینها در حقیقت بخشی از حقیقت هستند.از دیدگاه فلسفه ی صدرایی نفس جزئیِ اشخاص انسانی نه قبل از بدن ، بلکه همراه با بدن دنیایی آنها خلق می شود. و اساساً روح (نفس) بدون بدن معنی ندارد. لذا بعد از مرگ نیز روح بدون بدن نبوده دارای بدن برزخی خواهد بود. امّا اینکه در برخی روایات از خلقت روح قبل از بدن سخن گفته شده ، در برخی موارد مراد روح کلّی است که غیر از روح افراد انسانی است ؛ در مواردی نیز ، که مراد روح جزئی افراد است ، منظور تقدّم رتبی است نه تقدّم زمانی. یعنی روح با اینکه از حیث زمانی همراه با بدن خلق می شود ، ولی از آنجا که از بدو خلقت ، موجودی غیر مادّی است رتبه ی وجودی (شدّت وجودی ) آن بالاتر از رتبه ی وجودی بدن است. لذا گفته می شود روح در خلقت ، تقدّم وجودی بر بدن دارد. در علوم عقلی هشت قسم تقدّم و تأخّر وجود دارد که تقدّم و تأخّر زمانی یکی از آنهاست. لذا هر جا سخن از تقدّم چیزی بر چیزی بود همواره نمی توان آن را به معنی تقدّم زمانی گرفت.با این بیان اجمالی روشن می شود که انسان قبل از خلقت دنیایی ، وجود تفکیک شده و فردی نداشته است که خداوند متعال بخواهد از او پرسشی بکند. وجود یافتن انسان همان است و در دنیا بودن او همان. لذا « وارد دنیا شدن انسان» نه از نظر براهین فلسفی توجیه پذیر است نه از متون دینی چنین چیزی به صراحت استفاده می شود. بلی هم در فلسفه و هم در متون دینی بیان شده که همه ی موجودات و از جمله انسان ، قبل از این عالم در عالم بالاتری (عالم ملکوت و عالم جبروت) حضور داشته اند ؛ امّا مقصود از این تعابیر این نیست که آن موجودات به وجود فردی خود در عوالم ملکوت و جبروت حضور داشته اند. بلکه منظور این است که حقیقت و کمال وجودی آنها در ضمنِ وجود علّت ملکوتی یا جبروتی شان وجود داشته است. این تعبیر مثل این است که گفته شود: صور خیالی انسان قبل از پدیدار شدنشان در قوّه ی خیال آدمی حضور داشتند. چون اگر کمال این صور در قوّه ی خیال نبود نمی توانست آنها را پدیدار سازد. رابطه ی مخلوقات نسبت به اراده ی خداوند متعال نیز تقریباً مثل رابطه ی صور خیالی انسان نسبت به اراده ی اوست. یعنی همانگونه که به محض اراده نمودن انسان ، صور خیالی پدیدار می شوند ، و حقیقتی جز ظهور اراده ندارند ، مخلوقات نیز چیزی جز ظهور اراده ی خدا نیستند. « إِنَّما أَمْرُهُ إِذا أَرادَ شَیْئاً أَنْ یَقُولَ لَهُ کُنْ فَیَکُون . ــــ امر او چنین است که هر گاه چیزى را اراده کند، تنها به آن مى گوید: «موجود شو! » آن نیز بى درنگ موجود مى شود(یس:82)خداوند متعال حقیقت انسان را ــ نه حقیقت اشخاص را ــ از علم خود به عالم جبروت و از عالم جبروت به عالم ملکوت نازل نمود تا این حقیقت به مرز عالم مادّه نزدیک شد. در این مرحله آن حقیقت انسانی را نفس کلّی انسان می گویند که نفس هیچ شخص خاصّی نیست. آنگاه خداوند متعال گِل آدم را سرشت تا به حالتی رسید که قابلیّت دریافت نفس در او پدید آمد در این هنگام آن نفس کلّی به جسم آدم (ع) تعلّق گرفت و آدم خاکی انسان شد ؛ و آن نفس کلّی در عین اینکه در ذات خود به کلّیّتش باقی بود در مقام تعلّق و فعل ، نفس جزئی حضرت آدم (ع) نیز شد. ـــ توجّه: آن نفس به بدن آدم (ع) تعلّق گرفت نه اینکه در آن داخل شد. نفس در چیزی داخل نمی شود. همانگونه که اراده ی انسان به صور خیالی او تعلّق گرفته آنها را پدید می آورد ولی اراده داخل در آن صور نیست بلکه مدبّر آنهاست ـــ در همین هنگام آن نفس کلّی افزون بر تعلّق کلّی به کلّ بدن حضرت آدم (ع) ، تعلّقی نیز به تک تک ذرّات وجود او گرفت. در این هنگام به تعداد آن ذرّات ، نوع خاصّی از تعلّق نیز برای نفس کلّی حاصل شد که به سبب آن نوع تعلّق ، به تعداد آن ذرّات ، نفس جزئی حاصل گردید ؛ و هر ذرّه ی وجود آن حضرت ، به واسطه ی این تعلّق ، تشخّصی خاصّ پیدا نمود. و همین نفوس جزئی متعلّق به ذرّات بدن آدم (ع) بودند که مورد سوال خدا قرار گرفتند. از آن زمان به بعد ، هر نفسی ذرّه ی مربوط به خود را تدبیر می کند تا بالاخره به صلب معیّنی برسد و در رحم معیّنی قرار گیرد. لذا انسانها قبل از مرحله ی نطفگی نیز وجود مادّی داشته دائماً در مسیر تکاملند تا به مرحله ی نطفگی برسند. خداوند متعال می فرماید: « مگر نه این است که مدت زمانى بر انسان گذشت که چیز قابل ذکرى نبود؟ همانا ما انسان را از نطفه اى آمیخته آفریدیم ، که او را خواهیم آزمود ، پس وى را شنوا و بینا گردانیدیم. ما راه را به او نشان دادیم، یا شاکر باشد یا کفران کننده . » ( الانسان (الدهر: 1 ـ 3)شاید در اینجا این سوال پیش آید که چگونه یک نفس ، در عین اینکه یکی است به تعداد ذرّات موجود در صلب حضرت آدم و به تعبیری به تعداد انسانها تکثّر نیز دارد؟!!!در جواب گوییم نسبت این نفس کلّی به تک تک انسانها یا ذرّات موجود در صلب آدم (ع) ، مثل نسبت اراده ی انسان است به صور خیالی انسان. وقتی انسان به یک اراده کردن ، چندین موجود خیالی را به یکباره در ذهن خود ایجاد می کند همه ی آن صور ، ظهور یک اراده اند لذا به محض اینکه اراده برداشته شود همگی نابود می شوند. در این مثال ، اراده در ذات خود یکی است ولی در مقام ظهور و تعلّق کثرت پیدا می کند. ـ امّا چرا آن روح کلّی را ـ با مراتبی که دارد ـ روح اهل بیت (ع) می خوانند؟چون روح جزئی اهل بیت (ع) به محض پیدایش چنان قوی است که با روح کلّی (روح القدس) اتّحاد تامّ پیدا می کند. لذا روح جزئی انسان کامل ، اقدم ظهورات آن روح کلّی و اشرف ظهورات آن ؛ بلکه به لحاظی عین آن است ؛ اگر چه به لحاظی غیر آن می باشد. لذا به اعتبار اتّحاد تامّ روح جزئی انسان کامل با آن روح کلّی ، آن روح کلّی را روح انسان کامل گویند. همانگونه که عقل اوّل را به این اعتبار این که عقل جزئی انسان کامل با او اتّحاد تامّ دارد ، عقل انسان کامل گویند.